[Python教程] Python SimpleITK软件包常用参数与使用方法分析

最新推荐文章于 2025-05-02 17:31:54 发布
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#python #医学图像处理 #常用模块

目前在使用深度学习进行医学图像处理，主要进行肺部结节检测，在预处理时经常会使用到SimpleITK软件包，它是一个很好用的读取医学图像信息软件包。

内容列表

SimpleITK

Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK)是一个开源、跨平台的框架，可以提供给开发者增强功能的图像分析和处理套件。其中最为著名的就是SimpleITK，是一个简化版的、构建于ITK最顶层的模块。SimpleITK旨在易化图像处理流程和方法。

目前常用的代码有如下几种：

    itk_img = SimpleITK.ReadImage(path)
    img_array = SimpleITK.GetArrayFromImage(itk_img)
    print("Img array: ", img_array.shape
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SimpleITK：计算Dice系数和Hausdorff距离的方法
ZoMaster的博客
10-07 326
Dice系数和Hausdorff距离是医学图像处理中常用的评估指标，用于衡量两个二值化图像之间的相似度和形状差异。下面将介绍如何使用SimpleITK计算Dice系数和Hausdorff距离，并提供相应的源代码示例。其中，A和B分别代表两个二值化图像的像素集合，|A|表示A的像素数量，|B|表示B的像素数量，|A ∩ B|表示A和B的交集像素数量。请注意，为了使用上述代码示例，需要先安装SimpleITK库，并将图像数据以适当的方式加载到SimpleITK图像对象中。最后，函数返回计算得到的Dice系数。
python中“SimpleITK”模块完美快速安装
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写在这里的初衷，一是备忘，二是希望得到高人指点，三是希望能遇到志同道合的朋友。 目录1.SimpleITK简介2.通过cmd命令窗口安装3.通过Anaconda Prompt命令窗口安装 1.SimpleITK简介 SimpleITK是ITK的简化接口，使用起来更加方便，有多种语言接口。SimpleITK是专门处理医学影像的软件，在SimpleITK中，图像的概念与我们在计算机视觉中常用的RGB图像差异很大，后者只是一个多维矩阵，是一个数学上的概念，而在SimpleITK中，图像是一种物理实体，图像中.
SimpleITK：SimpleITK：建立在Insight Toolkit（ITK）之上的一层，旨在简化和促进ITK在快速原型，教育和解释语言中的使用
02-02
SimpleITK CircleCI 阅读文档 AzurePipelines 释放 主 SimpleITK是一种图像分析工具包，其中包含大量组件，这些组件支持常规的过滤操作，图像分割和配准。 它基于Insight细分和注册工具包构建，旨在为提供简化的界面。 SimpleITK本身是用C ++编写的，但可用于多种编程语言。 当前这些包括： C ++代码的包装是通过完成的，原则上，SWIG包装的任何语言都应适用于SimpleITK。 与ITK对n维时空图像的支持不同，SimpleITK支持2D，3D和4D图像。 维度是指时空维度，体素可以是n维向量。 SimpleITK已根据获得。 致谢 SimpleITK开发得到了以下方面的支持： 美国国立卫生研究院，美国过敏与传染病研究所的校内研究计划。 根据美国复苏与再投资法案（ARRA）和美国国立卫生研究院的校内研究计划，根据美国国立医学图书馆。 Insight软件联盟以及ITK用户和开发人员社区。 许可和版权 SimpleITK项目是非营利性教育联盟 （ISC）的一部分，该联盟致力于促进和维护开源的，可免费获得的用于生物医学图
Conda 安装 simpleitk 包时遇到了问题
最新发布
qq_45857536的博客
05-02 608
Conda 安装 simpleitk 包时遇到了问题，主要原因是 libitk 包的文件缺失或损坏
SimpleITK使用
juluwangriyue的博客
08-05 776
参考：https://simpleitk.org/ 参考：https://github.com/SimpleITK/TUTORIAL/blob/master/02_images_and_resampling.ipynb
Li‘s 影像组学视频学习笔记(27)-SimpleITK包介绍
weixin_38594676的博客
01-03 710
本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学的系列教学视频 本节(27)主要讲解: 功能强大的图像处理工具SimpleITK包 视频中李博士演示了SimpleITK的两个基本功能：图像格式转换以及图像镜像翻转 1、导入SimipleITK包 import SimpleITK as sitk 2、从.dcm格式转换为.nii格式 folderPath = 'C:/Users/RONG/Desktop/SimpleITK/' reader = sitk.ImageSeriesReader() dicom_
在anaconda指定虚拟环境下安装simpleitk包
weixin_52721706的博客
10-07 1910
anaconda所有包都在anaconda3\pkgs文件夹下，可以在里面看到新安装的包。在开始菜单里找到anaconda prompt，打开。刚开始是在base环境，切换到要用的虚拟环境。
医学图像处理-SimpleITK图像读取及相关参数获取
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04-26 3324
医学图像处理-SimpleITK图像读取及相关参数获取 Python中用SimpleITK进行医学图像读取时，转换成array后读取出来的维度顺序是depth, width, height，spacing获取到的顺序却与之相反，因此可以按照下面的方法按需转换。 import SimpleITK as sitk mhd_filename = 'F:/1reinforce-learning/Data...
