安装miniconda 及 生物学软件

安装miniconda

参考内容

https://www.bilibili.com/video/BV1MV41117SD?from=search&seid=14095988536494616638

1. 下载安装miniconda的bash脚本
   mimiconda有不同平台的，由于我使用的是linux,因此采用linux版本的miniconda: Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. 下载成功后，直接运行安装的脚本。
3. 设置miniconda安装目录
4. 安装成功后，激活conda环境配置文件

source .bashrc

5. 激活conda环境后，用which conda 找到conda命令的位置

which conda

6. 查看conda的命令参数

conda --help

7. 其它命令

conda search R #可以查找能安装的R版本
conda install R #会安装最新的R
conda create -n R36 #可以创建新的conda环境R36
conda activate R36 #可以激活新的环境R36
conda deactivate #取消激活当前的环境R36
which R #可以查找当前环境下R安装的位置
q()  #退出R 

注意！

• 回到base环境下，不能调用R。因为在base环境下是没有安装R的。
• 基础的miniconda下包含很多命令文件。
• 查看创建的环境下又可以拥有多种命令。

利用conda安装生物学软件

参考内容

学转录组入门生信」如何用conda安装分析需要的软件：https://www.bilibili.com/video/BV1s4411F761?from=search&seid=4526078031453005270

1. 在配置文件中（家目录（~）下的/.condarc）添加安装anaconda软件的第三方镜像源（此处增加了4个镜像源）：

镜像源来自于清华大学开源软件镜像站 ：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/

• anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

• anaconda/pkgs/main/

conda config --add channels  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

• conda-forge

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

• bioconda

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

2. 搜索并安装需要的sra软件
   sra-tools: 下载sra数据
   fastqc: 质控查看数据
   cutadapt: 剪切接头
   trimmomatic: 剪切数据
   star: 数据比对
   hisat2：数据比对
   samtools : SAM/BAM文件处理
   subread: 基因计数
   htseq：基因计数

conda search sra
conda install sra-tools
conda create -n rna-seq sra-tools fastqc cutadapt trimmomatic star hisat2 samtools subread htseq

3. 激活环境并运行软件

conda activate rna-seq
hisat2 #查看能够运行，能运行则表明安装成功