Linux服务器运行R

服务器版本 CentOS Linux release 7.8.2003(Core)
使用conda安装R不需要root权限，更方便后期管理。

conda安装

清华镜像选择所需的anoconda版本，网址：清华镜像

下载

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate -u

安装

bash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh

接下来根据提示安装即可。安装完成后需要重启终端，输入conda，出现以下界面即安装成功：

安装R

conda info --envs #查看当前conda环境
conda create -n R4.0.3  # 创建名为R4.0.3的环境
conda activate R4.0.3  # 激活环境
conda install r-base=4.0.3 # 安装R语言，自定义对应版本
conda deactivate # 退出当前环境
conda remove --name R4.0.3 --all # 移除环境

如果安装R过程出现channel找不到r-base=4.0.3的情况，可以添加以下指令：

conda install -c conda-forge r-base

或者进入anaconda官网搜索R相关关版本

输入以下指令，可以看到安装的R版本以及其他的包等相关信息：

conda list            #查看当前安装的软件

部分截图：

可以看到R版本为4.0.5，来自conda-forge源（根据自己选的来），表明安装成功！

R包安装

conda list            #查看当前安装的软件
conda install r-stringi # R包 要求以 r- 开头
anaconda search -t conda r-stringi  #如果无法找到可以使用该命令搜索R包

anaconda show BioBuilds/r-stringi  #显示该包的channel
conda install --channel https://conda.anaconda.org/BioBuilds r-stringi   #根据anaconda show进行安装

注意：如果上述安装失败，表明某些R包安装需要配置源，即channel，不同的R包可能来自不同的源，常用的有：

conda config --add channels r
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

建议配置时把这些channels都加上。
然后，可以通过以下指令显示当前环境中有哪些channels：

conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show

如果需要查找安装的包有哪些channels提供，可以使用以下指令：

conda search ggplot2  #搜索ggplot2

随后可以使用搜索到的channels安装需要的包，使用以下指令：

#-c表示-channels 
#使用bioconda源
conda install -c bioconda bioconductor-sc3
#使用packages/r源
conda install -c r r-ggplot2
#使用conda-forge源
conda install -c conda-forge r-ggplot2

如下图所示，第一列指安装的包名，第二列为对应的版本，第三列为兼容R的版本，第四列为channels（源）名。

如果上述方法都不能成功安装R包，可在当前环境的终端输入：R 进入R交互界面，使用install.package()安装，如下：
1、进入R交互界面

2、安装需要的包并选择源，以mclust包为例。

有很多镜像，一般选择China的就可以了。
3、等待安装完成。

运行R脚本

在终端输入：

Rscript xx.R