cd-hit 去冗余

最新推荐文章于 2024-12-29 12:19:10 发布
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分类专栏： 生物信息软件应用 文章标签： cd-hit 去冗余
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cd-hit是一款用于生物信息学中去冗余序列的工具，常用于构建非冗余基因集和分析序列相似性。它按照设定的相似性阈值进行聚类，保留最长序列作为代表。通过调整参数如相似性阈值(-c)、内存分配(-M)和线程数(-T)，可以灵活控制去冗余过程。除了蛋白序列，cd-hit-est适用于核酸序列的去冗余，提供更快的速度和更好的效果。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

下载：http://www.bioinformatics.org/cd-hit/

背景：生信分析中经常要根据指定条件查找相似序列，比如构建多个样品间的非冗余基因集、分析样品间的相似程度。

cd-hit 去冗余，也可以叫做相似序列的聚类

工作原理可概述为：将所有序列按照参数设定进行聚类，并将每一组聚类中的最长序列作为代表序列进行输出，同时给出每组聚类下的每个序列名可供相似度分析使用。其中设定阈值需要注意（默认相似性在0.9）

简要的使用：

eg:蛋白序列的去冗余

cd-hit -i all.prot.fa -o all.nr.prot.fa -M 0 -T 24

       说明：

                     软件：cd-hit

                     参数：基本默认

                                   -i ：预测的蛋白序列

                                   -o ：输出文件

                                   -M ：分配的内存

                                   -T ：线程数

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基因组去冗余主流软件安装
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04-12 2666
CD-HIT。
CD-HIT去除冗余序列
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1、简介 CD-HIT是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列，一般用于构建非冗余的数据集用于后续的实验分析。 2. 下载与安装 Cd-hit下载网址为https://github.com/weizhongli/cdhit/archive/V4.6.2.tar.gz，需要在linux系统（如果你的电脑是Windows的，可以装一个虚拟机，并安装Linux...
cd-hit：进行序列去冗余
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在base里面用conda安装，方便。
CD-Hit 生信 碱基序列去除冗余的方法
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1.CD-Hit介绍 官方介绍： CD-HIT是一个非常广泛使用的程序，用于蛋白质或核苷酸序列的聚类和比较。最初由李伟忠博士在伯纳姆研究所（现为桑福德伯纳姆医学研究所）亚当·戈兹克博士的实验室开发，CD-HIT速度非常快，可以处理非常大的数据库。有助于显著减少许多序列分析任务中的计算和手动工作，并有助于理解数据结构和纠正数据集中的偏差。CD-HIT包有CD-HIT、CD-HIT-2D、CD-HIT-EST、CD-HIT-EST-2D、CD-HIT-454、CD-HIT-PARA、PSI-CD-HIT、C
安装生物序列去冗余软件cd-hit
javafalcon的专栏
10-12 3843
cd-hit是一款生信常用于序列去冗余的工具，在https://github.com/weizhongli/cdhit下载后，需要自己编译，对于windows系统，工作步骤如下（以下以windows 10下安装为例）： 1. https://github.com/weizhongli/cdhit/releases下载cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar，解压得到文件夹：cd-hit-v4.8.1-2019-0228 2.下载cygwin，并安装 3.在安装cygwin时，勾选gcc-
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linux cd-hit下载安装,教程 | 如何用cd-hit去除冗余序列？
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原标题：教程 | 如何用cd-hit去除冗余序列？生信分析中经常要根据指定条件查找相似序列，比如构建多个样品间的非冗余基因集、分析样品间的相似程度等等，cd-hit这款软件就可以用较短的时间解决此类问题。其工作原理可概述为：将所有序列按照参数设定进行聚类，并将每一组聚类中的最长序列作为代表序列进行输出，同时给出每组聚类下的每个序列名可供相似度分析使用。下面我们来简单介绍一下它的使用方法。1. 下载...
cd-hit 去除冗余序列
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例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考提示：这里对文章进行总结：例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
CDHITtoFASTA:提取包含参考蛋白的CD-Hit簇并将其以FASTA格式存储
05-20
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28、cd-hit去除冗余序列
weixin_38169769的博客
