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RSS订阅原创 修改 jupyter notebook 中 markdown 代码块的背景颜色与格式
Markdown 本身不支持直接更改背景颜色。不过，可以使用 HTML 和 CSS 来实现这个效果。
2024-07-17 09:31:15
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原创 加权 KNN 算法的原理与详解
加权kNN，k近邻算法的增强改进版本。近邻算法（k-Nearest Neighbors, kNN）是一种用于分类和回归的非参数方法。它的基本思想是“看邻居”，即通过查找离目标点最近的 K 个数据点，来判断目标点的类别或数值。举个例子，假设有一个训练集，其中有两类点：红色代表类别0，绿色代表类别1。现在有一个白色点，需要确定它的类别。我们选择k=3，计算白色点到所有红色点和绿色点的距离，选取距离最近的3个点。如果这3个点中有2个是绿色，1个是红色，我们就认为白色点属于绿色那一类，即类别1。。
2024-07-03 10:42:45
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原创 rtemis 包：多种机器学习算法集成！兼顾数据处理与可视化美图
（其实这个函数参数超级多，感兴趣的铁子可以自行学习指定）。同时，s_GLM 既支持。
2024-05-23 11:22:18
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原创 multipanelfigure：使用R语言进行论文图片排版
图片的排版通常是一个耗费时间和精力的任务，你是否也曾经为paper的图片排版而感到悲伤。前几天，小编在网上冲浪的时侯无意发现了一个R包multipanelfigure，或许可以解决你论文图片排版的烦恼。
2024-05-15 14:34:26
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原创 在线分子对接工具：全自动的蛋白-配体盲对接计算（CB-Dock2）
CB-Dock2服务器通过下面4个步骤实现了全自动的蛋白-配体盲对接计算（1）蛋白和配体结构数据的输入和质量检查；（2）结构数据预处理，修补缺失原子及氢原子、去除水分子及其他杂原子；（3）蛋白口袋探测、空间参数估计、基于Vina打分的分子对接、基于模板匹配与构象转移的分子对接；（4）计算结果的综合处理与可视化。CB-Dock2服务器在配体输入模块新添加了分子绘制的功能，方便分子结构数据的导入，同时支持用户提交的蛋白-配体复合物作为模板。
2024-05-15 14:31:36
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原创 sechm包：简化 ComplexHeatmap 热图的绘制
本文介绍了一款旨在简化 complexHeatmap 绘图难度的包装工具。是一个 Bioconductor 包，旨在简化从 SummarizedExperiment 对象创建带注释的热图。它是围绕 ComplexHeatmap 包的一个包装器，提供了更简单的接口来生成热图。其主要特点有：简化从 SummarizedExperiment 对象生成热图的过程。提供多种颜色和注释选项，以定制热图的外观。支持行和列的排序、聚类和注释。支持通过ComplexHeatmap参数进行绘图，允许高度定制。
2024-05-15 14:29:53
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原创 重磅！169本生信友好期刊，附影响因子、中科院分区与生信发文数量（2024生信友好期刊）
好久没有更新生信友好期刊的合集了简单统计了 24 年发表生信相关文章的友好期刊检索条件：生信/TCGA/GEO/孟德尔随机化/网药仅供大家参考 免谢
2024-05-15 14:24:10
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原创 重磅！170 本孟德尔随机化友好期刊，附影响因子、中科院分区（2024孟德尔随机化友好期刊）
简单统计了 24 年发表孟德尔随机化的友好期刊检索条件：孟德尔随机化某系列期刊还是很出众遥遥领先！ 免谢
2024-05-15 14:23:10
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原创 超精美单细胞可视化系列图表！这个scRNA-seq工作流程示例赶紧收藏起来！！！
近期，小编找到一篇基于 Seurat 分析框架的 scRNA-seq 工作流程示例，从转录本计数表到细胞类型注释进行了丰富的图表可视化，示例分析具体使用的是健康骨髓捐赠者公共数据集 GSE120221 中的三个样本。
2024-05-15 14:20:32
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原创 让你的火山图加上蛋白互作信息
火山图是差异分析的常见可视化方式，但它携带的信息实在是太少了，甚至没有放进论文组图的必要。在这里，小编考虑到火山图的散点比较多，估摸着能把蛋白互作 (PPI) 信息也一起放进去。
2024-05-15 14:17:05
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原创 7种 Venn 图可视化R包
最近冲浪的时候看到ggVennDiagram的开发者在一篇文章中展示了多个venn图绘制R包，这里小编就给大家简单分享一下。
2024-05-15 14:15:40
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原创 TCGA 数据库基因表达数据的下载：最大的公开肿瘤数据库，可用于各种深度学习项目
TCGA 数据库基因表达数据的下载：最大的公开肿瘤数据库，可用于各种深度学习项目
2024-05-15 14:12:55
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原创 GeneSelectR包：使用机器学习筛选基因特征（基于python的r语言调用）
