AlphaFold安装——非docker镜像（1）

AlphaFold安装——非docker镜像

参考教程
最近在配置alphafold环境，按照GitHub上的readme进行，需要在docker前提下进行，找管理服务器的师兄开了权限，但是期间很多次都需要重启docker，卑微没有root权限，没法搞定，搞得整个人心态爆炸，所以不打算在docker下搭了。
普及：docker在几年前很火，但是现在他的大势已去，主要因为很多地方需要root权限，这对大多数人来说是很大的不便。

1、安装miniconda

可自行安装

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh && bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2、创建一个新的conda环境并update

conda create --name alphafold python==3.8
conda update -n base conda

3、激活conda环境

conda activate alphafold

4、安装依赖

注：如果自己电脑上没有gpu，大概率成功不了。装了cuda和cudnn，在使用TensorFlow或者pytorch的时候也只是CPU在运作，无加速效果，还可能error！

conda install -y -c conda-forge openmm==7.5.1 cudnn==8.2.1.32 cudatoolkit==11.0.3 pdbfixer==1.7
conda install -y -c bioconda hmmer==3.3.2 hhsuite==3.3.0 kalign2==2.04

5、下载alphafold

注：google里面有GitHub下载的加速插件——GitHub加速，非常好用。使用这个以后在每个package的右上角搜会有一个“加速”字样，直接点“加速”复制链接去linux上下载，超级快，嗖嗖嗖~


alphafold下载链接

我的alphafold存在/yangjy/softs/下
全程三秒~
看下下载后的结构，我忘了以前的那种树形结构展示了，就一步步ls展示吧

6、下载化合物properties（stereo_chemical_props.txt）到alphafold下的common文件夹下

wget -q -P alphafold/alphafold/common/ https://git.scicore.unibas.ch/schwede/openstructure/-/raw/7102c63615b64735c4941278d92b554ec94415f8/modules/mol/alg/src/stereo_chemical_props.txt

我已经下载好了的，如上图，stereo_chemical_props.txt

7、安装alphafold依赖

如果以下的命令不支持你的系统，需要更换jaxlib==0.1.69+cuda<111>的版本——>solution

pip install absl-py==0.13.0 biopython==1.79 chex==0.0.7 dm-haiku==0.0.4 dm-tree==0.1.6 immutabledict==2.0.0 jax==0.2.14 ml-collections==0.1.0 numpy==1.19.5 scipy==1.7.0 tensorflow==2.5.0 pandas==1.3.4 tensorflow-cpu==2.5.0

pip install --upgrade jax jaxlib==0.1.69+cuda111 -f https://storage.googleapis.com/jax-releases/jax_releases.html

8、使用OpenMM补丁

注：记得自己下载的alphafold的全路径
一般情况下，在脚本中，用到path的地方我都习惯于写全路径，方便检查，而且不会因为position变了就用不了

cd /share2/pub/yangjy/yangjy/conda3/envs/alphafold/lib/python3.8/site-packages/ && patch -p0 < /share2/pub/yangjy/yangjy/softs/alphafold/docker/openmm.patch

如果显示patch：commend not found，说明linux环境没安装patch package。如果有root权限直接安装一个就好。我，卑微了，去找管服务器的师兄，让他装。剩下的下次继续。不过大家可以在这个时间间隔去下载data，注意这部分需要很大的内存，解压后大约7G好像，我记得之前我师兄是这么和我说的，记不清楚了。

data下载地址

我自己不再下载了，有师兄下载好的，他给了我访问权限，应该没问题的。
这部分先告一段落，等管服务器的师兄装好再来后续！