getopt(),是getopt包的函数,需要先按照getopt包
getopt(spec = NULL, opt = commandArgs(TRUE),command = get_Rscript_filename(), usage = FALSE,debug = FALSE)
spec:一个4或5列的矩阵,里面包括了参数信息,前四列是必须的,第五列可选。
第一列:参数的longname,多个字符。
第二列:参数的shortname,一个字符。
第三列:参数是必须的,还是可选的,数字:0代表不接参数 ;1代表必须有参数;2代表参数可选。
第四列:参数的类型。logical;integer;double;complex;character;numeric
第五列:注释信息,可选。
usage:默认为FALSE,这时参数无实际意义,而是以用法的形式输出。
#!/usr/bin/Rscript
# _*_ coding: utf-8 _*_
library('getopt')
command=matrix(c(
'help', 'h', 0,'loical', '帮助文档',
'pdfinput', 'i', 2, 'character', '判断值的结果',
'noloutput', 'o', 1, 'character', '标准化的判断值的结果'),byrow=T,ncol=5)
args=getopt(command)
if (!is.null(args$help) || is.null(args$pdfinput) || is.null(args$noloutput) ) {
cat(paste(getopt(command, usage = T), "\n"))
q(status=1)
}
## 设置默认值
#if ( is.null(args$pdfinput) ) {
# args$pdfinput = 0
# }
print(args$pdfinput)
$ Rscript t.R -h
Usage: t.R [-[-help|h]] [-[-pdfinput|i] <character>] [-[-noloutput|o] <character>]
-h|--help 帮助文档
-i|--pdfinput 判断值的结果
-o|--noloutput 标准化的判断值的结果