GEO数据库数据下载

GEO(Gene Expression Ommius datasets):
该数据库搜集了大量表达谱,甲基化,lncRNA,miRNA,CNV等芯片数据

该数据信息包括了:

  1. GPL:GEO Platform 数据平台
  2. GSM: GEO Sample 样本的ID
  3. GSE: GEO Series 研究ID
  4. GDS: GEO Datasets 数据集的ID

该数据类型包括了:

  1. SOFT:包括了探针与基因对应关系的注释文件,样本单独表达量,所有信息文件。
  2. MINIML : XML格式的所有数据
  3. Series Matrix:所有样本表达矩阵的数据文件
  4. TAR(of CEL,EXP):芯片原始数据文件(GDSbrowser可查询文件)

经验证明:

  1. 部分Series Matrix 文件并不含有样本表达矩阵数据;
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