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转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101nidy.html 网址：http://cd-hit.org ；http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ ； 下载：http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ CD-HIT 去冗余，也可以叫做相似序列的聚类...
序列去冗余_tine_location.py
05-14
输入格式为fasta类型的序列文件。序列名字要用制定的分隔符，标注好时间和地点信息。 本脚本程序由python编写，可以滤除掉序列文件中相同的DNA信息相同时间信息的序列。只保留时间地点序列至少有一个不一样的序列
cd-hit-user-guide.pdf 学习cd-hit新手必备！
12-10
cd-hit是非常快速的、是中国人（Weizhong Li）写的，很好用，最大的特点就是快。基本思路是首先对所有序列按照其长度进行排序，然后从最长的序列开始，形成第一个序列类，然后依次对序列进行处理，如果新的序列与已有的序列类的代表序列的相似性在cutoff以上则把该序列加到该序列类中，否则形成新的序列类。 指导学习cd-hit
CD-HIT
纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行！
04-21 2567
文章目录CD-HITref介绍算法原理索引表Short word filter短词统计Banded alignment算法限制PSI-CD-HIT在线服务器离线安装使用方式常用示例Gclust CD-HIT CD-HIT is a very widely used program for clustering and comparing protein or nucleotide sequences. 主要用于基因序列根据阈值去重 ref 官方： CD-HIT 官网 github CD-HIT cdhi
cd-hit linux,使用cd-hit对蛋白质或核酸序列进行聚类
weixin_33603105的博客
05-16 1418
2018.9.7 星期四 多云 biolearncd-hit 是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列，一般用于构建非冗余的数据集用于后续的实验分析。cd-hit聚类算法通常来说，根据序列相似度对序列进行聚类，首先想到的可能是通过计算两两序列之间的相似度对序列进行聚类，这样需要进行all by all的比较，相对来说比较费时，而 cd-hit 软件...
CD-HIT：高效精准的基因序列比对工具
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04-15 755
CD-HIT：高效精准的基因序列比对工具 cdhitAutomatically exported from code.google.com/p/cdhit项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cd/cdhit 项目简介 是一个由Weizhong Li开发的开源项目，主要用于生物信息学中的基因或蛋白质序列比对。它能够快速地聚集相似序列，并以高精度进行聚类，是研究基...
CD-HIT的使用
一名学术waste的note pro
02-16 1万+
继续我的生信笔记系列。从某网站的附带文献中读到该工具，搜索了一下，发现网上的大佬们都在讲如何用它去冗余，相对官方页面的介绍而言很是片面，于是刚好有聚类的需求的我准备对其全体功能做做实验，学习一下由李伟忠博士在伯纳姆研究所（现为桑福德伯纳姆医学研究所）亚当·戈兹克博士的实验室开发的牛工具。 首先是官方介绍： CD-HIT是一个非常广泛使用的程序，用于蛋白质或核苷酸序列的聚类和比较。最初由李伟忠博士在伯纳姆研究所（现为桑福德伯纳姆医学研究所）亚当·戈兹克博士的实验室开发，CD-HIT速度非常快，可以处理非常
Ubuntu安装CD-HIT
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BingJH2018212666的博客
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CD-HIT是一个广泛使用的生物信息学工具，主要用于聚类生物序列数据，如蛋白质或核酸序列，以减少数据冗余和简化数据分析。
cd-hit记录解读
situttt的博客
07-19 1074
翻译自：https://github.com/weizhongli/cdhit/wiki/1.-Algorithm#user-content-References聚类序列数据库通常需要进行全对全比较；因此非常耗时。许多方法使用BLAST计算所有对所有相似性。对于这些方法来说，要对大数据库进行聚类非常困难。而CD-HIT可以使用基于短word的启发式算法避免许多成对的序列比对。CD-HIT是一种贪婪的增量聚类方法。基本CD-HIT算法将输入序列从长到短排序，并按最长到最短的顺序连续处理它们。
cd-hit 转录本聚类
weixin_30339969的博客
01-23 1375
可以将Trinity.fasta最长转录本作为unigenes，也可以使用其他软件，如GTICL和cd-hit。一般GTICL和cd-hit得到的unigenes比Trinity软件得到的数量要多，有人指出在GTICL和cd-hit的结果中能找到自己想要的基因，而在最长库中有的难以找到。 1. 安装 Cd-hit下载网址为https://github.com/weizhongli/cdhit...
cd-hit -i input.fasta -o output.fasta -c 0.95 -T 0 -M 0，使用CD-hit去冗余，因为我的fasta文件里序列的长度是相同的，那么我该如何设置这些参数，尤其是-c
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CD-hit是一个用于大规模序列聚类的程序，它可以快速地识别和处理序列冗余。在您的情况下，由于FASTA文件中的序列长度相同，您可能想要根据序列间的相似度来进行聚类。参数`-c`用于设置序列的识别阈值，即聚类的序列...
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