Cell Ranger 细胞分群及差异分析

今天来点干货

  说一说

Cell Ranger 细胞分群及差异分析

软件官网：https://www.10xgenomics.com/company

主要使用在10X单细胞测序

主要用途：10X单细胞测序分析，是一个很厉害很实用的单细胞测序数据分析软件

官方简介：10x Genomics 产品已被世界各地的研究人员采用，包括《自然》杂志 2019 年排名前 100 的所有全球研究机构，以及 2019 年研发支出排名的全球前 20 名制药公司。我们的产品被 2,500 多篇研究论文引用，促成了肿瘤学、免疫学和神经科学的发现。

分群的分析水平：基于基因表达水平对细胞进行分群。

分群的思路：首先对表达数据进行UMI归一化，UMI是什么？请见我之前写的文章。然后 PCA 降维分析，进行t-SNE降维分析用于可视化

在对测序数据进行分群的时候，先后需要使用多种方法。

第一，先使用PCA主成分分析，PCA是最常用的降维方法，通过某种线性投影，将高维的数据映射到低维的空间中表示，并期望在所投影的维度上数据的方差最大，以此使用较少的数据维度，同时保留住较多的原数据点的特性。                                                                                                            

第二，在使用PCA主成分分析之后，需要再对数据进行非线性降维，现在主流的非线性降维方法主要是 t-SNE                                                                               

它的主要步骤是1.构建一个高维对象之间的概率分布                                     

2。t-SNE 在低维空间里在构建这些点的概率分布，使得这两个概率分布之间尽可能的相似。                                                                                                                                                                                                              

它的主要聚类分群方法采用了两个算法，分别是Graph-based，K-means。

在现在的单细胞测序分析中，Cell Ranger 是个很好的工具，但是它的使用也是最好在linux使用。                                                                                   

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