使用Python脚本读取fasta文件

读取FASTA文件

使用pip下载biopython

pip.exe install biopython

import sys 
from Bio import SeqIO  
sys.path #检查模块安装路径

SeqIO是BIo包的子包，一般py结尾的为模块。
sys.path 检查模块安装路径

from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Seq import Seq

加载对应的包。

SeqIO 读取序列文件

方式一 使用parse读取然后使用for循环迭代

SeqIO.parse("基因课Python学习/Python20201122/data/fasta_example_data/small_ls_orchid.fasta", "fasta")
sri = SeqIO.parse("基因课Python学习/Python20201122/data/fasta_example_data/small_ls_orchid.fasta", "fasta")
type(sri)

<class ‘Bio.SeqIO.FastaIO.FastaIterator’>中FastaIterator为迭代器

next(sri)

for sr in sri:
  print(sr.seq)  

#此方式相当于列表，不好抓取。

方式二：