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seurat
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生信小博士
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调整空转图片顺序
【代码】调整空转图片顺序。原创 2024-01-10 22:25:03 · 420 阅读 · 0 评论 -
简单可行的SeruatV4和v5共存的安装方案
该方法在Windows,Linux服务器,M芯片的Mac中中都测试过(其中Linux的Seurat需要编译)。稍微进阶一些,我们也不需要卸载V5,也可以做到使用V4,只需要在安装的时候,指定一个新的安装路径。目前Seurat的版本从V4升级到了V5,由于一些变化,导致当年取巧,使用。首先,我们需要先安装V5版本,让他帮我把一系列的依赖问题都给解决掉。配置好路径,使得library加载的时候,能够先加载到V4。然后,我们去安装V4的Seurat,这里要指定repos。获取数据的方法都无法在V5中使用。原创 2023-12-04 11:54:30 · 8917 阅读 · 2 评论 -
seurat计算cluster内平均基因表达量AverageExpression()
【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操作 - 简书 (jianshu.com)原创 2023-03-06 14:39:31 · 4289 阅读 · 0 评论 -
harmony去批次整合模态数据seurat findintegrationanchors transferdata reference-based label transfer注释超大数据整合推荐
1.standard pipeline ,同时为了加快运行,可以在标准流程中使用reference-based 方法,和rpca方法;后期如果想对新的数据集注释,可以使用label transfer,label transfer重点就是三个函数2.使用SCT取代标准流程中的标准化归一化高变基因函数,为了加快运行,可以使用使用reference-based 方法,和rpca参数。对于不同模态的数据,最好不加rpca参数心得:可以利用批次,把大数据集 split成多个seurat对象,然后进行整合。原创 2023-03-06 10:01:45 · 1851 阅读 · 0 评论 -
PaO2/FiO2在临床中的应用 氧合指数
主任提问:患者呼吸衰竭时的“氧合指数”大约多少?如何计算?_腾讯新闻 (qq.com)在 ARDS 柏林定义中,诊断低氧血症需要 PaO2/FiO2≤ 300 mmHg,并可以分为轻中重三个等级(下表)。 ARDS 患者的 PaO2/FiO2越低,死亡率越高,其中重度 ARDS 死亡率高达 45%。需要注意这里 PaO2/FiO2使用的前提是 PEEP 或 CPAP ≥ 5 cmH2O,也就是说需要患者在机械通气或无创正压通气状态(Why?请看第 5 部分)。对于社区获得性肺炎(CAP),IDSA/ATS原创 2022-12-07 00:56:46 · 906 阅读 · 0 评论 -
单细胞加p值 显著性 chb单细胞
p值原创 2022-12-06 16:30:11 · 687 阅读 · 0 评论 -
Seurat小提琴图为什么有的只有点儿如何给vlnplot加上肚子常看小提琴图vlnplot有多少个点细胞 加p值 加显著性zsf seurat对某个基因表达加显著性jitter抖动
library(Seurat)library(SeuratData)levels(pbmc3k.final)[1] “Naive CD4 T” “Memory CD4 T” “CD14+ Mono” “B” “CD8 T”[6] “FCGR3A+ Mono” “NK” “DC” “Platelet”VlnPlot(pbmc3k.final, “CD4”,slot = “data”)作为一个生物信息工程师,看到这样的图,请解释。原创 2022-03-29 16:53:45 · 2572 阅读 · 1 评论 -
FindSubCluster Error in `[.data.frame`(object[[graph.name]], sub.cell, sub.cell) : 选择了未定义的列
meta.data*原创 2022-11-19 00:23:26 · 553 阅读 · 0 评论 -
标准流程surat subset_data allmerge Seurat流程 碎石图ElbowPlot harmony
【代码】标准流程surat subset_data allmerge。harmony yll原创 2022-11-17 15:16:12 · 227 阅读 · 0 评论