单细胞
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生信小博士
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DotPlot中的Average expression图注竟然消失了
【代码】DotPlot中的Average expression图注竟然消失了。原创 2024-03-23 00:30:00 · 330 阅读 · 0 评论 -
R包安装失败怎么办?(一)msigdbr
当你把timeout 设置到1000之后还会报错,怎么办?安装GSVA出现报错。原创 2024-03-22 00:35:21 · 634 阅读 · 0 评论 -
两步法搞定:Python中的h5ad文件 转为R中的seurat对象
某些特定的数据类型或结构可能在一个框架中有良好的支持,而在另一个框架中则不是。例如,Seurat和AnnData在处理稀疏矩阵或复杂的细胞分群信息时可能会有所不同。某些转换问题可能是由于软件中未被发现或尚未修复的bug所导致。:Seurat或AnnData的不同版本可能会引入新的功能或更改数据存储方式,导致转换工具无法正确处理最新或旧版格式的文件。:转换工具可能期望在源文件中存在特定的元数据信息。不管是在r中还是python中 ,只是数据的存储结构不同而已。但是数据本身没有变化。原创 2024-03-22 00:34:24 · 526 阅读 · 0 评论 -
seurat v5 使用scvi-tools,r中安装scVIIntegration使用scVIIntegration进行数据整合r中使用python reticulate
有GPU的话,可以安装下面的包进行GPU加速,就算你没有gpu,通常也需要安装,防止后续运行报错。虽然使用R语言运行,需部署一个scvi的Python环境,这部分与推文【没有gpu的话,会巨慢无比。原创 2024-02-12 22:12:25 · 476 阅读 · 0 评论 -
2023-11-28-直播单细胞图表美化-seurat数据结构 featureplot dotplot vlnplot
单细胞常见的可视化方式有DimPlot,FeaturePlot ,DotPlot ,VlnPlot 和 DoHeatmap几种 ,Seurat中均可以很简单的实现,但是文献中的图大多会精美很多。之前介绍过DimPlot的一些调整方法。本文介绍FeaturePlot的美化方式,包含以下几个方面 :(1)调整(2)展示基因共表达情况(点图,(3)优化(4)修改theme ,lengend等(5)批量绘制仍然使用之前注释过的sce.anno.RData数据 ,后台回复即可获取这里额外安装。原创 2023-11-28 17:44:58 · 1899 阅读 · 0 评论 -
seurat读取不同数据格式以创建Seurat单细胞对象
挖掘GEO公共单细胞数据集时,会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下,方便自己日后调用,以创建Seurat对象(1)(2)表达矩阵(3)h5(4)h5ad。原创 2023-11-28 17:30:00 · 1419 阅读 · 1 评论 -
Seurat Tutorial 1:标准分析流程,基于 PBMC 3K 数据集
这些算法的目标是学习数据的底层流形,以便将相似的细胞放在低维空间中。为了克服 scRNA-seq 数据的任何单一特征中广泛的技术噪音,Seurat 根据其 PCA 分数对细胞进行聚类,每个 PC 本质上代表一个“metafeature”,它结合了相关特征集的信息。简而言之,这些方法将细胞嵌入到图结构中——例如 K-nearest neighbor(KNN) graph,在具有相似特征表达模式的细胞之间绘制边,然后尝试将该图划分为高度互连的“quasi-cliques”或“communities”。原创 2023-11-26 14:44:15 · 1389 阅读 · 0 评论