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纸上得来终觉浅
文章平均质量分 54
生信小博士
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10x转膜液体 实验室配方
我是前不久在园子里问过。对于大分子需加SDS增加转膜效率,所以你的125kd的用加SDS的好些。我个人感觉加后的确转膜的效率会提高。同意楼上的说法,好像SDS就是增加转膜的速度,但是SDS可以降低膜和蛋白的结合,所以,好像湿转的缓冲液就没有SDS。配方二:Tris 30.5g,甘氨酸 144g(与10X电泳液仅少10gSDS)配方一:Tris 58g,甘氨酸 29g,SDS 3.76g。均是用前10倍稀释,甲醇200ml/L。原创 2024-06-19 21:07:54 · 443 阅读 · 0 评论 -
用于流式细胞分析的 BrdU 染色方案
BrdU 染色试剂盒包含通过流式细胞术来鉴定并检测细胞增殖所需的试剂和缓冲液。用 5-溴-2’-脱氧尿嘧啶核苷(BrdU)培养处于分裂周期的细胞。BrdU 是胸苷的一种合成胸腺嘧啶类似物,在有丝分裂的 S 期会掺入到新合成的基因组 DNA 中。随后进行 DNA 变性, 通过细胞染色来确定 BrdU 插入情况以及任何其他细胞表面和/或感兴趣的胞内目标物。一般注意事项请小心处理。产品含有甲醛。如有需要,可单独购买BrdU 单克隆荧光抗体(克隆号BU20A)。原创 2024-03-26 00:30:00 · 956 阅读 · 0 评论 -
两步法搞定:Python中的h5ad文件 转为R中的seurat对象
某些特定的数据类型或结构可能在一个框架中有良好的支持,而在另一个框架中则不是。例如,Seurat和AnnData在处理稀疏矩阵或复杂的细胞分群信息时可能会有所不同。某些转换问题可能是由于软件中未被发现或尚未修复的bug所导致。:Seurat或AnnData的不同版本可能会引入新的功能或更改数据存储方式,导致转换工具无法正确处理最新或旧版格式的文件。:转换工具可能期望在源文件中存在特定的元数据信息。不管是在r中还是python中 ,只是数据的存储结构不同而已。但是数据本身没有变化。原创 2024-03-22 00:34:24 · 1215 阅读 · 0 评论 -
C stack usage xxx is too close to the limit infervnv
原因,可能是你的代码有问题,或者数据太大导致栈空间不够了,可以调整参数,然后重新运行程序,参考https://stackoverflow.com/questions/14719349/error-c-stack-usage-is-too-close-to-the-limit。原创 2023-10-30 15:59:00 · 636 阅读 · 0 评论 -
msigdbr hallmarks gsea broad研究所
【代码】msigdbr hallmarks gsea broad研究所。原创 2023-10-26 19:37:31 · 963 阅读 · 0 评论 -
python barplot 比例bili scanpy
【代码】python barplot 比例bili scanpy。原创 2023-10-04 16:09:31 · 126 阅读 · 0 评论 -
各种数据格式 summarizedexperiment singlecellexperiment
这个在第一部分已经说了方法,不做赘述。可以稍微提一下的是,使用assays(se)中有多个表达矩阵时,可通过中括号的方法进行指定,如assays(se)[[1]]或assay(se, 1)。R中SummarizedExperiment包的使用 - 知乎 (zhihu.com)获取rowData(), colData(), metadata()等矩阵。原创 2023-05-26 15:12:18 · 206 阅读 · 0 评论 -
Slingshot: Trajectory Inference for Single-Cell Data
slingshot原创 2023-05-24 15:56:48 · 123 阅读 · 0 评论 -
silicosis monocle2 fibroblast
【代码】silicosis monocle2 fibroblast。原创 2023-05-23 17:18:16 · 187 阅读 · 0 评论 -
enrichments富集分析 findallmarkers的结果进行富集分析 小鼠
【代码】enrichments富集分析 findallmarkers的结果进行富集分析 小鼠。原创 2023-05-23 16:32:26 · 331 阅读 · 0 评论 -
颜色 免疫荧光通道颜色色彩对应激发光发射光 488 546 647 flow流式细胞仪器配色 选择通道
488绿色546黄色647红色。原创 2023-05-13 17:35:20 · 2222 阅读 · 0 评论 -
各种seq ribo-seq rna-seq pipelines
SPR WorkFlow Collection | sysPipe原创 2023-04-26 16:11:55 · 177 阅读 · 0 评论 -
cellchat_xfy_sepsis 标准流程harmony standard pipelines
【代码】cellchat_xfy_sepsis 标准流程harmony。原创 2023-04-05 15:42:05 · 198 阅读 · 0 评论 -
scanpy流程 scanpy标准流程 设置清晰度
这里介绍一下scanpy中常用的组件。原创 2023-04-03 00:37:26 · 652 阅读 · 0 评论 -
samtools sort -@ 4 -t CB -O BAM -o $new $idsamtools排序原理过程
读取每个小文件的第一个read,将它们按照位置大小排序,选出最小的一个read,将该read写入输出文件中,并从对应的小文件中读取下一个read,并继续进行排序,重复此过程直到所有read都被排序。因此,在进行单细胞的scvelo分析时,通常需要对BAM文件进行排序,以确保后续的数据分析结果的准确性和可靠性。读取每个小文件的第一个read,将它们按照位置大小排序,选出最小的一个read,将该read写入输出文件中,并从对应的小文件中读取下一个read,并继续进行排序,重复此过程直到所有read都被排序。原创 2023-03-26 18:43:25 · 4112 阅读 · 0 评论 -
