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生信小博士
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lapply apply详解sapply mapply 列表变成数据框 数据框变成列表 list和dataframe map
实际上lapply只是实现批量操作,配套的函数,function才是他神奇的点睛之笔,我们可以用内置函数,比如,read.csv 也可以用自己定义的函数,这个在第三条的时候再说。如果有1000个文本呢,理论上对于一个会编程的人,重复的事情超过三次,他就受不了开始编写批量操作的脚本了,哪怕这个事情最终只要重复四次就可以完成,是不是很赞,当然,lapply实现的是批量,具体有哪些惊艳的操作,取决于我们如何写出使用的function。这就成功了,数据加起来有174Mb啊,同样的,也有四种方法可以把他们合并。原创 2022-10-29 17:21:03 · 1197 阅读 · 0 评论 -
表达矩阵任意两个基因相关性分析 批量相关性分析 tcga geo 矩阵中相关性强的基因对 基因相关性 ecm matrisome与gpx3
1.已经确定研究的基因,但是想探索他潜在的功能,可以通过跟这个基因表达最相关的基因来反推他的功能,这种方法在英语中称为。2.我们的注释方法依赖于TCGA大样本,既然他可以注释基因,那么任何跟肿瘤相关的基因都可以被注释,包括长链非编码RNA。这时候,我们能推断PDCD1这个基因主要参与T细胞激活,细胞因子受体活性调剂等功能,大致跟她本身的功能是一致的。既然确定了相关性是正确的,那么我们用我们筛选的基因进行富集分析就可以反推这个基因的功能。这里因为是计算的所有GO分析的三个分类,所以可以合并作图。原创 2022-10-29 16:52:25 · 5423 阅读 · 2 评论