最近给自己电脑换了内存条和固态硬盘 装了双系统 linux的环境重配 就记录了一些安装常见的小问题
安装命令
#下载miniconda3
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#运行sh文件
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash之后,一直回车,最后选择yes,完成安装。
安装后,会产生一个miniconda3文件夹,进入到其中的bin文件夹,可以看到可执行文件conda
如果出现miniconda无法在终端执行source activate
激活进入miniconda环境,出现报错-bash: activate:No such file/
但是前提miniconda安装成功了
解决方案
如果没有安装vim 先用安装命令安装 sudo apt install vim
前面已经获取了conda可执行文件所在的路径:记住路径
(比如我的:/home/zmh/miniconda3/bin),接下来就可以将该路径添加至用户环境变量了(就要用到vim)
#打开用户环境编辑页面
vim ~/.bashrc
#点击键盘I键进入编辑模式,在最下方输入以下代码
export PATH="/home/zmh/miniconda3/bin:$PATH"
或者 export PATH=/home/zmh/miniconda3/bin:$PATH
一定要注意的是这一步一定要写的是自己的路径,还有就是一定不要写成:export PATH=$PATH:/home/zmh/miniconda3/bin
,主要是因为系统会先遍历$PATH
,再遍历/home/zmh/miniconda3/bin
,如果在$PATH
有其他conda环境,则会激活的是该环境,就不是我们的目标的路径环境了
#输入完成后,点击键盘ESC键,退出编辑模式,再使用快捷键shift+ZZ退出到主界面
或者是 退出编辑并保存
esc
:wq
更新~/.bashrc
source ~/.bashrc
激活miniconda环境
source activate
一定要记得先conda init
再conda activate 你要激活的环境名称
常见的conda命令:
#显示conda的版本号
conda --version
#查看环境
conda info --envs
#或
conda env list
#配置bioconda,添加清华源镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
#查看镜像源
conda config --show-sources
#安装软件到指定文件夹
conda install --prefix=<path> <package name>