poj 3691 DNA repair AC自动机+dp

题意：

给n个模式串和1个主串，求主串最少改变多少个字符才能不含n个模式串中的任何一个。

分析：

多模式串匹配问题可以考虑ac自动机，把自动机构造出来后在上面dp,dp[len][s]表示主串到len个字符且位于自动机son状态时的最优值，则dp[len][son]=min(dp[len][s],dp[len-1][father]+(s[i]!=trans(father,son)))，trans(father,son)表示自动机中father状态转到son状态经过的字母边。

代码：

//poj 3691
//sep9
#include <iostream>
#include <queue>
using namespace std;
const int max_l=1024;
struct node
{
	int s[4],fail;
	bool word;
}a[max_l];

queue<int> Q;
int len,index;
char s[max_l];
int dp[max_l][max_l];
int get_code(char c)
{
	if(c=='A') return 0;
	if(c=='G') return 1;
	if(c=='C') return 2;
	if(c=='T') return 3;	
}

void build_trie(int h,int k)
{
	if(k==len){
		a[h].word=true;
		return ;
	} 
	int p=get_code(s[k]);
	if(!a[h].s[p])
		a[h].s[p]=++index;
	build_trie(a[h].s[p],k+1);
}

void build_AC_Automation()
{
	int h,i;
	while(!Q.empty()) Q.pop();	
	Q.push(0);
	while(!Q.empty()){
		h=Q.front();
		Q.pop();
		for(i=0;i<4;++i)
			if(a[h].s[i]){
				Q.push(a[h].s[i]);
				if(h) a[a[h].s[i]].fail=a[a[h].fail].s[i];
				if(a[a[a[h].s[i]].fail].word==true) a[a[h].s[i]].word=true;
			}else if(h)
				a[h].s[i]=a[a[h].fail].s[i];		
	}
}

int get_ans()
{
	memset(dp,0x7f,sizeof(dp));
	dp[0][0]=0;
	int i,j,k,son;
	for(i=1;i<=len;++i)
		for(j=0;j<=index;++j)
			if(dp[i-1][j]<max_l)
				for(k=0;k<4;++k)
					if(a[a[j].s[k]].word==false){
						son=a[j].s[k];
						dp[i][son]=min(dp[i][son],dp[i-1][j]+(k!=get_code(s[i-1])));
					}
	int ans=INT_MAX;
	for(i=0;i<=index;++i)
		ans=min(ans,dp[len][i]);
	if(ans<max_l) return ans;
	return -1;				
}

int main()
{
	int cases=0,n;
	while(scanf("%d",&n)==1&&n){
		memset(a,0,sizeof(a));
		index=0;
		while(n--){
			scanf("%s",s);
			len=strlen(s);
			build_trie(0,0);
		}
		build_AC_Automation();
		scanf("%s",s);
		len=strlen(s);
		printf("Case %d: %d\n",++cases,get_ans());
	}
	return 0;	
}