Biopython
1.序列赋值 转录(反转录) 翻译 反向互补
2.读取序列文件,识别序列的属性信息。SeqRecord提供序列及其注释的容器
属性:
seq :一条生物序列
id:基本ID,标识这条序列
name:常用分子的名称
description:序列分子的描述
letter_annotation:是一个有给每个碱基注释的字典,键是注释类型,值是每个残基序列注释的列表
annotations:序列附件信息的字典。键是信息的类型,值包含信息
features:是SeqFeature对象的列表
2.1 读取序列文件 。
只包含一个序列条目的文件,Bio.SeqIO.read(文件句柄,序列格式) #最新版都可以直接用文件,不过用with 句柄也可以更加规范 如:
>>> from Bio import SeqIO
>>> record = SeqIO.read("Fasta/f001", "fasta")
>>> print("%s %i" % (record.id, len(record)))
gi|3318709|pdb|1A91| 79
多条序列的文件,Bio.SeqIO.parse(文件句柄,序列格式),返回SeqRecord 对象迭代器如:
from Bio import SeqIO
for seq_record in SeqIO.parse("ls_orchid.fasta", "fasta"