做单细胞富集分析的,大家都应该知道GSEA这个软件吧,但是GSEA分析的结果是一个很复杂的图,大家很难看懂,我在这里给大家说下这个结果图怎么看。
这个图分为三个部分
第一部分:为基因 Enrichment Score 的折线图,横轴为该基因下的每个基因,纵轴为对应的 Running ES,在折线图中有个峰值,该峰值就是这个基因集的 Enrichemnt score,峰值之前的基因就是该基因集下的核心基因,核心基因就是在单细胞很重要很关键的基因,如果基因在顶部富集,我们可以说,从总体上看,该基因集是上调趋势,反之,如果在底部富集,则是下调趋势;
第二部分:也就是hit值,也就是图中的黑线出现的位置,这个黑线可以看出第一部分每次折现点的基因的位置
第三部分:这是rank值图,采用了 Signal2Noise 算法,我对他的理解是,纵轴它反映了基因集中的每个基因的相对表达量,横轴可以看出这是这个基因在基因数据集中出现的位置。
我所做的所有分析与教程的代码都会在我的个人公众号中,请打开微信搜索“生信学徒”进行关注,欢迎生信的研究人员和同学前来讨论分析。
ps:公众号刚刚建立比较简陋,但是该有的内容都不会少。
————————————————