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生物信息软件应用
文章平均质量分 62
猿大人007
这个作者很懒,什么都没留下…
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KOBAS 3.0学习
在线通路注释,一般使用DAVID、KASS、KOBAS等工具。Kobas : KOBAS(基于KEGG Orthology Based Annotation System)是用于基因/蛋白质功能注释(注释模块)和功能集富集(Enrichment module)的Web服务器。给定一组基因或蛋白质,它可以确定通路,疾病和基因本体论(GO)术语是否显示统计学显着性。KOBAS 3.0由两个功能...原创 2018-09-12 09:27:12 · 9433 阅读 · 1 评论 -
LEfSe学习
参考 :微生物组间差异分析之LEfSe分析LEfSe 分析, 你真的懂嘛?微生物LEfSe分析图表解读实栗操作:(待续)#!/bin/sh# in this script we show how to perform the biomarker discovery operation# using LEfSe. The scripts require LEfSe to be in...原创 2018-09-17 14:51:31 · 2244 阅读 · 0 评论 -
picrust 功能预测应用
## 0 16s 分析可以得到菌群组成,该怎么把物种和它的“功能”对应起来呢?picrust 功能预测工具应运而生## 1 应用于16s rRNA 序列预测功能分析(KEGG、COG)## 2 分类的参考数据库必须是Greengene## 3 原理和深入解读参考:16S扩增子测序与PICRUSt分析,将成为研究新趋势根据16S预测微生...原创 2018-09-04 14:02:14 · 6235 阅读 · 0 评论 -
cd-hit 去冗余
下载:http://www.bioinformatics.org/cd-hit/背景:生信分析中经常要根据指定条件查找相似序列,比如构建多个样品间的非冗余基因集、分析样品间的相似程度。cd-hit 去冗余,也可以叫做相似序列的聚类工作原理可概述为:将所有序列按照参数设定进行聚类,并将每一组聚类中的最长序列作为代表序列进行输出,同时给出每组聚类下的每个序列名可供相似度分析使用。其中设定阈...原创 2019-11-01 16:40:33 · 7790 阅读 · 1 评论 -
megahit 序列拼接
MEGAHITMEGAHIT is a single node assembler for large and complex metagenomics NGS reads, such as soil. Compare to SOAPdenovo, it generates longer contigs and consumes less memory.参考文献:an ultra-fast...原创 2019-11-01 16:41:26 · 9536 阅读 · 0 评论