R语言 gwasglue 包安装

使用github安装包：devtools::install_github("mrcieu/gwasglue", force = TRUE) 失败

1.注意先

install.packages("devtools")

加载library("devtools") 才能用github安装。

这里，我使用的R版本是4.3.0,不知道哪里下载，直接用我在网盘里的（永久有效）

链接：https://pan.baidu.com/s/1WSY9rBHHXQPBidlVtctUkQ 
提取码：aaaa 
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2.安装包出现错误， 无法打开https 链接

Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,: 无法打开...

解决方法：更换镜像。 多换几个镜像试试，最后换其它镜像可以安装了。URL'https://api.github.com/repos/。。

 devtools::install_github("mrcieu/gwasglue", force = TRUE)
Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub:
  HTTP error 403.
  API rate limit exceeded for 175.29.122.76. (But here's the good news: Authenticated requests get a higher rate limit. Check out the documentation for more details.)
  Rate limit remaining: 0/60
  Rate limit reset at: 2022-8-21 11:33:21 UTC
  To increase your GitHub API rate limit
  - Use `usethis::create_github_token()` to create a Personal Access Token.
  - Use `usethis::edit_r_environ()` and add the token as `GITHUB_PAT`.

出现了API下载速率限制的问题，返回error 403，并要求使用github_token（）取消api rate 的限制。这是因为github会扫描需要安装的依赖程序，如果数目超过他的api rate，github就会限制下载，解决办法是使用自己的token认证（相当于去github上认证一下，挂个号，然后给你安装）。

解决办法：制备github token

1. 在R或Rstiudio命令行输入  create_github_token()，浏览器自动跳转到github网站，登录或注册。

2. 首先命名token，可以随意写，有效期也可以随意选。勾选repo，goken用于下载github上的代码仓库。

3. generate  token。 记得拷贝token密码，关闭网页后就查不到了。但可以再申请一次。

4.打开R 输入 

usethis::edit_r_environ()

 在弹出的R编辑器输入

GITHUB_TOKEN="ghp_8lNL……"（自己的密码）

保存，关闭编辑器。 

5. 一定要关闭R软件，重新打开，不然环境变量加不进去。

重新打开后可以政策安装。

library("devtools")

devtools::install_github("mrcieu/gwasglue", force = TRUE)

这时候，可能还会报错，缺少"xxx"包forgwasglue

百度R “xxx”包，找到这个包的压缩文件，直接下载，手动安装

install.packages(".../xxx.gz", repos = NULL)

...代表，你把下载的包放在哪个位置了

缺少哪个xxx包，就查找并下载

最后再devtools::install_github("mrcieu/gwasglue", force = TRUE)

后用 library("gwasglue") 验证一下，安装成功。