ESTIMATE包计算肿瘤纯度

介绍

肿瘤组织中的正常细胞不仅在分子研究中影响肿瘤信号，而且在癌症生物学中也起着重要作用。 估计包使用基因表达数据预测肿瘤组织中基质细胞和免疫细胞的存在。

示例

首先使用通过Affymetrix U133Plus2.0平台从10个卵巢癌样本中获得的数据。 它具有由17,256个基因（行）和10个样本（列）组成的基因水平表达数据。 其次，将每个微阵列平台的不同基因数量统一为10,412个共同基因。 这些数据集包含的公共基因来自6个芯片平台：

• Affymetrix HG-U133Plus2.0

• Affymetrix HT-HG-U133A

• Affymetrix Human X3P

• Agilent 4x44K (G4112F)

• Agilent G4502A

• Illumina HiSeq RNA sequence

该算法使用HUGO GeneSymbols或Entrez基因ID。 因此，输入数据中的行名称必须是基因SYMBOL或Entrez基因ID。

library(estimate)
OvarianCancerExpr <- system.file("extdata", "sample_input.txt", package="estimate")
read.table(OvarianCancerExpr)[1:4,1:4];dim(read.table(OvarianCancerExpr))
##               s516      s518      s519      s520
## C9orf152  4.881540  4.575656  3.739469  3.695996
## ELMO2     7.298054  7.555440  7.533202  7.382355
## CREB3L1   5.569164  5.700406  5.959730  5.770007
## RPS11    13.389937 13.848820 13.642862 13.654622
## [1] 17256    10

最后，计算基质和免疫评分，分别代表肿瘤组织中基质和免疫细胞的存在。

filterCommonGenes(input.f=OvarianCancerExpr,
                  output.f="OV_10412genes.gct",
                  id="GeneSymbol")
## [1] "Merged dataset includes 10412 genes (0 mismatched)."   

estimateScore("OV_10412genes.gct", "OV_estimate_score.gct", platform="affymetrix")
## [1] "1 gene set: StromalSignature  overlap= 141"
## [1] "2 gene set: ImmuneSignature  overlap= 141"

scores=read.table("OV_estimate_score.gct",skip = 2,header = T)
rownames(scores)=scores[,1]
scores=t(scores[,3:ncol(scores)])
scores
##      StromalScore ImmuneScore ESTIMATEScore TumorPurity
## s516   -281.81487    171.5411     -110.2737   0.8316075
## s518   -426.14692    105.3890     -320.7580   0.8483668
## s519    -57.14977   -365.2374     -422.3871   0.8561698
## s520   1938.82379   2339.0707     4277.8944   0.3314725
## s521   -671.64710    147.6183     -524.0288   0.8637832
## s522   1458.13837   1176.8159     2634.9543   0.5472110
## s523   -268.89216   -928.4953    -1197.3875   0.9092887
## s525    973.42289   1320.0869     2293.5098   0.5884565
## s526    552.64161   2162.4612     2715.1029   0.5373262
## s527   -709.33568   1312.8416      603.5059   0.7689656

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