[R语言]RMarkdown: 入门与操作

Rmarkdown入门汇总

R Markdown介绍

RMarkdown为我们的数据分析创建一个清晰美观的报告,它能够包含代码,图,表,说明,查看的人能够很清楚地理解。

RMarkdown利用Markdown的语法,能够被方便的转成其他类型(如html或pdf)的文件。

如果要用RMarkdown,首先要下载R和RStudio。

R Markdown是通过R语言制作动态文档的文件格式。

R Markdown文档编辑需要 rmarkdown包,rmarkdown安装需要RStudio编辑器环境,但是你可以以github途径来下载rmarkdown,并安装。

devtools:install_github("rmarkdown", "rstudio")

R Markdown是资源代码丰富并高可用的文件,你可以将通过一下两种方式改变R Markdown文件格式。

  1. knit - knit 文件. rmarkdown包调用knitr包, knitr 将运行所有的R代码,并将得到的结果追加到代码之后,这种工作方式非常节省实践并且报告也可复用。传统的,作者制作包含图形的报告。作者需要制作图形,保存为文件,然后copy并粘贴到最终的报告中,这个工作严重依赖人力,如果数据有变更,那么作者需要重复整个过程来更新图形。现在,再R Markdown的模板中,每个报告都包含制作图形,表格,数字所需的代码,作者可通过knit来自动完成更新。
  2. convert - convert 文件。rmarkdown包借助pandoc来将文件转变成新的格式,例如,你可以转变Rmd文件成HTML, PDF, 或Microsoft Word文件,你甚至可以转变成 HTML5 或 PDF 幻灯片,rmarkdown保持文本,代码结果与Rmd文件中的结构一致。这些转变能力能让你markdown编辑,并方便的改变格式,你可以将R代码放入knit,并以任何一种格式分享个其他人。

在实际应用中,作者经常同时用knit 和 convert文档。在本文,将用render 命令来对R markdwon文件执行 knitting 和 converting过程。

你可以认为的用render作用到R Markdown 文件, 如: rmarkdown::render(). 上面的代码渲染成HTML文件格式之后的结果如下图。

rmarkdown::render(),R markdown与RStudio深度合作

integrated into the RStudio IDE

,因为,你可以通过按键来完成以上命令。

R Markdown下载和文件创建

install.packages("rmarkdown")
library(rmarkdown)

下载完成后,打开RStudio,通过File -> New File -> R Markdown创建一个Rmd文件。

(也可以直接进行第二步,会自动进行安装)

R Markdown文件中的三个模块

The YAML Header

在所有RMarkdown文件中的头部都会有一个YAML头模块,利用---分隔开,包含标题,作者,日期以及文件类型。

---
title: "RMarkdown test"
author: Gremmie
date: 13/12/2022
output: html_document
---

Code Chunks

在YAML头模块后j是代码块,可以写自己的代码,相应的解释以及输出。代码块需要利用'''来进行分割,可以利用Run只跑这一段代码。这一部分的书写和R一样,只是要注意分块要根据功能来,不然会不美观。

```{r car}
summary(cars)
```

上述代码块的名字为car。除此之外,数据,文件,以及包如果要包含,也要写到代码中。

上述方法得到的最后结果代码块是会显出出来的,如果不想显示代码块,只显示结果的话可以利用echo。如果在给定变量的时候不想显示的话,可以利用include。隐藏警告可以利用warning。

```{r pressure, echo=FALSE}
plot(pressure)
```

knitr嵌入R代码

knitr包 能够兼容markdown语法,尤其包含执行R代码的能力。

渲染报告的过程中, knitr 将执行代码并将输出的结果展示。可以选择性的展示:之展示代码,只展示结果,代码与结果同时展示。

想嵌入R代码在报告中,用两行```将代码包围,在第一个``` {r}, 用于通知knitr下面的将是R代码,具体模板如下:

Here's some code
```{r}
dim(iris)
```

在渲染文档的时候, knitr将运行代码并将结果追加在代码之后,knitr提供格式和语法高亮展示R代码和代码运行结果。

作为上面R代码的markdown结果:

