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RSS订阅原创 柱状图的绘制
条形图函数中指定了 add = “mean_sd ”选项，用于创建带误差条（均值 +/- SD）的条形图。在计算 p 值标签位置时，需要指定 fun =“max”，这样第一个括号将从数据点的最大值开始。通过supp变量和group变量进行分格，并在 x 轴上比较dose变量的水平。请注意，带下划线的标签不会显示在图例中。按dose和group变量分格，在 x 轴上比较supp变量的水平。此示例演示如何创建分组条形图以及如何使用标签对条形进行批注。按supp变量分组，然后对dose变量的水平进行成对比较。
2024-05-05 21:22:31
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原创 在服务器计算节点中使用 jupyter Lab
Jupyter Lab 是一个基于网页的交互式开发环境, 用于科学计算、数据分析和机器学. jupyterlab是jupyter notebook的下一代产品, 集成了更多功能, 使用起来更方便.在进行数据分析及可视化时，个人电脑不能满足大数据的分析需求，就需要用到高性能计算机集群资源，然而计算机集群的计算节点往往没有联网功能，所以在计算机集群中使用jupyter Lab需要进行一些配置。根据集群中的任务管理系统，将以下脚本提交至计算节点。安装 jupyter Lab。配置 R（根据需求）
2024-04-23 22:17:01
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原创 anchorWave可视化
测试文件：https://share.feijipan.com/s/WTAv1DoJ。分享，请关注微信公众号：Life 生命。
2024-04-18 16:39:26
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原创 生物信息学常用网址与工具合集
高性能计算机High-performance computing (HPC)的使用。信息，请关注微信公众号：Life 生命。科研、生信相关网站，持续更新。加权共表达网络分析WGCNA。
2024-04-17 16:53:26
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原创 科研绘图颜色选择
不幸的是，我无法找到如何在 Google 表格中使用虚线或虚线图案，但我经常使用 LaTeX/PGFPlots 和 Python/Matplotlib 来做到这一点，所以我确信其他广泛使用的绘图软件也支持它们。根据色盲意识网站的数据，色觉缺陷影响了世界上大约 8% 的男性和 0.5% 的女性，这意味着全球约有 3 亿人患有某种程度的色盲。确保人们能够完全理解您的绘图的最佳方法是完全消除对可区分颜色的需求，方法是使用其他方法来区分其中的数据序列。这样的在线色盲模拟器来检查您的情节在其他人眼中的样子。
2024-04-13 00:03:47
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原创 色盲安全配色方案
一项对 580 篇生物科学论文的研究发现，约有一半的论文中的图片完全或部分无法让红绿色盲（deuteranopia）患者阅读。对于艺术作品、海报、演示文稿和更随意的科学交流，您可以尝试更具创意的配色方案（参见我们的其他。： 超过 15 种色盲安全调色板的汇编，用于使用离散调色板进行绘图和其他数据可视化。目前已经有很多针对色盲进行测试的配色方案，我将我最喜欢的方案整理如下。，它是一款免费的色盲模拟器，可应用全屏滤镜将色盲和灰度可视化。使用色盲友好的颜色增加文章的可访问性。2. 使用已有的色盲安全调色板。
2024-04-12 15:10:33
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原创 pheatmap：绘制聚类热图的函数
该函数还允许使用 kmeans 聚类聚合行。如果行数太大，以至于 R 无法再处理其分层聚类，大约超过 1000 行，则建议这样做。与其单独显示所有行，不如提前对行进行聚类，并仅显示聚类中心。可以通过参数kmeans_k调整集群的数量。来源：https://www.rdocumentation.org/packages/pheatmap/versions/1.0.12/topics/pheatmap。一个绘制聚类热图的函数，可以更好地控制一些图形参数，如单元大小等。Examples 例子。
2024-03-27 18:16:35
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原创 AI 不能够代替人的方面有哪些？
AI时代开启后，AI极大地辅助人们创作和更好地完成工作，部分替代了现有岗位，尤其是图文、视频创作，代码编程，从某种意义上说，它已经远远超越了人类，因为它有更好的“记忆”与“联想”。还有就是AI不能验证自己的结果是否正确，在AI编程中尤为明显，它可能信誓旦旦说它的代码是正确的，但是你在实际应用的时候可能会是错的，这也就是人们所说的“AI会一本正经的胡说八道”。AI 可以识别和处理基本情绪，但它们缺乏人类的同理心、共情和建立关系的能力。AI 可以生成新的想法和内容，但它们缺乏人类的原创性和直觉。
2024-03-24 12:29:35
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原创 在服务器中安转WGCNA
很多人在安装WGCNA时，遇到了很多烦人的报错问题，包括自己在内。报错原因主要有软件版本、R包之间的依赖，最无能为力的是系统包的依赖，而你没有权限。这里介绍几个方法，可能帮助你解决遇到的问题。信息，请关注微信公众号：Everything In Life。用 apptainer 构建容器。
2024-03-23 13:54:40
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原创 在服务器中vim（vimrc）的初始化配置参考
这份笔记由来主要是同事在服务器提交任务时。新建文件时，可以根据文件后缀自动生成初始化文本。以下为参考脚本，可根据自己需求更改。头部配置重新复制一次。
2024-03-22 16:55:44
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原创 Linux 中设置回收箱目录
配置 crontab。crontab 是一个命令，用于在 Linux 和其他类 Unix 操作系统中安排定期执行的作业。它允许用户设置在特定时间或间隔运行的命令或脚本。在Linux中，删除文件通常是需要非常小心的操作，一不小心就可能造成巨大的数据损失。为了避免文件被误删，我们可以做如下配置。在使用 Linux 服务器时，你是否有误删文件的经历？如果没有，可以尝试一下Linux最强大的命令。以上就是本部分的内容，在Linux 创建“回收站”目录。其实，防止重要数据丢失最好的方式是备份！
2024-03-21 18:19:43
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原创 WGCNA加权基因共表达网络分析
容器技术，避免在安装 R 包时各种系统依赖报错问题，如果您的服务器支持的话。4、最重要一步绘制表型与基因相关性热图（WGCNA中最主要结果）产生Module-trait-relationships热图。3、在上述基础上构建共表达网络，将基因划分到不同模块后，绘制基因聚类树 产生Cluster Dendrogram图。WGCNA 在数据集较大时，普通电脑跑不动，需要借助服务器，在服务器中进行 WGCNA 分析时，我建议使用。1、输入数据准备，样本筛选，该过程会产生聚类树图。R 包运行代码 WGCNA.R。
2024-03-19 09:03:34
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原创 Apptainer 容器快速上手
您可以使用它在Apptainer支持的格式之间转换容器。您可以将它与Apptainer定义文件结合使用，从零开始创建容器并对其进行定制以满足您的需求。如果您已经在本地保存了容器，则可以将其用作构建新容器的目标。如果在转换之前对可写容器进行了更改，则 Apptainer 定义文件中不会记录这些更改，这会损害容器的可重现性。例如，在默认压缩器为 xz 的主机上构建映像，然后在唯一可用压缩器为 gzip 的节点上运行该映像时。要在沙箱容器内进行持久更改，请 --writable在调用容器时使用该标志。
2024-03-18 10:06:19
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原创 ggplot2笔记
ggplot笔记#准备数据 #设置工作目录 setwd("/home/zxd/test/GenekTV_ggplot2")#读取数据gene_exp<-read.table(file = "gene_exp.txt", sep = "\t", header = T, stringsAsFactors = F)gene_len<-read.table(file
2022-07-05 10:10:41
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空空如也
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