Linux 下 Multiwfn 与 VMD 的安装配置与简单使用

书接上回，上次分享了 Gaussian 和 GaussView 的 Linux 安装，现在继续来安装 Multiwfn 和 VMD。

Multiwfn 安装

Multiwfn 的安装其实没什么好说的，从Multiwfn 主页下载手册照着做就可以了，手册写得相当详细，虽然是英文的但没有任何长难句。下面的内容都是照搬的手册，实在懒得自己翻的可以参考一下。

先在 ~/.bashrc中添加：

export KMP_STACKSIZE=200M
ulimit -s unlimited

来移除对堆栈大小内存的限制，并在并行计算时为每个线程定义200MB的堆栈大小。

确认使用的 shell 类型，这里使用 bash。

将 Multiwfn 程序包解压在主目录，例如我的是 /work/home/wsmrt33：

unzip Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux.zip

然后在 .bashrc中添加：

export Multiwfnpath=/work/home/wsmrt33/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux
export PATH=$PATH:/work/home/wsmrt33/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux

使用如下命令给予 Multiwfn 可执行文件执行的权限：

chmod u+x /work/home/wsmrt33/Multiwfn_3.8_bin_Linux/Multiwfn

配置 Multiwfn_3.8_bin_Linux/目录下的 settings.ini文件。将其中的 nthreads改为自己设备的核数，从而在计算调用更多算力。可以使用 lscpu查看设备的核数：

CPU(s):                32

在主目录使用 vi Multiwfn_3.8_bin_Linux/settings.ini打开 settings.ini，使用 /nthreads搜索到 nthreads= 4这一行，将数字改为实际的核数，例如：

nthreads=  32

一般用于 Multiwfn 处理的文件是 fchk文件，这是由 Gaussian 计算产生的 chk文件转化来的，转化的方法是调用 Gaussian 安装目录 (假设为 ./g16/) 下的 formchk 可执行文件，如对于 test.chk文件，通过：

./g16/formchk test.chk

即可产生 test.fchk文件。

如果不希望每次手动转化 chk文件，可以在 settings.ini文件中将 formchkpath设为你 Gaussian 安装目录下的 formchk 可执行文件的路径。

输入如下命令来重新进入终端使得命令生效：

source ~/.bashrc

输入 Multiwfn运行程序：

然后输入水分子单点能的输出文件 ./test.chk，进入功能选择界面：

根据提示，按下 0显示分子结构和轨道，选择水分子第 25 条分子轨道，结果如图所示：

到目前为止，Multiwfn 可以正常使用。但看得出，Multiwfn 绘制的轨道效果并不理想，因此还需要安装 VMD 来配合使用。

VMD 的安装

VMD 的安装要简单的多，首先解压：

tar vmd-1.9.3.tar.gz

然后可以在解压得到的 vmd-1.9.3/doc找到 ig.pdf文件。老规矩，下面的内容都是照搬的手册，看到这的可以自己去照着手册安装了，是在懒得翻手册的可以参考下面的步骤。

vi打开配置文件 configure，将 $install_bin_dir和 $install_library_dir后面的内容改为自己的安装目录，如：

$install_bin_dir=/work/home/wsmrt33/vmd-1.9.3/bin

$install_library_dir=/work/home/wsmrt33/vmd-1.9.3/lib/$install_name

wq保存退出，运行配置文件：

./configure

进入 vmd-1.9.3/src目录，输入：

make install

这会将代码 put 进上面两个目录，然后进行最后一步，打开 ~/.bashrc并在结尾处添加：

export PATH=$PATH:/work/home/wsmrt33/vmd-1.9.3/bin

保存退出后输入 source ~/.bashrc后就可以通过 vmd直接运行 VMD 了。

引用格式

使用 Multiwfn 和 VMD 发表的文章别忘了引用：
[1] Tian Lu, Feiwu Chen, J. Comput. Chem., 33, 580-592 (2012)

[2] Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., “VMD - Visual Molecular Dynamics” J. Molec. Graphics 1996, 14.1, 33-38.