单细胞-GSEA结果解读

最新推荐文章于 2024-05-10 09:13:59 发布

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做单细胞富集分析的，大家都应该知道GSEA这个软件吧，但是GSEA分析的结果是一个很复杂的图，大家很难看懂，我在这里给大家说下这个结果图怎么看。

这个图分为三个部分

第一部分：为基因 Enrichment Score 的折线图，横轴为该基因下的每个基因，纵轴为对应的 Running ES，在折线图中有个峰值，该峰值就是这个基因集的 Enrichemnt score，峰值之前的基因就是该基因集下的核心基因，核心基因就是在单细胞很重要很关键的基因，如果基因在顶部富集，我们可以说，从总体上看，该基因集是上调趋势，反之，如果在底部富集，则是下调趋势；

第二部分：也就是hit值，也就是图中的黑线出现的位置，这个黑线可以看出第一部分每次折现点的基因的位置

第三部分：这是rank值图，采用了 Signal2Noise 算法，我对他的理解是，纵轴它反映了基因集中的每个基因的相对表达量，横轴可以看出这是这个基因在基因数据集中出现的位置。

我所做的所有分析与教程的代码都会在我的个人公众号中，请打开微信搜索“生信学徒”进行关注，欢迎生信的研究人员和同学前来讨论分析。

ps：公众号刚刚建立比较简陋，但是该有的内容都不会少。

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做单细胞富集分析的，大家都应该知道GSEA这个软件吧，但是GSEA分析的结果是一个很复杂的图，大家很难看懂，我在这里给大家说下这个结果图怎么看。这个图分为三个部分第一部分：为基因 Enrichment Score 的折线图，横轴为该基因下的每个基因，纵轴为对应的 Running ES，在折线图中有个峰值，该峰值就是这个基因集的 Enrichemnt score，峰值之前的基因就是该基因集下的核心基因，核心基因就是在单细胞很重要很关键的基因，如果基因在顶部富集，我们可以说，从总体上看，该基
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