这篇博客详细记录了如何从国家癌症基因组数据中心（GDC）下载TCGA项目的胃癌（STAD）RNA-seq数据。首先，访问GDC官网并清空购物车，接着在Repository中选择Cases，设定过滤条件为PrimarySite为胃癌，Program为TCGA，Project为TCGA-STAD。然后在Files部分选择transcriptome profiling，GeneExpressionQuantification和RNA-seq实验策略。将所需文件加入购物车，下载Metadata、Manifest和Cart文件，并将它们合并为基因表达矩阵。
记录一下步骤～
1、先进入GDC官网
GDC
https://portal.gdc.cancer.gov/2、进入官网后是这样的：点击Repository
3、点进去之后是下面的第一张图片这样的。（但得先确定自己的Cart里面是空的，这里我之前添加了542个文件，所以cart那里有个542，所以我需要进行清除）
清除Cart里的文件：点击cart，点进去之后是下面这样的：
然后点击红色的Remove From Cart，点击ALL Files。
清除完之后返回到Repository页面，也就是下面这样的页面：
4、先点击Cases，选择你需要的一些选项。
以我自己下载TCGA的胃癌举例
Primary Site ：选择你需要下载的癌症，所以这里我就选择了stomach
Program：选择了TCGA
Project：选择了TCGA-STAD
其他的默认了，可以根据你想要的选项进行选择
5、再点击Files
Date category：选择transcriptome profiling
Date Type：选择 Gene Expression Quantification
Experimental Strategy：选择RNA-seq
其他没选了
6、选完之后，点击Add ALL Files to Cart，这样就把我们需要的样本文件都添加到购物车啦。
7、点击Cart，进入到如下页面
下载3个文件：Metadata、Download里面的（Manifest和Cart）
8、下载好之后，把这3个文件放在同一个文件夹里，然后使用两个脚本合并出表达矩阵（行是基因，列是样本）！！！
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