从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象(适用于空间组且涉及h5文件读写)
关键字。原创 2023-03-22 16:28:43 · 2168 阅读 · 1 评论 -
集群服务器查找确定自己所属队列 如何匹配所有230218989字符出现的地方及其之后50行: bqueues -l |grep 230238989
这将在bqueues -l的输出中查找字符串"230218989",并打印出包含该字符串的行以及后面的50行。-A选项指定了要打印的后续行数。原创 2023-03-21 10:53:01 · 153 阅读 · 0 评论 -
肺lung 解剖结构
alveolus of lunghttps://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/uberon/terms?iri=http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2FUBERON_0002299LungMAP - Breath Search Pagehttps://www.lungmap.net/breath-search-page/?queries%5B%5D=gpx3&has_data=1原创 2023-03-19 09:22:48 · 128 阅读 · 0 评论 -
第四次考核 Jimmy 学徒考核 Linux安装软件 rnaseq上游分析-2 ascp kingfisher数据下载ena Linux高速下载 Linux下载网页内容 rna-seq上游Linux
第四次考核 Jimmy 学徒考核 Linux安装软件 rnaseq上游分析_YoungLeelight的博客-CSDN博客 01-rna-seq从头开始 卖萌哥 Linux生信技能树Linux安装软件 Linux实战RNASEQ上游_YoungLeelight的博客-CSDN博客 下载公共测序数据的另一种姿势(kingfisher) - 简书 生物信息常见文件的格式以及查看方式 sra fastq.gz sam/bam 比对 定量 高速快速下载基因组ref文件查看文件下载是否完整md5值 md5sum检查原创 2022-12-04 23:20:31 · 1636 阅读 · 0 评论 -
cellmarkergene 细胞注释 tumor 肿瘤各种细胞annotation
Epithelial/Tumor: EPCAM,Keratin genes (KRT7, KRT8, KRT17), SPRR3;T cells: CD3E, CD3D, TRBC1/2, TRAC;Myeloid cells: LYZ, CD86, CD68, FCGR3A;B cells and plasma cells: CD79A/B, JCHAIN, IGKC,IGHG3;Endothelial cells: CLDN5, FLT1, CDH1, RAMP2;Fibroblasts: DCN, C原创 2023-03-14 17:42:06 · 301 阅读 · 0 评论 -
python变量清除所有变量_如何清空python的变量 注意缩进 python当前项目的变量 python console中用户创建的所有变量 %who python 查看所有已定义的变量
【代码】python清除所有变量_如何清空python的变量 注意缩进。原创 2022-12-27 12:57:46 · 174 阅读 · 0 评论 -
linux 中r清除变量
注意,使用rm() 函数后虽然会删除变量,但只是从R的工作环境中删除了这些变量,并没有在你的电脑储存空间中完全删除这些变量,所以这些变量还是会占用电脑内存空间的。版权声明:本文为CSDN博主「猛狗哭泣」的原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接及本声明。原文链接:https://blog.csdn.net/Yann_YU/article/details/107543304。如果想完全删除,需要再用一次 gc() 函数,并且gc() 函数会report目前的内存使用情况。原创 2023-03-07 01:21:55 · 227 阅读 · 0 评论 -
超大数据集处理 心机成纤维 heart fibroblast
【代码】超大数据集处理。原创 2023-03-06 22:19:55 · 110 阅读 · 0 评论 -
conda入门到精通
wget -chttps://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh...原创 2021-01-30 21:48:20 · 100 阅读 · 0 评论 -
conda安装r Linux系统中 linux中安装r conda安装monocle 东南服务器hpc安装devtools r-devtools 源码安装
Managing R and RStudio with condaHoping to help level out the steep learning curvehttps://astrobiomike.github.io/R/managing-r-and-rstudio-with-condaconda create -n r4.2.2conda install -c conda-forge r-base=4.2.2原创 2023-03-06 20:45:40 · 568 阅读 · 2 评论 -
学校服务器如何使用xshell登录
conda原创 2023-03-06 20:24:12 · 341 阅读 · 0 评论 -
查看linux系统配置 查询Linux配置
【代码】查看linux系统配置 查询Linux配置。原创 2023-03-06 19:59:02 · 159 阅读 · 0 评论 -
harmony与sct与harmony seurat中的 SCT连用
