Linux 下 Gaussian + Gaussview 的快速安装与简洁配置

写在前面

最近老板让用 Gaussian 算一些东西，并用 Gaussview 看个电荷分布，再用 Multiwfn 画一下分子轨道。但自己的设备是 MacOS，不太好装 Multiwfn，于是打算虚拟一个 Linux，在 Linux 下装这几款软件。不过实际上我没装虚拟机，而是使用了组里 Linux 服务器自带的图形界面。没有服务器的话，装一个带图形界面的 Ubuntu 或 CentOS 即可，本质上是一样的，这里记录下安装过程供参考。

网上相关的教程其实很多，多看几个跟着操作一编基本上都能装上，但很多步骤是冗余的，如 $PATH
之类的变量的手动设置完全可以省去。本文的只进行必要的操作步骤，快速简洁地进行这些软件的安装和配置。

准备工作

Linux 系统包含多种 shell，本文使用的是 bash。查看当前 shell:

echo $SHELL

显示：

/bin/bash

则说明使用的是 bash。

cd ~或 cd前往当前用户主目录。若不知道当前处于什么位置，使用 pwd查看，一般用户主目录为：

/.../home/[用户名]

以 .开头的文件是隐藏文件，每个用户主目录下会有一个隐藏文件 .bashrc存放了每当登录终端时自动执行的命令。使用 ls -a可以查看隐藏文件。

Gaussian 安装

先将 Gaussian (我的是 Gaussian16，Gaussian09 同理) 的压缩包解压在用户主目录 /.../home/[用户名]下，比如我的是 /work/home/wsmrt33，压缩文件是 .tbz格式，那么使用如下命令解压：

tar -jxvf G16-A03-AVX2.tbz

Linux 解压缩命令

创建存放中间文件的目录，例如:

mkdir /work/home/wsmrt33/g16/scratch

输入如下命令打开 .bashrc(代表使用 vi 编辑器打开主目录 ~下的 .bashrc文件，当前已处于用户主目录则无需 ~/)：

vi ~/.bashrc

在文件的最后插入 (使用大写 G 命令 (shift+g) 前往文件结尾处，输入 i 对文本进行插入。)：

export g16root=/work/home/wsmrt33
export GAUSS_SCRDIR=/work/home/wsmrt33/g16/scratch
source /work/home/wsmrt33/g16/bsd/g16.profile

这三行分别代表：

• 声明 Gaussian 目录的位置
• 声明 (Gaussian 运行过程中产生的) 临时文件夹位置
• 执行 Gaussian 自带脚本配置运行环境

插入完成后输入 :wq保存退出。

输入如下命令来重新进入终端使得命令生效：

source ~/.bashrc

进入 /work/home/wsmrt33/g16，运行：

chmod 750 -R *

输入：

g16

若显示：

Entering Gaussian System, Link 0=g16

说明 Gaussian 安装成功！

代表给当前目录下所有文件和目录下包含的文件设置权限。

参考：http://sobereva.com/439

Gaussview 安装

先解压 Gaussview 的安装包在主目录，我的压缩文件是 zip格式，那么使用如下命令解压：

unzip gv6.zip

进入 gv6目录输入：

./gview.sh

顺利打开则说明安装成功：

打开 .bashrc：

vi ~/.bashrc

在最后加入：

alias gv6='/work/home/wsmrt33/g16/gv/gview.sh'

输入 :wq保存退出后，输入：

source ~/.bashrc

重新进入终端使得命令生效。然后输入 gv6，顺利打开则说明 Gaussview 配置成功！这时再任意目录下使用类似下面的命令：

gv6 ./test.gjf

即可用 GaussView 打开任意目录下的 .gjf文件。

实例测试

创建一个水分子单点能计算任务 test.gjf，内容如下：

%chk=test.chk
# b3lyp/6-31g(d,p)

Title Card Required

0 1
 O                  1.03603607   -0.90090089    0.00000000
 H                  1.99603607   -0.90090089    0.00000000
 H                  0.71558148    0.00403494    0.00000000

然后在主目录下输入：

g16 test.gjf

显示报错：

Error during fastmath dispatch pocessing...
Error: Fastmath dispatch table is corrupt

查了一下，原因是 g16 C01 之前的版本无法在使用 Zen+ 架构的 AVX2 指令集的新款 AMD 处理器上运行。我的是 g16 A03，因此不能用。但无所谓，因为服务器上本身另有为所有用户安装的 C02 版本，这里只是借用下图形界面使用 Gaussview。