AlphaFold2 non_docker 安装

沐诺诺诺

已于 2022-05-24 15:49:26 修改

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文章标签：人工智能

于 2022-05-24 15:40:54 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_44742439/article/details/124946680

版权

本文档详细介绍了如何在非Docker环境下安装AlphaFold2。首先，从deepmind/alphafold仓库克隆代码并创建新环境，然后安装配置，并应用OpenMM补丁。接着，指定数据库路径，下载并解压庞大的数据库文件，该过程可能需要大量时间和存储空间。此外，还需在指定目录下载stereo_chemical_props.txt文件。最后，从kalininalab/alphafold_non_docker获取run_alphafold.sh脚本并运行，使用test.fasta进行测试。整个安装过程相对顺利，没有遇到严重错误。

摘要由CSDN通过智能技术生成

https://github.com/deepmind/alphafold

创建新环境

conda create -n alphafold python=3.8
conda activate alphafold / source activate alphafold

conda install -y -c conda-forge openmm==7.5.1 cudnn==8.2.1.32 cudatoolkit==11.0.3 pdbfixer==1.7
conda install -y -c bioconda hmmer==3.3.2 hhsuite==3.3.0 kalign2==2.04

安装配置

pip install absl-py==0.13.0 biopython==1.79 chex==0.0.7 dm-haiku==0.0.4 dm-tree==0.1.6 immutabledict==2.0.0 jax==0.2.14 ml-collections==0.1.0 numpy==1.19.5 pandas==1.3.4 scipy==1.7.0 tensorflow==2.5.0
pip install --upgrade jax jaxlib>=0.3.7+cuda111 -f https://storage.googleapis.com/jax-releases/jax_releases.html

应用OpenMM patch

alphafo