【代码】harmony 与seurat中的 SCT连用。原创 2023-03-06 16:37:28 · 854 阅读 · 0 评论 -
多模态数据整合
Compiled: 2022-01-11Source: vignettes/multimodal_vignette.RmdThe ability to make simultaneous measurements of multiple data types from the same cell, known as multimodal analysis, represents a new and exciting frontier for single-cell genomics. For example原创 2023-03-06 14:46:58 · 455 阅读 · 0 评论 -
seurat计算cluster内平均基因表达量AverageExpression()
【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操作 - 简书 (jianshu.com)原创 2023-03-06 14:39:31 · 4289 阅读 · 0 评论 -
harmony去批次整合模态数据seurat findintegrationanchors transferdata reference-based label transfer注释超大数据整合推荐
1.standard pipeline ,同时为了加快运行,可以在标准流程中使用reference-based 方法,和rpca方法;后期如果想对新的数据集注释,可以使用label transfer,label transfer重点就是三个函数2.使用SCT取代标准流程中的标准化归一化高变基因函数,为了加快运行,可以使用使用reference-based 方法,和rpca参数。对于不同模态的数据,最好不加rpca参数心得:可以利用批次,把大数据集 split成多个seurat对象,然后进行整合。原创 2023-03-06 10:01:45 · 1850 阅读 · 0 评论 -
标准流程surat subset_data allmerge Seurat流程 碎石图ElbowPlot harmony
【代码】标准流程surat subset_data allmerge。harmony yll原创 2022-11-17 15:16:12 · 227 阅读 · 0 评论 -
IPF gse70866 ipf phe 整合好的meta信息表达矩阵做lasso回归 缩减变量
【代码】IPF gse70866 ipf phe 整合好的meta信息表达矩阵做lasso回归 缩减变量。原创 2022-12-13 00:29:51 · 132 阅读 · 0 评论 -
beam_res <- BEAM(mycds_sub, branch_point = 1) #, cores = 8 Error in if (progenitor_method == “duplic
这个错误通常发生在 BEAM 函数的 progenitor_method 参数指定为一个长度大于 1 的向量时。progenitor_method 参数指定用于确定亚克隆的方式,可以设置为 “duplicate”、“expression” 或 “cluster” 中的一种,如果它是一个长度大于 1 的向量,则会出现上述错误。这将在 methods 向量中循环遍历三种方法,为每种方法运行 BEAM() 函数,并将结果存储在 results 列表中。原创 2023-03-04 21:52:44 · 5042 阅读 · 4 评论 -
monocle使用sct整合数据integration还是rna中的counts数据 轨迹分析 拟时序
【代码】monocle使用sct整合数据integration还是rna中的counts数据 轨迹分析 拟时序。原创 2023-03-03 15:48:11 · 442 阅读 · 0 评论 -
Linux提交定时任务 rscript 定时
您可以使用 crontab 来定时运行这个脚本,并将执行过程记录到 abc.log 文件中。crontab -e请将 /path/to/script.R 替换为脚本文件的实际路径,将 /path/to/abc.log 替换为记录日志的文件的实际路径。这将在每天凌晨4点执行脚本,并将执行过程记录到 abc.log 文件中。其中,">>" 表示将输出追加到文件的末尾,"2>&1" 表示将标准错误输出也重定向到文件中。原创 2023-03-02 00:46:19 · 256 阅读 · 0 评论 -
orderCells(cds) Error in if (class(projection) != “matrix“) projection <- as.matrix(project
toGuoliang。原创 2023-03-01 23:08:17 · 1469 阅读 · 0 评论 -
Error: (converted from warning) 程辑包‘VGAM’是用R版本4.2.2 来建造的
关掉r,重新打开 加载包即可。原创 2023-03-01 21:37:08 · 1096 阅读 · 0 评论 -
RunHarmony() warning - Invalid name supplied, making object name syntactically valid
【代码】RunHarmony() warning - Invalid name supplied, making object name syntactically valid。原创 2023-03-01 21:37:25 · 1275 阅读 · 0 评论 -
`Warning: The default method for RunUMAP has changed from calling Python UMAP via reticulate to the
conda_install(packages = "anndata") #在conda环境下安装anndata包。#reticulate::py_config() 单纯运行会安装失败 windows11。#只用第一次安装的时候运行 其他时候就不需要运行了。原创 2023-03-01 21:34:20 · 674 阅读 · 0 评论