【医学图像处理】PET数据处理记录

【医学图像处理】PET数据处理记录

初次尝试处理PET数据，写此笔记记录，可能某些地方存在问题，欢迎大家指正。

1.从ADNI中挑选同时包含MRI和PET模态的数据

ADNI网站： IDA Search

将MRI和PET数据分开下载，方便后续处理。

由于PET数据存在三种存储格式ECAT，HRRT，DCM，为了方便处理，也分开下载这三种格式数据。

同时，记得下载csv文件，包含了所有数据的详细信息。

2.MRI数据处理过程

根据python代码，对MRI进行处理，步骤包括dcm2nii，register，skull_strip，bias_correct。

分别使用的是SimpleITK，FSL-FLIRT，FSL-BET，nipype-N4BiasFieldCorrection调用ANTS来实现以上预处理步骤，分别得到MRI_nii，MRI_Reg，MRI_Brain，MRI_Denoise。

由于我后续需要与PET数据进行对应，所以通过查询csv中与之对应的PET数据的subject_ID，将其重命名，并存储为subject_ID.nii.gz，统一存放在0-MRI文件夹下。

3.PET数据处理过程

3.1转换格式

根据下载内容，得到了三部分文件格式：ECAT，HRRT，DCM。

首先需要将它们都转为NII格式，Debabeler软件能够做到。双击运行run.bat，先选择对应的转换xml。

3.1.1