picrust 功能预测应用

最新推荐文章于 2025-02-05 10:20:38 发布

猿大人007

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分类专栏：生物信息软件应用数据库文章标签： picrust 16S

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本文链接：https://blog.csdn.net/rojyang/article/details/82379333

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本文介绍了使用PICRUSt基于16S rRNA序列进行微生物功能预测的方法，包括其原理和步骤。首先，通过16S序列推断共同祖先的基因功能谱，然后构建全谱系的基因功能预测。接着，利用Greengenes数据库对测序数据进行封闭式OTU划分和丰度校正，并基于参考序列的功能谱预测菌群代谢功能。参考资源包括官方文档和相关博客文章。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

## 0

16s 分析可以得到菌群组成，该怎么把物种和它的“功能”对应起来呢？picrust 功能预测工具应运而生

## 1

应用于16s rRNA 序列预测功能分析（KEGG、COG）

## 2

分类的参考数据库必须是Greengene

## 3

原理和深入解读参考：

16S扩增子测序与PICRUSt分析，将成为研究新趋势

根据16S预测微生物群落功能最全攻略

PICRUSt的基本原理

PICRUSt的总体思路说来很简单，主要分为3步：

1. 先根据已测微生物基因组的16S rRNA基因全长序列，推断它们的共同祖先的基因功能谱；

2. 对Greengenes数据库中其它未测物种的基因功能谱进行推断，构建古菌和细菌域全谱系的基因功能预测谱࿱

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