KOBAS 3.0学习

KOBAS 3.0是一款用于基因/蛋白质功能注释和富集分析的工具,主要包含注释和富集两个功能。注释模块提供基因与通路、疾病、GO术语的相关性,而富集模块通过统计分析确定输入基因与通路、疾病、GO术语的显著性关联。输入数据可以是基因ID、序列或基因表达矩阵,输出包括统计学显著性的P值和校正后的P值。用户可以利用KOBAS本地版进行操作,包括数据库下载和应用安装。
摘要由CSDN通过智能技术生成

在线通路注释,一般使用DAVID、KASS、KOBAS等工具。

Kobas : KOBAS(基于KEGG Orthology Based Annotation System)是用于基因/蛋白质功能注释(注释模块)和功能集富集(Enrichment module)的Web服务器。给定一组基因或蛋白质,它可以确定通路,疾病和基因本体论(GO)术语是否显示统计学显着性。

KOBAS 3.0由两个功能组成,注释(Annotation)和富集(Enrichment)

KOBAS 3.0的输入不支持gene symbol,一般操作将Symbol ID转换成Entrez Gene ID(或者)ensembl格式的ID。

推荐进行基因ID转换的网站:gprofiler : http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi

注释(Annotation):

对于Annotation模块,它接受基因/蛋白质列表作为输入,包括ID或序列。 对于每个基因,您可以找到与该基因相关的途径,疾病和基因本体(GO).

富集(Enrichment)

富集模块为您提供答案,了解哪些途径,疾病和GO术语与您刚输入的基因/蛋白质具有统计学意义。

该模块在KOBAS 2.0中称为“识别”。它接受与Annotation模块相同的输入格式,并且还允许Annotation模块的结果作为输入(请参阅3.1中的详细信

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