GeneSelectR 包的特征选择过程是使用 Python 的 scikit-learn 库实现的。该软件包需要安装 Anaconda 才能正常工作首次启动时，需要为包创建conda工作环境每次分析需要通过设置正确的 conda 工作环境来重新启动 GeneSelectR 分析该包支持其它来自sklearn库的算法。举个例子，如果您想使用 XGBoost 分类器而不是默认的随机森林# 执行分析y = y,
2024-05-15 11:18:06
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原创 MetaVolcanoR 包：对基因差异表达结果进行 meta 分析（多数据集汇总分析）
随机效应模型（REM）方法、投票计数方法和 p 值组合方法。不仅如此，MetaVolcano 提供火山图汇总来可视化基因差异表达 meta 分析结果。
2024-05-15 11:15:12
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原创 clusterProfiler::compareCluster，进行多组富集分析可视化时遇到 NA 值作为独立组，dotplot函数
报错：进行多组富集分析可视化时遇到NA值作为独立组问题截图如上，最后面多了一个NA组。
2024-05-09 10:45:39
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原创 celldex::HumanPrimaryCellAtlasData 报错：Cannot connect to ExperimentHub server, using ‘localHub=TRUE‘
【代码】celldex::HumanPrimaryCellAtlasData 报错：Cannot connect to ExperimentHub server, using ‘localHub=TRUE‘
2024-05-05 00:19:03
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原创 SMR 参考数据下载链接
链接：https://cncr.nl/research/magma/smr参数描述如下：–bfile reads individual-level SNP genotype data (in PLINK binary format) from a reference sample for LD estimation, i.e. .bed, .bim, and .fam files.参考数据描述如下：The reference data files are created from Phase 3
2024-04-30 09:07:33
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原创 fasta库导入报错：ImportError: cannot import name XX from ‘fasta‘
针对上面的报错，修改指定路径文件中第三行的。
2024-04-21 10:29:04
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原创 使用R语言构建ceRNA网络（circRNA-miRNA-mRNA）
ceRNA网络是一种新型的基因调控机制，可以通过共享microRNA（miRNA）来影响彼此的表达，导致疾病或某种表型的改变。Ⅱ：layout.fruchterman.reingold：使用Fruchterman-Reingold算法，根据节点之间的力学模型，计算节点的位置。Ⅳ：layout.kamada.kawai：使用Kamada-Kawai算法，通过最小化图的能量来计算节点的位置。Ⅲ：layout.graphopt：使用Graphopt算法，通过将节点移动到合适的位置以最小化边的长度来优化图的布局。
2024-04-11 09:19:00
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原创 TCGA 数据库下载肿瘤样本病理切片FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）
2024年TCGA迎来改版，本文前面介绍的下载方式有一定变化。详见：https://mp.weixin.qq.com/s/q6XFdEBWRHDfIHi09suIFQ数字病理图像分析需要高质量的输入图像。虽然癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）中有大量可用的图像，但目前数据门户中提供的是冷冻标本，这些标本不适合用于计算分析。本文讨论了如何下载与相应病人对应的福尔马林固定石蜡包埋（Formalin-Fixed Paraffin-Embedded，FFPE）切片。
2024-04-11 09:17:57
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原创 SJ.out.tab 每一列的示意(STAR比对结果)
来源：https://jp.support.illumina.com/content/dam/illumina-support/help/Illumina_DRAGEN_Bio_IT_Platform_v3_7_1000000141465/Content/SW/Informatics/Dragen/TPipelineSJ_fDG.htm。
2024-04-11 09:15:43
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原创 TwoSampleMR 报错解决：Error in r$status_code : $ operator is invalid for atomic vectors
简单看了下 函数的源码，不是TwoSampleMR的问题，应该是 函数的问题：去 ieugwasr 包 github 的 issue 看了看，发现作者5天前就解决了这个问题：END
2024-03-19 16:01:22
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空空如也
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