kaggle-hpa-2021-7th-place-solution项目安装运行说明

1.项目介绍

Kaggle 上人类蛋白质图谱 - 单细胞分类第七名解决方案的代码。

该方法的描述可以在kaggle 讨论中的这篇文章中找到。

2.配置过程

2.1 下载项目

（1）下载整个项目

git clone https://github.com/pfnet-research/kaggle-hpa-2021-7th-place-solution

（2）下载项目中其他文件
通过步骤一下载下来的项目中文件夹“HPA-Cell-Segmentation”为空需要单独下载该文件夹下的文件，该文件是细胞分割的一些依赖包。首先进入到该文件夹目录下，然后通过下载指令下载：

git clone https://github.com/CellProfiling/HPA-Cell-Segmentation.git

下载完成后进入目录下面运行“install.sh”文件实现安装，指令：

sh install.sh

运行后会自动安装很多包，如果有提示报错（WARNING只是属于警告，不是报错，ERROE才是报错），重复执行几次后如果报错依旧没有解决则跳过不管，后续有办法解决。

2.2 安装依赖包

2.2.1总体思路。

通过运行代码，提示缺什么包就安装什么包。指令：

pip install 缺少的包名

2.2.2数据处理程序依赖包

（1）首先把数据集和对应的train.csv和kaggle_2021.tsv下载到data/input/文件夹下面（你提供的数据集只是一部分，所以kaggle_2021.tsv要删除掉其他图片，我已在项目中处理好了，你可以直接用处理好的kaggle_2021.tsv）。
（2）运行数据处理程序“/test_show/kaggle-hpa-2021-7th-place-solution/scripts/hpa_segmenter/create_cell_mask.py” 进行数据处理，运行指令如下（更多指令已经在会议录屏中有讲解）：

python scripts/hap_segmenter/create_cell_mask.py resize_image  --input_directory data/input/hpa-single-cell-image-classification.zip/train  --output_directory data/input/hpa-768768.zip --image_size 768

如果提示缺少包就通过pip install 来安装，如果提示“hpacellseg”这个包错误，则跳转到2.3步，如果提示“somen”这个包错误，则跳转到2.4步，提示缺少预训练模型则跳转到2.5步。

2.2.3 训练程序依赖包

运行两个训练文件“/kaggle-hpa-2021-7th-place-solution/scripts/cam_consistency_training/run.py”和“/kaggle-hpa-2021-7th-place-solution/scripts/cell_crop/run.py”文件，运行指令：

python scripts/cam_consistency_training/run.py train  --config_path scripts/cam_consistency_training/configs/${CONFIG_NAME}.yaml

会提示：albumentations，fire，pandas 等包没安装，通过pip install 来安装，如果提示“hpacellseg”这个包错误，则跳转到2.3步，如果提示“somen”这个包错误，则跳转到2.4步，提示缺少预训练模型则跳转到2.5步。

2.3“hpacellseg”这个包错误的解决

这个包不是python官方包，而是“HPA-Cell-Segmentation”文件夹下的包。
（1）给代码添加系统路径：

import sys
sys.path.append('/root/autodl-tmp/kaggle-hpa-2021-7th-place-solution')

然后将所有import hpacellseg相关的都改成引用“HPA-Cell-Segmentation”文件下的文件，由于import不支持“-”这个符号，所以将“HPA-Cell-Segmentation”改名为“HPA_Cell_Segmentation”,这样就可以开始修改下面的代码了，上图是修改前的，下图是修改后的，列如import hpacellseg.cellsegmentator as cellsegmentator改成import HPA_Cell_Segmentation.hpacellseg.cellsegmentator as cellsegmentator。

2.4“somen”这个包错误的解决

这个错误产生的原因是somen文件夹的目录结构有问题，文件夹是两层，somen.py文件在somen文件夹下。修改的方法：
（1）文件头是所有import somen.XXX的地方都改成import somen.somen.XXX。
（2）代码中所有使用somen.XXX的地方都改成somen.somen.XXX。

2.5提示缺少预训练模型

（待更新）