运行代码提示could not find function “gwasvcf_to_TwoSampleMR“

最新推荐文章于 2024-10-10 08:31:43 发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/jiaxiaovi/article/details/136735276
版权
本文介绍了在项目中遇到的gwasglue包缺失问题，作者首先确认了gwasglue和gwasglue2的区别，然后提供了解决方案，即通过devtools安装gwasglue包的过程。
摘要由CSDN通过智能技术生成

项目场景：

library(TwoSampleMR)
library(BiocManager)
library(VariantAnnotation)
library(gwasglue)
library(data.table)
library(dplyr)
library(tidyr)
library(devtools)
library(usethis)

setwd(“E:\R_project\MR\data”)
exposureFile=“ukb-b-19953.vcf.gz”

vcfRT <- readVcf(exposureFile)
data = gwasvcf_to_TwoSampleMR(vcf = vcfRT, type=“exposure”)

原因分析

一直以为gwasglue和gwasglue2是一个东西，包里面下好了gwasglue2，但是没有gwasglue

解决方案：

下载gwasglue包

install.packages(“devtools”)
devtools::install_github(“mrcieu/gwasglue”)

DoReMiiiiFa
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