KOBAS 3.0学习

KOBAS 3.0是一款用于基因/蛋白质功能注释和富集分析的工具,主要包含注释和富集两个功能。注释模块提供基因与通路、疾病、GO术语的相关性,而富集模块通过统计分析确定输入基因与通路、疾病、GO术语的显著性关联。输入数据可以是基因ID、序列或基因表达矩阵,输出包括统计学显著性的P值和校正后的P值。用户可以利用KOBAS本地版进行操作,包括数据库下载和应用安装。

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在线通路注释,一般使用DAVID、KASS、KOBAS等工具。

Kobas : KOBAS(基于KEGG Orthology Based Annotation System)是用于基因/蛋白质功能注释(注释模块)和功能集富集(Enrichment module)的Web服务器。给定一组基因或蛋白质,它可以确定通路,疾病和基因本体论(GO)术语是否显示统计学显着性。

KOBAS 3.0由两个功能组成,注释(Annotation)和富集(Enrichment)

KOBAS 3.0的输入不支持gene symbol,一般操作将Symbol ID转换成Entrez Gene ID(或者)ensembl格式的ID。

推荐进行基因ID转换的网站:gprofiler : http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi

注释(Annotation):

对于Annotation模块,它接受基因/蛋白质列表作为输入,包括ID或序列。 对于每个基因,您可以找到与该基因相关的途径,疾病和基因本体(GO).

富集(Enrichment)

富集模块为您提供答案,了解哪些途径,疾病和GO术语与您刚输入的基因/蛋白质具有统计学意义。

该模块在KOBAS 2.0中称为“识别”。它接受与Annotation模块相同的输入格式,并且还允许Annotation模块的结果作为输入(请参阅3.1中的详细信

### 本地 KOBAS 安装配置与使用说明 #### 工具概述 KOBAS 是一种用于功能注释和通路富集分析的工具,支持在线版本以及本地部署。对于本地安装的需求,可以通过官方提供的资源完成环境搭建。 #### 下载地址 可以从以下链接获取最新版的 KOBAS 软件及其依赖项: `http://kobas.cbi.pku.edu.cn/download.do` [^2] 此页面提供了详细的 installation 文档,其中包含了所需的配置文件和安装命令。 #### 配置步骤 为了成功运行本地 KOBAS,需注意以下几个方面: 1. **R 的安装** 如果计划通过 Python 调用 R 功能,则需要特别关注 R 的编译选项。在 Linux 平台上,默认的 R 编译可能无法生成 `libR.so`, `libRblas.so`, 和 `libRlapack.so` 库文件。因此,在执行 R 的源码编译时,应加入参数 `--enable-R-shlib` 来启用共享库的支持 [^2]。 此外,还需将 R 的路径添加到系统的全局变量中,通常是在 `/etc/profile` 文件中追加如下内容: ```bash export PATH=/path/to/R/bin:$PATH ``` 2. **Python 环境准备** 若希望利用 rpy2 实现跨语言交互,则建议先确认 Python 版本兼容性并安装必要的扩展模块。例如,可通过 pip 命令来安装 rpy2: ```bash pip install rpy2 ``` 3. **数据库初始化** KOBAS 所使用的生物信息学数据存储于 SQLite 或 MySQL 数据库之中。首次启动前,应当按照官方指南导入预处理好的基因组背景知识库 。 4. **测试验证** 成功设置完毕之后,尝试加载一些示例输入文件以检验整个流程是否正常运作。比如,可以选取一份已知物种的小规模表达谱作为起点。 #### 注意事项 尽管大多数情况下遵循上述指引即可顺利完成部署工作,但在实际操作过程中仍可能出现个别差异化的状况。如果遇到任何阻碍,请参照官方论坛或者社区寻求进一步帮助。 ```python import os os.system('wget http://kobas.cbi.pku.edu.cn/download/KOBAS_v3.0.tar.gz') ``` 以上脚本可用于自动拉取软件压缩包至当前目录下。 ---
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