nii格式头文件信息

第一步安装nibabel，可以使用命令：pip install nibabel

之后：

from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D as osd
import nibabel as nib
filename = ‘image.nii’
img = nib.load(filename)
#输出文件信息
print(img)
w,h,q = img.dataobj.shape
#显示3D图像
osd(img.dataobj).show()

结果：
<class ‘nibabel.nifti1.Nifti1Image’>
data shape (512, 512, 333)
affine:
[[ -0.82617199 0. 0. 204.01400757]
[ 0. -0.82617199 0. 211.5 ]
[ 0. 0. 1.25 -431.97399902]
[ 0. 0. 0. 1. ]]
metadata:
<class ‘nibabel.nifti1.Nifti1Header’> object, endian=’<’
sizeof_hdr : 348
data_type : b’’
db_name : b’’
extents : 0
session_error : 0
regular : b’r’
dim_info : 0
dim : [ 3 512 512 333 1 1 1 1]
intent_p1 : 0.0
intent_p2 : 0.0
intent_p3 : 0.0
intent_code : none
datatype : int32
bitpix : 32
slice_start : 0
pixdim : [1. 0.826172 0.826172 1.25 0. 0. 0. 0. ]
vox_offset : 0.0
scl_slope : nan
scl_inter : nan
slice_end : 0
slice_code : unknown
xyzt_units : 2
cal_max : 0.0
cal_min : 0.0
slice_duration : 0.0
toffset : 0.0
glmax : 0
glmin : 0
descrip : b’’
aux_file : b’’
qform_code : scanner
sform_code : unknown
quatern_b : 0.0
quatern_c : 0.0
quatern_d : 1.0
qoffset_x : 204.014
qoffset_y : 211.5
qoffset_z : -431.974
srow_x : [0. 0. 0. 0.]
srow_y : [0. 0. 0. 0.]
srow_z : [0. 0. 0. 0.]
intent_name : b’’
magic : b’n+1’

各字段意义：
sizeof_hdr：sizeof_hdr 是保存文件的头文件大小，如果是NIFTI-1或者ANALYZE格式的文件sizeof_hdr=348.

dim_info：dim_info字段存储着频率编码方向（1,2,3），相位编码方向（1,2,3）和采集期间层选择方向（1,2,3），对于径向采集来讲，频率编码和相位编码都设置为0。

dim：short dim[8]保存着前面提到的图像的维度信息。如果第0维不是（1-7）之间的数字，那么这个数据具有相反的字节顺序，所以应该进行字节交换（NIFTI标准没有提供字节顺序的字段，提倡使用dim[0]）。

intent系列（影响到图像数据的读取和存储）

datatype和bitpix
datatype中存储的是数据的类型，可接受类型如下：

而bitpix字段必须与datatype中的代码所对应的bit(s)/pix的大小相等。

slice切片信息
包含字段：slice_start，slice_end, slice_code, slice_duration
slice_duration是存储功能磁共振成像采集的时间相关信息，需要与dim_info字段一起使用。

pixdim体素维度：每个体素维度信息都保存在pixdim[8]中，各自对应dim[8]，但pixdim[0]有特殊意义，其值只能是-1或1。前四个维度将在xyzt_units字段中指定。

vox_offset体素偏移量：vox_offset指 单个文件（.nii）图像数据的字节偏移量。

scl_slope和scl_inter数据缩放的斜率和截距
存储在每个体素中的值可以线性缩放到不同的单位。字段float scl_slope和float scl_inter定义一个斜率和一个线性函数的截距。数据缩放功能允许存储在比数据类型所允许的范围更广的范围内。但是，可以在相同的数据类型中使用缩放。对于rgb数据的存储，两个缩放字段都应该被忽略。对于复杂类型，它应用于实部和虚部。

cal_max 和cal_min数据显示
存储标量数据的文件，这两个字段用来图像打开时默认显示范围。体素值小于等于cal_min的像素显示为显示范围中的最小值（灰度范围内通常为黑），大于等于cal_max的值显示为显示范围中的最大值（通常为白色），注意：这里并不是真实改变数据大小，而是改变显示大小。

xyzt_units 度量单位
在dim[1]和dim[4]中用到的空间和时间测量单元（对应各自的pixdim[1]和pixdim[4]），编码在xyzt_units字段中，1-3 bit用来存储空间维度，4-6 bit用来存储时间维度，6-7 bit没有使用。时间偏移量放在float toffset字段中，xyzt_units十进制编码如下：

descrip描述
该字段char descrip[80]可以包含最多80个字符的文本。标准中没有指定这个字符串是否需要被空字符终止

aux_file附加文件

包含额外信息的补充文件可放在该字段中

magic

该字符串声明文件符合NIFTI标准。
理想情况下，应该先检查该字段，如果字段中存储为”ni1”（或者是16进制的‘6E 69 31 00’），那么是.hdr/.img文件对形式；如果是’n+1’（或’6E 2B 31 00’），那么就是单一的.nii文件；而如果缺少字符串，那么就按照ANALYZE格式处理。