药物靶点项目常见FAQ

1 我想做一个药物的靶点筛选，你们能做嘛？

您这边药物是什么类型的呢？如果是小分子化合物的话，是可以的，可以用我们公司的人类蛋白芯片去筛选直接靶点。也可以用 pull-down+MS 的手段去钓靶点，但是这两种实验都是要在小分子化合物上生物素的。您这边小分子有生物素修饰嘛？

2 小分子有推荐的标记方案吗？

我们可能更推荐可以改善水溶性的方案，因为大部分的小分子水溶性都不太好，而我们后面芯片实验的体系是水溶性的，所以这个方案上更推荐改善水溶性的方案。

3 你们标记后小分子的纯度有多少？有质控证明嘛？

我们标记后的小分子纯度在95%左右，我们提供核磁图和氢谱图。

4 我提供的化合物中有很多羟基，怎么保证能得到的是你们提供的方案中的这个化合物呢？

是这样的，您这个化合物中羟基虽然多，但是我们标记的这个羟基的位置和其他的是不同的，是相对较小的，所以我们会控制条件使得标记发生在这个位点上，但是可能也会有两个羟基各种条件完全相同的，那也是有可能标记在另一个上的，但是最后我们会过柱子，保证得到的是一种化合物，标记在一个位点上的化合物的，纯度在95%左右。

5 如何保证化合物手性结构不被破坏？

我们会在低温和近中性条件下进行实验，实验条件参照手性氨基酸的合成，能够保证手性分子的手性不发生消旋化。

6 这个蛋白可以做SPR嘛？

判断一个蛋白是否可以做SPR，先看蛋白的纯度，纯度在85%以上，其次是看一下buffer 部分是否有 tris 及海藻糖等物质。如果没有，且纯度 ok 就可以，如果有tris，可以置换，置换会损耗蛋白，如需置换蛋白，希望客户多提供一些。另外还要查询一下这个蛋白相应的 SPR 的文章看一下是否可以做。

7 这个3个常数的单位又代表什么意思？

亲和力=解离平衡常数(KD)=稳态与平衡常数

亲和力：描述配体和分析物分子之间的结合强度，浓度单位M，数值越小结合越强。

Kd (s-1)是解离速率常数；Ka (M-1s-1)是结合速率常数；KD=kd/ka描述分析物与配体之间结合的速率 ka 和解离的速率kd。动力学常数是亲和力之外，表征分子结合/复合物稳定性的重要信息。相同的亲和力有可能具有完全不同的动力学特征。

8 偶联量、富集、偶联这大约是个什么样的流程，作用是什么？

理论偶联量：根据小分子的分子量与蛋白的分子量进行公式计算，来预估其偶联量。配体偶联水平决定了芯片表面与分析物间的结合容量。

富集：计算小分子与蛋白(或其他) 理论偶联量之后进行的预实验，根据预实验的浓度以及偶联值(与理论偶联值相比)，来探索上样的浓度梯度范围。

预富集的目的： 在化学偶联过程， 通过静电作用吸附并提高芯片表面附近的 配体浓度，从而提高偶联的效率和减少配体消耗。

富集和偶联是一个意思。

9 芯片再生和不再生的目的是什么？

将与配体结合的残留的分析物分子从芯片表面彻底除去， 必须保持芯片上配 体分子的活性，有效的再生对获得高质量的分析数据至关重要！蛋白与蛋白结合实验时需要芯片再生。

10 SPR可以提供哪些信息？

1. 两者之间有无结合
2. 两种分子的结合强度--亲和力

11 做pull-down也需要进行标记吗？

是的，因为pull-down的原理上也是需要一个抓手的，把小分子固定在珠子上。所以也是需要生物素标记的。(以下图为示意图，实际操作以实验为准)

12 蛋白互做可以用 pull down 验证嘛？

如果做蛋白互做验证的话一个是做SPR (需要购买两种纯化蛋白成本可能较高)验证直接结合另外就是可以做蛋白的pull down +wb (需要购买目的蛋白的纯化蛋白+另外一个蛋白的抗体)或者做coip+wb(购买两个蛋白的抗体)。