2021-05-30

Step1: 数据获取

在NCBI的主页,Gene搜索框内输入SARS。并在其结果内下载蛋白质的fasta 格式的序列。

Step2: 进入NCBI的BLAST界面

在本实验中我们是蛋白质序列，所以点击Protein BLAST.输入序列后调参完毕，BLAST的界面数据获取。

Step3:序列比对

把文档导入MEGA 界面（方法自定），删除最后一行Sequence,因为是空行，然后全选Ctral+A,点击Muscle(肌肉图标)，点击Align Protein,直接点击OK (Muscle 适合多序列比对，ClustalW 适合两两比对)。比对结果如下图所示

最后，依次点击Data Export Alignment FASTA format, 即可完成保存数据。

Step4:建立进化树

首先导入已经比对好的FASTA数据文件，然后进行建树，点击下图按钮，选择构建NJ树（首次不知道树的结构，我们一般选择构建中度相似的的NJ 建树方法，然后如果根据树的结构知道树是高度相似，可选择ML建树即最大似然法，反之如果低度相似选择ME最小进化法建树）。接着是调参，我们选择的方法是邻接矩阵法（NJ法），进化树的检验用的是自展检验（Bootstrap method）法，检验次数是500次，替换模型是泊松模型（如果是核酸则选择Kimura-2）模型，后面的参数保持默认参数，然后点击OK!

Circle tree（为了使整幅图看起来均匀一些，我把后缀名删除，只保留了登录号）

Step5: 进化树的美化

MEGA软件实现进化树的美化（以MEGA为例） 分群、分支系

自展值的修剪与隐藏

修剪操作：

自展值一般设定为50-60，自展值低于50%即相似度太高或太低，特别是微生物。对于我这个图，设为50点击OK 。

Step6: iTOL在线网页的美化

先将MEGA的进化树导出为 nwk.文件并保存，进入iTOL页面，提交文件后可以进行美化了。

图有点丑，嘿嘿。