生物信息
拼命飛翔的質致
生命不息,奋斗不止,热爱不停
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CIBERSORTx教程
CIBERSORTx是著名的去卷积工具。相比于CIBERSORT更优化了一些。第一步:注册自己的账号,想要免费则需要有个教育邮箱。商用的必然不是免费。第二步:CIBERSORTx需要三个非常关键的文件单细胞参考矩阵,标签矩阵和混池矩阵。其格式均有一定的要求。可以使用网站自己的示例文件练手,然后用自己的文件。第三步:针对自己的实验目的,看过程是否需要做批次校正等相关步骤。第四步:可以在Job results界面查看自己的实验结果。(CIBERSORTx也可以用R语言实现,具体看自己的功原创 2022-03-11 15:49:45 · 5139 阅读 · 0 评论 -
我,无任何编程知识,R笔记(不要嘲笑)
#fread函数用于二进制文件的输入和输出#limma程序包用于差异分析,RNS-seq voom方法既含有cDNA芯片的RAW data输入、前处理(归一化)功能,同时也有差异化基因分析的“线性”算法(limma: Linear Models for Microarray Data),特别是对于“多因素实验(multifactor designed experiment)”。limmar包的可扩展性非常强,单通道(one channel)或者双通道(tow channel)数据都可以分析差异.原创 2021-06-03 20:49:39 · 177 阅读 · 0 评论 -
Python常用单词书
Python常用单词书Dictionary 字典Float 浮点型List 列表Integer 整数类型Boolean 布尔String 字符串Set 无需不重复元素集Tuple 元组Function 函数Module 模块Object 对象Syntax 语法Value 值Variable 变量Indentation 缩进Generator 生成器Iterator 迭代器Method 方法Del 删除Import...原创 2021-06-01 19:04:57 · 279 阅读 · 0 评论 -
2021-05-30
Step1: 数据获取在NCBI的主页,Gene搜索框内输入SARS。并在其结果内下载蛋白质的fasta 格式的序列。Step2: 进入NCBI的BLAST界面在本实验中我们是蛋白质序列,所以点击Protein BLAST.输入序列后调参完毕,BLAST的界面数据获取。Step3:序列比对把文档导入MEGA 界面(方法自定),删除最后一行Sequence,因为是空行,然后全选Ctral+A,点击Muscle(肌肉图标),点击Align Protein,直接点击OK (Muscle 适合多原创 2021-05-30 09:17:04 · 2848 阅读 · 0 评论