SimpleITK-1.2.4-cp37-cp37m-win_amd64.whl.zip
03-16
SimpleITK的目标是降低使用ITK进行算法开发的入门难度，同时保持与C++核心库的兼容性。 在压缩包内，"SimpleITK-1.2.4-cp37-cp37m-win_amd64.whl"是实际的Python包文件。这个.whl文件是Python Wheel格式，它包含了...
PyPI 官网下载 | SimpleITK-1.2.0-cp27-cp27m-manylinux1_i686.whl
02-05
标题中的"PyPI 官网下载 | SimpleITK-1.2.0-cp27-cp27m-manylinux1_i686.whl"表明这是一个从Python Package Index (PyPI)官方源下载的软件包，名为SimpleITK。版本号是1.2.0，它针对的是Python 2.7版本，且具有cp27m...
SimpleITK-1.2.4-cp39-cp39-win_amd64.whl.rar
11-25
SimpleITK（Simple ...而“SimpleITK-1.2.4-cp39-cp39-win_amd64.whl”作为一个特定的软件包，代表了SimpleITK生态系统中的一个具体实现和版本，能够帮助开发者和用户在Windows平台上快速部署和使用SimpleITK。
python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)
12-23
1. 用SimpleITK读取dicom序列： import SimpleITK as sitk import numpy as np img_path='F:\\\\dataset\\\\pancreas\\\\Output\\\\thick\\\\original\\\\1' mask_path='F:\\\\dataset\\\\pancreas\\\\Output\\\\thick\\\\groundtruth\\\\1' reader = sitk.ImageSeriesReader() img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path) reader.SetFileNames
医学图像包——DCMTK、VTK、ITK、RTK、SimpleITK
Joker 007的博客
12-28 4061
医学图像包——DCMTK、VTK、ITK、RTK、SimpleITK
【Python】import SimpleITK as sitk
lingchen1906的博客
02-04 1481
origin就是原点的坐标，direction大概是轴的方向，spacing就是每个像素间所代表的真实世界的距离。对这些有一个大概的认识后，实际使用中，我们只需要以原图为基准，将不同网络输出预测结果的元数据属性设置成和原图一样就可以了，这样用3D Slicer打开时位置就能对应起来，需要注意的是保存前的numpy轴的顺序必须得是[z, y, x]，否则需要先交换再设置元数据属性，这样才是正确的！
SimpleITK的部分介绍及使用代码（python）
2301_78358640的博客
05-19 3119
简单介绍了学习中SimplelTK的部分使用方法，包括读取数据，重采样，图像分割，图像形态学操作，连通域分析等
【SimpleITK】医疗影像分割结果评价指标计算
m0_37477175的博客
01-16 3897
文章目录Overlap MeasuresSurface Distance Measuressome API Overlap Measures jaccard dice volume_similarity false_negative false_positive 其中： Volume measures: volumeSimilarity2∗(v1−v2)v1+v2 volumeSimilari...
python---之sitk中的Getspacing,origin,direction
zxyhhjs2017的博客
06-18 8810
itk_img = sitk.ReadImage(img_file) img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img) # indexes are z,y,x (notice the ordering) center = np.array([node_x,node_y,node_z]) # nodule center origin = np.arra...
[10]simpleITK读取dcm格式维度变化
qq_33612665的博客
08-13 1223
simpleitk在读取dcm格式时存储是xyz形式的，转换为数组后则为zyx. Simpleitk中图像形式： 使用GetSize()的输出为：(Width, Height, Depth)，也即原始SimpleITK数据的存储形式 转换为数组的形式： 使用GetArrayFromImage()方法后，X轴与Z轴发生了对调，输出形状为：(Depth, Height, Width) Width: 宽度，X轴，矢状面（Sagittal） Height: 高度，Y轴，冠状面（Coronal） Depth
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Kint的博客
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Python SimpleITK dcm转换成jpg
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### 使用 Python 和 SimpleITK 将 DICOM 文件转换为 JPEG 图像 为了实现从 DICOM 到 JPEG 的转换，可以利用 `SimpleITK` 库读取 DICOM 文件并将其转换成 NumPy 数组形式。之后借助于 Pillow 或 OpenCV 这样的图像...
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