linux下载blast软件

linux下载blast软件

/pub/software/里面下载

下载ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz
(rpm结尾，红帽操作系统，src文件为源代码，需要准换为二进制格式（称之为编译)。

/hwwork/software$ wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz

tar -zxvf  ncbi-blast-2.13.0+-x64-arm-linux.tar.gz

cd ncbi-blast-2.13.0+ /
ls -l
cd bin/
ls -l
M20HouWei@master:~/hwwork/software/ncbi-blast-2.13.0+/bin$ .blastp -help

M20HouWei@master:~/hwwork/software/ncbi-blast-2.13.0+/bin$ pwd #打印路径准备后面添加环境变量

有一些软件下载十分繁琐我们避免繁琐的下载安装软件，可以直接使用别人编译封装好的容器。

1.下载 images

可以从 Container Library（https://cloud.sylabs.io/library）or
Docker Hub（https://hub.docker.com/ images。直接下载sif文件即可。

打开网址

会有相应的代码下载可以参考

2.创建沙箱

singularity shell --sandbox blast  ubuntu_20.04sif

3.进入容器

在沙箱里面下载软件必须运行沙箱并加可写

singulsrity shell --writable --fakeroot blast

进入沙箱之后就和linux里面装软件是一样的了。

重新打包

singularity build blast.sif blast

重新将blast打包成blast.sif文件。相当于一个镜像。

运行程序

singularity exec blast.sif \
    makeblastdb -dbtype prot -in sind.fasta -out sind
singularity exec blast.sif \
    blastp -query atha_FAD4.fa -db sind -out blast.out -outfmt 7

与本地运行区别就是在命令前加singularity exec blast.sif \

小结

共同进步，加油！