在线通路注释,一般使用DAVID、KASS、KOBAS等工具。
Kobas : KOBAS(基于KEGG Orthology Based Annotation System)是用于基因/蛋白质功能注释(注释模块)和功能集富集(Enrichment module)的Web服务器。给定一组基因或蛋白质,它可以确定通路,疾病和基因本体论(GO)术语是否显示统计学显着性。
KOBAS 3.0由两个功能组成,注释(Annotation)和富集(Enrichment)
KOBAS 3.0的输入不支持gene symbol,一般操作将Symbol ID转换成Entrez Gene ID(或者)ensembl格式的ID。
推荐进行基因ID转换的网站:gprofiler : http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi
注释(Annotation):
对于Annotation模块,它接受基因/蛋白质列表作为输入,包括ID或序列。 对于每个基因,您可以找到与该基因相关的途径,疾病和基因本体(GO).
富集(Enrichment)
富集模块为您提供答案,了解哪些途径,疾病和GO术语与您刚输入的基因/蛋白质具有统计学意义。
该模块在KOBAS 2.0中称为“识别”。它接受与Annotation模块相同的输入格式,并且还允许Annotation模块的结果作为输入(请参阅3.1中的详细信