从基因组获取fasta文件并计算Nx0脚本

从基因组获取fasta文件并计算Nx0脚本

import sys
from Bio import SeqIO 
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Seq import Seq
import re #正则表达式

我们先导入模块，sys将参数提取到脚本外，实现把路径跟在脚本后面直接跑即可。SeqIO是Bio里面的子包，用于序列信息提取,re为正则表达式载入。

读取文件

fn = 'sys.argv[1]'
seq_index = SeqIO.index(fn,'fasta')
chr_len = {k:len(v.seq) for k,v in seq_index.items()} # 列表推导式 迭代文章有讲 取出id并且算出序列长。

我们一般倾向于seq_index的使用保存为字典后比较好提取内容。

计算

简单信息：总长、条数、平均长度

n = len(chr_len)
total_len = sum(chr_len.values())
mean_len = total_len / n

最长序列

longest_id, longest_len = max(chr_len.items(), key=lambda x:x[1])

使用max函数求最长序列。

N50

def Nx0(l,x):
  '''
  该函数用于计算Nx0, 接受两个参数：
    l : 长度列表
    x : N50 | N60 | N70...
  返回两个值：
    idx : Nx0 的编号
    nx0 : Nx0 的长度
  '''
  l = sorted(l, reverse=True)
  p = int(x[1:]) / 100
  total_len = sum(l)
  nx0 = idx = cumsum = 0
  for i,v in enumerate(l, start = 1):
    cumsum += v
    if cumsum >= total_len * p:
      idx = i
      nx0 = v
      break  
      
  return idx, nx0

定义函数，输入两个参数，然后输出两个参数，if的一个简单判断。

N count 和Gaps

n_count =0
gaps = 0
for k,v in seq_index.items():
  s= str(v.seq)                     # 正则表达式需要转换为字符串。
  n_count += s.count('N')
  gaps += len(re.split('N+',s))-1   #通过切割序列数来定义Gaps。

计算序列碱基里面的N的数量，还有Gaps的数量。

打印

fi_name = fn.split('/')[-1]
print('stats for {}'.format(fi_name))
print('sum = {}, n = {}, ave = {}, largest = {}'\
  .format(total_len, n, mean_len, longest_id))
  
for n in ('N50', 'N60', 'N70', 'N80', 'N90', 'N100'):
  idx, nx0 = Nx0(chr_len.values(), n)
  print('{} = {}, n = {}'.format(n, nx0, idx))
  
  print('count ={}'.format(n_count))
  print('Gaps = {}'.format(gaps))

感觉在R语言里面，执行Python脚本感觉还是挺麻烦的，特别是我的终端特别的卡，而且终端输入文件路径时正斜线与反斜线的交叉使用让我很头疼，虽然能联动但是感觉还是挺麻烦的，不知道是我技术有限还是因为确实如此。

小结

弥补了上一个脚本不能计算Count与Gaps的问题，并且学习了新的模块，也不算模块吧，相当于新的包，提取序列的id,name,seq,还是挺方便的，大小写转化，反向互补什么的，就不需要依赖其它网站或者软件了，一行代码就搞定了，这点感觉还是挺不错的。特别是批量转换的时候，会体现出很大的优势。

没什么好聊的了，日常鸡汤：对待生命你不妨大胆冒险一点， 因为好歹你要失去它。如果这世界上真有奇迹，那只是努力的另一个名字。没有人可以拯救自己，到最后拯救你的只有你自己。绝处逢生的喜悦，大难不死的庆幸，都不是你所想象的“人品守恒”。在这个世界面前，生活是无比具体而烦琐的藤蔓，你只有从中体会到酸甜苦辣才知道它最后的余香。生命是需要奋斗的，奋斗与不奋斗，造就的结果截然不同。生无所息，保持奋斗的姿态，让世界变得如此灿烂，让你的人生绚烂多姿。千万不能满足小溪的平缓,否则你也就满足了自己的平庸，只有欣赏到山峰的险峻，才有机会欣赏自己。