单分子科学原理与模型学习笔记 Part I

这学期选的一门课，期末是开卷，考试可以随意携带纸质资料，甚至还能使用 15 分钟的讲台电脑。为了防止笔记里图片打印有不清楚的地方，在这里也放一份，以备不时之需。这份笔记完全参考了这本书：

Makarov, D. E. (2015). Single molecule science: Physical principles and models. CRC Press, Taylor & Francis Group.

基本上没有额外补充的内容，只是根据自己的理解划分了四个板块 (其实只是上传字数有限制)。

Single Molecule Science : Principles and Models

Chapter I A Prequel of Real Single Molecule Science

• Pre-scientific thoughts on atoms and voids

• Corpuscles: the prototype of molecules by Boyle

• Coining of the term “molecule” by Avogadro

• Estimation of physical properties of molecules before we can observe a molecule – Bernoulli’s kinetic theory of gas
  每个分子每次碰撞传递给墙壁的动量：
  $$2m{u}_x$$

  距离 $u_x\Delta t$ 内向墙壁移动的分子数：
  $$\rho A{u}_x\Delta t/2$$

  这么多分子每秒给墙壁的力：
  $$(2m{u}_x)\times (\frac{\rho A{u}_x}{2})=\rho mA{u}_x^2$$

  因此气体压力为：
  $$p=\rho mA⟨u_x^2⟩=\frac{1}{3}\rho m⟨u^2⟩$$

  考虑质量密度：
  $$p=\frac{1}{3}{\rho }_m⟨u^2⟩$$

  从而有：
  $$u_{rms}=\sqrt{⟨u^2⟩}=\sqrt{\frac{3p}{{\rho }_m}}$$

• Loschmidt’s experiments on the size of molecules in air
  $$d=8ϵ\lambda \sim 0.97\mathrm{nm}$$

  其中 $ϵ-$ 凝结系数，一定数量分子在 $1\mathrm{c}{\mathrm{m}}^{-3}$ 空间中实际占据的体积，$ϵ\sim \frac{1}{770\times 1.5}\sim 0.000866$。

  $\lambda -$分子在与其它分子发生碰撞前走过的平均距离 $\lambda \sim 140\mathrm{nm}$

  $\rho -$ Loschmidt 常数，单位体积内理想气体分子数 $\rho \sim 1.9\times 16^{25}{\mathrm{m}}^{-3}$。

• Nailing down the existence of molecules by Brownian motion
  静止液体中的悬浮小颗粒的运动需要分子热运动：
  $$⟨x^2⟩=\frac{RT}{3\pi \eta N_{a}r}\tau \equiv 2D\tau$$

• Toward the manipulation and observation of a single molecule：Dawn of the Single Molecule Science：

  • 卢瑟福散射：可视化单氦核的轨迹
  • 电信号记录单离子通道蛋白的构象
  • 光子抗聚束 (anti-bunching)：一个原子不能同时发射两个光子
  • 光学陷阱：减速原子，操控单分子
  • STM, AFM：表面个体分子的成像和操控

Chapter II How the Properties of Individual Molecules Are Measured

What are the other detectors that can take place of human eye?

• 单像素检测器：PMT, APD/SPAD etc
• 相机：CCS, EMCCD, sCMOS etc

What do we need to visualize a single molecule?

显微镜 + 检测器

What exactly are we detecting from a single molecule optically?

光子

• 当需要检测颜色时，需要使用带通过滤器或棱镜/光栅。
• 当需要检测形状和大小时，需要使用 FRET 或超分辨仪器。

Fundamental limits on single molecule detection

$$d=\frac{\lambda }{2n\sin \alpha }$$

三种常见的分辨极限：

• Rayleigh: $d=\frac{0.61\lambda }{NA}$
• Abbe: $d=\frac{0.5\lambda }{NA}$
• Sparrow: $d=\frac{0.47\lambda }{NA}$

其中 $\lambda -$ 波长；$NA-$ 数值孔径 (Numerical Aperture) $n\sin \alpha$

衍射极限点的尺寸 $\Delta x\sim \lambda$，(要实现单原子分辨) 样本要比 $1/{\lambda }^3$ 稀。

Single molecule spectroscopy

浓度要使得不超过一个分子处于检测范围。

除了处于检测的分子，其余分子虽不可见，但构成重要的环境。

Tagging molecules of interest with fluorescent moieties

标记方法：

• 直接合成
• 酶促连接
• 非共价标记
• 生物合成

Should I be worried about the speed of molecule?

水分子运动速度为 $590\mathrm{m}\cdot {\mathrm{s}}^{-1}$，只需 1 ns 就可走完衍射极限点。

分子碰撞解决了这一问题，实际受检测分子的停留时间在毫秒量级。

The mean free path of molecules in aqueous solution

$$l_{mfp}=\frac{1}{\sqrt{2}\pi d^2{n}_V}$$

Estimation of dwell time via diffusion

$$⟨x^2⟩=2qDt$$

Scanning Probe Microscopy (SPM)

Scan Tunneling Microscope(STM) 和 Atomic Force Microscope(AFM)

Scan Tunneling Microscope(STM)

量子隧穿：
$$i\hslash \frac{\partial }{\partial t}|\psi (t)⟩=\hat{H}|\psi (t)⟩$$

The Atomic Force Microscope (AFM)

Hooke 定律：
$$F=-kz$$

针尖通常采用 $\mathrm{S}{\mathrm{i}}_3{\mathrm{N}}_4$ 或 Si

成像模式：

• Contact Mode AFM: 当悬臂弹性常数小于表面时，悬臂弯曲，受排斥力。使用反馈回路保持探针和样品间力一定，得到表面形貌。(优点：快速、适用于粗糙样品、可用于摩擦力分析；缺点：力会损坏较软样品(解决：在液体中成像))
• Intermittent Mode (Tapping): 悬臂在其共振频率振动，通过其摆动接触样品。通过维持振动的振幅，相当于维持一个不变的针尖-样品相互作用，以得到表面形貌。(优点：允许易损坏样品的高分辨，适用于生物样品；缺点：难以在液体中成像，扫描速度慢)
• Non-contact Mode: 探针不接触样品，但在表面吸附流体层上方振动 (所有样品，除非在受控的超高真空或环境腔体中，否则表面都会吸附一些液体。)。使用反馈回路监控范德华力带来的振幅变化，可以得到表面形貌。(优点：对样品施加的力非常小，延长探针寿命；缺点：通常分辨率低，表面污染对振动的干扰较大，通常需要高真空 (UHV))

AFM 的针尖卷积
达到原子分辨有很多限制。AFM 使用的探针不是理想的尖端，因此 AFM 图像反映的不是表面真实形貌，而是探针和样品的相互作用，这称为针尖卷积。

参考资料：
[1] Makarov, D. E. (2015). Single molecule science: Physical principles and models. CRC Press, Taylor & Francis Group.