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RSS订阅原创 Cervical Glandular Cell Detection from Whole Slide Image with Out-Of-Distribution Data 笔记
=宫颈腺细胞(GC)==检测是计算机辅助诊断宫颈腺癌筛查的关键步骤。以鳞状细胞为主的宫颈涂片中GCs的准确识别具有挑战性。整个涂片广泛存在out - distribution (OOD)数据，导致机器学习系统用于GC检测的可靠性下降。out - distribution (OOD) 标签以外的样本尽管SOTA深度学习模型可以在预选感兴趣的区域优于病理学家，但在面对如此大像素的整张幻灯片图像时，仍无法解决高概率的大规模假阳性(FP)预测。
2024-05-29 20:47:46
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原创 Computer-assisted mitotic count using a deep learning–based algorithm improves interobserver repro
作者指出需要人工智能辅助病理学家进行分类，来确保可靠性有丝分裂计数（MC）是预测恶性肿瘤的重要组织学参数。然而，由于在选择感兴趣区域（MC-ROI）和识别或分类有丝分裂图（MF）方面存在困难，它在观察者之间和观察者之间存在差异。人工智能领域的最新进展使得高性能算法的发展成为可能，从而提高MC的标准化。由于算法预测并非完美无缺，病理学家的计算机辅助审查可能确保可靠性。在本研究中，
2024-05-29 20:46:10
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原创 Computerized Calculation of Mitotic Count Distribution in Canine Cutaneous .. 笔记
有丝分裂计数（MC）是分级犬皮肤肥大细胞肿瘤（ccMCTs）的一个重要因素，它是在10个具有最高有丝分裂活性的连续高倍视野中测定的。然而，病理学家之间的区域选择存在差异。本研究分析了CCMCT中MC的分布和区域选择对MC的影响。两位病理学家独立注释了28个ccMCT（基本事实）的整个幻灯片图像中的所有有丝分裂图像。自动图像分析用于检查整个肿瘤切片区域中MC的基本ground truth分布，并与11位病理学家的手动MC进行比较。计算机分析显示不同肿瘤区域的MC具有高度的变异性。
2024-05-29 20:45:08
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原创 A completely annotated whole slide image dataset of canine breast cancer to aid human breast..笔记
犬类乳腺癌(CMC)已被用作研究人类乳腺癌发病机制的模型，通常采用相同的分级方案来评估两者的肿瘤恶性程度。这个分级方案的一个关键组成部分是有丝分裂图(MF)的密度。目前公开的人类乳腺癌数据集仅为整个幻灯片图像(WSIs)的一小部分提供注释。本文提出的CMC数据集，在21个WSIs图像上进行了有丝分裂图的完整注释。为此，病理学家筛选了所有WSIs，以寻找潜在的MF和具有相似外观的结构。第二个专家盲目地分配标签，对于不匹配的标签，第三个专家分配最终的标签。此外，我们使用机器学习来识别之前未检测到的MF。
2024-05-29 20:44:03
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原创 NuCLS: A scalable crowdsourcing approach and dataset for nucleus classification and segmentation..笔记
细胞和组织结构的高分辨率映射为开发计算病理学的可解释机器学习模型提供了基础。深度学习算法可以为训练和验证提供大量标记实例的精确映射。由于病理学家需要花费大量的时间和精力，生成足够数量的高质量标签已经成为计算病理学的一个关键障碍。在这篇论文中，我们描述了一种吸引医科学生和病理学家的方法，用于生成一个包含超过220,000个乳腺癌细胞核注释的数据集。我们展示了由弱算法生成的建议注释如何提高非专家生成的注释的准确性，并可以为训练分割算法产生有用的数据，而无需费力的手工跟踪。
2024-05-29 20:42:59
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翻译 RECASNET: IMPROVING CONSISTENCY WITHIN THE TWO-STAGE MITOSIS DETECTION FRAMEWORK 笔记
有丝分裂计数(Mitotic count, MC)是癌症诊断和分级的重要组织学参数，但手工从全切片组织病理学数字图像中获取MC的过程非常耗时且容易出错。因此，深度学习模型被提出了推动这一过程。现有的方法采用两阶段的方法：检测阶段确定潜在有丝分裂细胞的位置，分类阶段提高预测的可信度。但是，由于检测阶段的预测质量较差，以及两个阶段之间的训练数据分布不匹配，上面这种管道方法会导致分类阶段的不一致。在本研究提出了一种改进级联网络(ReCasNet)，它是一种增强的深度学习管道，通过三种改进来缓解上述问题。首先，
2022-10-02 23:01:04
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原创 Kaggle服务器初体验记录
Kaggle给每个用户提供了以下资源，自己可使用私人数据集空间100G，CPU使用时间不限，GPU每周使用时间为41小时，TPUv3-8使用时间为20小时；最后点击两次Save，然后点击左下角图标，弹出如下浮动窗口，并点击浮动窗口最上面的一行后面三个点弹出另一个浮动窗口，并点击Open Logs in Viewer。这里可以选择是否保存输出（每次如果没保存，output中的文件会被清空），同时可以选择是否使用GPU，这个一般会和自己调试使用的设备相同。下面是一种保存自己安装的模块的方法，不太好用。
2022-09-19 19:42:18
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翻译 A large-scale dataset for mitotic fgure assessment on whole slide images of canine cutaneous.. 笔记
该文章给出了一个大规模的显微镜细胞注释数据集。数据集包括32张犬皮肤肥大细胞肿瘤的全切片(WSI)图像，包含不同级别的病例。切片注释包括：有丝分裂、瘤肥大细胞、炎性粒细胞和类似有丝分裂图。以及一个算法辅助的数据集，包含可能缺失的核分裂图。总共有262,481条注释，其中44,880条代表有丝分裂图。文章已经在RetinaNet上实现，细胞分类网络方面人工标记和算法辅助数据集的F1-Scores分别为0.786和0.820。
2022-09-09 22:21:30
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翻译 A Unified Framework for Tumor Proliferation Score Prediction in Breast Histopathology笔记
A Unified Framework for Tumor Proliferation Score Prediction in Breast Histopathology笔记
2022-08-28 11:08:17
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空空如也
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