ANTs安装问题记录

Ubantu 18.04系统，MobaXterm软件。

ANTs安装

Compiling ANTs on Linux and Mac OS · ANTsX/ANTs Wiki · GitHub

• 不确定使用SuperBuild是否可行，遂一一安装developer tools。

  可行，因为SuperBuild就是开发者模式的精简版，仅仅在ccmake配置的时候有变化。

前置

• git

  sudo apt-get -y install git
  

• gcc等

  sudo apt-get install build-essential # 安装gcc和一些库函数，提供C/C++编译环境
  

• Zlib

  有的攻略装了，有的没有，我装了，但不知道有没有用。

  sudo apt-get -y install zlib1g-dev
  

• CMake

  安装过程不会在linux系统安装教程中提到，这里列出：

  以下为apt安装，但版本老旧，2023-3-22日安装位3.10.0版本，不可用。ccmake包含在gui这个库里。

  sudo apt-get -y install cmake
  sudo apt-get -y install cmake-curses-gui
  

  失败记录：

  安装最新版本CMake(3.26.0，2023-3-22)，但是同样版本的ccmake不会被同时安装，国外帖子说是因为没有libncurses5-dev以及libncursesw5-dev(https://askubuntu.com/questions/1047829/ccmake-update-ubuntu-16-04-lts)，于是我装了，不知道对后面成功经历是否有用。

  sudo apt-get install libncurses5-dev libncursesw5-dev
  

  重新configure、make、make install，编译完成后ccmake --version还是没有反应，如果还是3.10.0，也就是apt安装的旧版本，请删掉：

  sudo apt remove cmake
  sudo apt remove ccmake #只会删掉apt安装的版本.
  

  遂尝试使用cmake的方法，即下次失败尝试。

  ccmake用于在终端中打开ANTs的cmake配置，有教程说是可以用cmake-curses-gui（cmake自带），但我安装好后显示连接不到X-DISPLAY，无法配置。附上链接：成功经验！！！Ubuntu16.04安装ANTs_ubuntu_九天那个好揽月-DevPress官方社区 (csdn.net)）。提示：文中bootstrap拼写错误，需要更改。

  文中报错CMake:Error at Source/QtDialog/CMakeLists.txt:28 (Message):Could not find a valid Qt installa，我安装qt4无法解决，安装qt5后没有报错，以此类推，如果以后版本更新可能用qt6。

  sudo apt-get install qt5*
  sudo apt-get install qt5-default
  

  编译没问题，cmake-gui命令显示连接不到X-DISPLAY，无法按照教程定位生成，可以的同学可以继续做。

  在ANTs源代码CMakeLists.txt中，显示支持版本为3.16.3-3.19.7

  set(ANTs_OLDEST_VALIDATED_POLICIES_VERSION "3.16.3")
  set(ANTs_NEWEST_VALIDATED_POLICIES_VERSION "3.19.7")
  cmake_minimum_required(VERSION ${ANTs_OLDEST_VALIDATED_POLICIES_VERSION}..${ANTs_NEWEST_VALIDATED_POLICIES_VERSION} FATAL_ERROR)
  

  网址：Download | CMake，Older Releases中kitware下载，我选择3.19.6。

  tar zxvf cmake-3.19.6.tar.gz #解压
  

  sudo apt remove cmake # 移除旧版本,apt安装的版本
  cd cmake-3.19.6
  ./configure
  make
  sudo make install #编译三部曲
  cmake --version  #查看camke版本
  ccmake -- version #查看ccmake版本，与cmake版本要一致，不一致我报错了
  

  此处我安装cmake之后，自动有对应版本的ccmake，可见至少此版本ccmake是cmake附带的，不知道与前面ncurses的两个库有没有关系。

基于源码安装ANTs

此阶段出现的问题基本全都是网络问题。

• 配置代理

  为防止出问题（之前出过），我每次打开都开代理。

• CLONE ANTs

  git clone git://github.com/ANTsX/ANTs.git #从github上克隆相应的仓库，保存在当前目录下的ANTs文件夹下
  

  • 报错：

  fatal: unable to connect to github.com:
  github.com[0: 你的IP]: errno=Operation timed out
  