如果不想将结果results 追加到报告中,可以将eval = FALSE 参数加入大括号中,这样做的结果就是只把代码放入报告中,而不执行。

只将结果放入报告中,参数echo = FALSE 而不显示代码:


echo = FALSE同样实用于作图:

参数echo 和 eval不仅仅用于自定义code, 你可以通过 rmarkdownknitr 进行学习。

行间代码

嵌入R代码到文本当中,在代码的两侧用点’来包围,如下:

Two plus two equals `r 2 + 2`.

knitr 将用代码结果代替R代码,如下图所示:

图片和表格插入

直接将plot和表格的名称写入Code Chunks即可。

其他插入表格的方式

kable

```{r kable}
library(knitr)
kable(cars, digits=2)
```

pander

```{r pander}
library(pander)
pander(cars,digits=2)
```

手动画表(一脸认真

| Plant | Temp. | Growth |
|:------|:-----:|-------:|
| A     | 20    | 0.65   |
| B     | 20    | 0.95   |
| C     | 20    | 0.15   |

文本格式

对于不同的文本格式,语法如下:

*斜体* 
**粗体** 
'code' 
# 一级标题
## 二级标题
* 用点列举
1. 顺序列举
[Link](https://www.google.com)
$formula$

YAML 渲染参数

YAML header将决定如何展现你的 .Rmd file.文件,用两个 --- 包围,如下:

---
title: "Untitled"
author: "Gremmie"
date: "July 10, 2022"
output: html_document
---

Some inline R code, `r 2 + 2`.

output: 决定最后的文件类型。

output: 选择其中一种类型的文件类型

  • html_document,
  • pdf_document,
  • word_document,

RStudio IDE knit更加方便的进行设置。

幻灯片:

可以将文档转换为幻灯片:

  • 参数设定output: ioslides_presentation 创建ioslides (HTML5)幻灯片
  • 参数设定output: beamer_presentation 创建 a beamer (PDF) 幻灯片

Note: 默认情况下RStudio编辑器中knitr没有默认选项,先在命令中修改输出类型,RStudio会输出类型加入默认选项菜单。

具体参数详见rmakdown.rstudio.com

总结

R Markdown 提供快速,可复用的报告方式,可以在markdwon中编写报告,并用knitr嵌入代码,可以随时更新代码,最终的文档可以转变成任何文件类型,

Introduction to interactive documents, 将教你如何将shiny的互动元素加入到markdown中。

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RStudio中的RMarkdown是一个强大的工具,它允许你在同一个文档中组合R代码和Markdown格式的文本,并生成漂亮的报告、文档或网页。你可以使用RMarkdown来编写数据分析报告、学术论文、技术文档等等。 要在RStudio中使用RMarkdown,你可以按照以下步骤进行操作: 1. 打开RStudio并创建一个新的RMarkdown文档。你可以通过点击菜单栏上的"File" -> "New File" -> "R Markdown"来创建。 2. 在"Create a new R Markdown document"窗口中,你可以选择不同的输出格式,如HTML、PDF、Word等。选择适合你的需求的格式。 3. 为你的文档选择一个标题,并选择你想要包含的作者姓名和日期等信息。 4. 点击"OK"后,RStudio将自动生成一个包含一些示例代码和Markdown文本的模板。 5. 在代码块中,你可以编写和运行R代码。代码块以三个反引号(```)开始和结束,并指定语言为R。你可以在代码块中执行数据处理、可视化、统计分析等操作。 6. 在Markdown文本中,你可以使用Markdown语法来添加标题、段落、列表、链接、图片等。详情请参考Markdown语法的相关文档。 7. 当你完成了R代码和Markdown文本的编写后,可以点击RStudio工具栏上的"Knit"按钮来生成最终的输出。根据你选择的输出格式,RStudio将会运行R代码并生成相应的报告、文档或网页。 注意,RMarkdown还支持许多其他功能,如添加公式、设置输出选项、使用模板等。你可以参考RStudio和RMarkdown官方文档以了解更多详细信息和示例。

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