这篇博客介绍了如何利用R语言的ESTIMATE方法分析肿瘤组织中的免疫评分和肿瘤纯度。ESTIMATE算法基于转录组数据估算肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞的比例。博客详细阐述了分析流程，包括准备R包、处理表达矩阵、转换为gct格式、执行estimate分析以及结果整理。案例中展示了TCGA数据的FPKM表达矩阵的处理过程。
ESTIMATE 分析免疫评分和肿瘤纯度
背景：
从病人身上获取的肿瘤组织不仅仅包括包括肿瘤细胞，还包括与肿瘤微环境相关的很多其他细胞，比如正常的基质细胞，免疫细胞、血管内皮和血管内的血细胞。
其中比较重要的就是免疫细胞，免疫细胞的种类很多，不同类型的免疫细胞在抗肿瘤和肿瘤免疫逃逸过程中又发挥了不同的作用，肿瘤的生长、侵袭和转移与肿瘤的生长、侵袭和转移，无不与免疫细胞相关。其次就是基质细胞，基质细胞也被认为在肿瘤生长、疾病进展和耐药性中起重要作用。
所以，有人就萌生了一个想法，如果能够把肿瘤组织中与肿瘤微环境相关的免疫细胞、基质细胞和肿瘤细胞的比例或者丰度计算出来，那是不是很有意义呢？
于是来自MD Anderson cancer center的开发者就提出了一种新的算法，利用癌症样本转录谱的来推断肿瘤细胞的含量，以及浸润的免疫细胞和基质细胞，称为Estimation of STromal and Immune cells in MAlignant Tumour tissues using Expression data，简称 ESTIMATE
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