  • 原因：
    需要用https才能读到数据
  • 解决方法：输入命令

  git config --global url."https://github.com".insteadOf git://github.com
  

  • 再次clone。

• 运行

  mkdir antsbin  #创建antsbin文件夹
  cd antsbin  #进入antsbin文件夹
  ccmake ../ANTs  #进入cmake界面，按下'C'键，等待，出现设置，存放位置可以改，但不会的话可以不改。再按下'C'键和'G'键，完成设置，生成后回到命令行
  

  ccmake的配置中，有几个最好改掉：

  1. RUN_LONG_TESTS 和 RUN_SHORT_TESTS 改成 OFF。不知道有没有用，似乎很多博主都建议改掉。
  2. BUILD_TESTING改成OFF，官方教程说这用来解决“Compilation starts but hangs with no error message”的问题。
  3. SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL，这个设置2023-3-22已经没有了，如果持续卡在cloning into ITK5已经不是这个问题了，下面会说。
  4. 如果中途退出，还是要cd antsbin，在该文件夹下执行ccmake命令。

• build

  最有问题的阶段。

  make -j 2 2>&1 | tee build.log # 建议直接用问题三中nohup命令
  

  • 问题一：MobaXterm设置

    卡在cloning into的时间非常久，不操作与服务器的连接会断，在MobaXterm-settings-configuration-SSH中，把SSH settings-SSH keepalive勾选上。

  • 问题二：github问题

    失败也可能是连接github有问题，除了上面提到的git config步骤，我选择了官方github-issue中有人建议的git config --global url."https://".insteadOf git://，不清楚有没有用，但是我用了也成功了。

  • 问题三：还是断线问题

    直接nohup make -j 2 2>&1 | tee build.log & ，挂它一晚上，十二个小时后我再来已经成功了:

    [100%] Built target ANTs
    

  • 问题四：执行该命令失败，再执行报错：

    Error removing directory "/data/zwz/build/ITKv5".
    CMake Error at ITKv5-prefix/tmp/ITKv5-gitclone.cmake:12 (message):
      Failed to remove directory: '/data/zwz/build/ITKv5'
    
    
    CMakeFiles/ITKv5.dir/build.make:109: recipe for target 'ITKv5-prefix/src/ITKv5-stamp/ITKv5-download' failed
    

    上一个新建的文件夹还在clone，新建一个antsbin，文件夹名随意，进入新文件夹下ccmake，也就是从运行-cd antsbin开始重复。记得之后配置环境变量也要用新文件夹名。

卡在build step时，修改git配置提升clone速度。

git config --global http.postBuffer 524288000 # httpBuffer加大 
git config --global http.maxRequestBuffer 100M
git config --global core.compression 0 # 压缩配置

# 修改配置文件
export GIT_TRACE_PACKET=1
export GIT_TRACE=1
export GIT_CURL_VERBOSE=1

最开始按照官方教程一步步来的时候似乎使用过该方法，好像有用，但最终没有成功，忘记是为什么了。

• Install

  cd ANTS-build
  sudo make install 2>&1 | tee install.log  
  

  有博主提到不加sudo报错，我们从谏如流。附链接：ANTs安装踩坑记录 - 哔哩哔哩 (bilibili.com)。

  编译完之后如果在 antsbin 目录下出现 bin 目录，就可以添加环境变量了，我没有 bin 目录，需要自己建立 bin 目录，并把三个地方的文件拷贝进去：

  cd antsbin# 在 antsbin 目录下
  mkdir bin #在antsbin下建立bin目录
  cp ./ANTS-build/Examples/* ./bin # 将ANTS-build/Examples下的文件复制到bin目录中
  cp ./staging/bin/* ./bin #将staging/bin下的文件复制到bin目录中
  cp ../ANTs/Scripts/* ./bin #将ANTs/Scripts下的文件复制到bin目录中
  

  cp ./ANTS-build/Examples/* ./bin之后，显示该文件夹下有CMakeFiles文件夹，不能递归复制，可以用cp -r命令复制，不过我没管，后面测试也没问题，使用不知道有没有问题。

• 添加环境变量

  vi ~/.bashrc
  

  按i开始编辑，下面会变成INSERT模式，用方向键把光标移到最后空白行，加入：

  export ANTSPATH=/data/username/antsbin/bin/
  export PATH=“$ANTSPATH:$PATH”
  

  我是存在根目录/data/username目录下的，找到自己新建的antsbin文件夹在哪，ANTSPATH改成对应路径。

  按下Esc，退出编辑模式，按下冒号“：”（shift+：），输入wq，保存退出。

  source ~/.bashrc
  

  激活环境配置。

• 检验安装成功

  which antsRegistration
  

  输出文件位置。

  antsRegistrationSyN.sh
  

  输出使用说明。

• 参考(51条消息) Ubuntu 18.04 下如何安装ANTs_水木自亲的博客-CSDN博客