fastq barcode split

最新推荐文章于 2023-04-20 10:04:04 发布
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分类专栏： bio 文章标签： git github
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本文链接：https://blog.csdn.net/sharkloc/article/details/128624302
版权
这是一个用于拆分双端测序数据中包含条形码的工具，支持单个条形码的拆分，可以处理gz压缩文件，并具备碱基容错参数。此外，它还允许一个样本对应多个条形码。该工具可在repo中获取，并通过提供的install指南进行安装和使用。
摘要由CSDN通过智能技术生成
双端测序数据barcode拆分工具
  • 目前只支持单barcode拆分
  • 支持gz压缩文件输入输入
  • 参数支持barcode碱基容错
  • 支持一个样本对应多个barcode
repo :
github : https://github.com/sharkLoc/fqkit.git
install :
cargo install fqkit
# or

git clone https://github.com/sharkLoc/fqkit.git
cd fqkit
cargo b --release
# mv target/release/fqkit to anywhere you want
usage :
fqkit barcode
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sharkloc
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Barcode拆分获取样本Fastq数据最佳实践
LittleComputerRobot的博客
12-09 690
Barcode拆分获取样本Fastq数据最佳实践
splitBarcode软件使用文档V0.1.61
08-03
简介软件名称:splitBarcode最新版本:0.1.6功能:读取指定的fastq文件并拆分barcode,支持se和pe模式,支持单barcode和双bar
BarcodeSplitter:读取FASTAFASTQ文件，并根据条形码匹配将其拆分为几个较小的文件
05-10
============== BarcodeSplitter [FASTX条码分离器]的C ++解释（ ）最初由Assaf Gordon（ ）用perl编写。 在C ++中对fastx_barcode_splitter进行了改编，以加快BARCODE拆分的过程。 该程序根据条形码匹配读取FASTA / FASTQ文件并将其拆分为几个较小的文件。 从STDIN读取FASTA / FASTQ数据（自动检测格式。） 输出文件将被写入磁盘。 摘要将被打印到STDOUT。 发牌 BarcodeSplitter已获得GPL许可。 安装 编译刚运行的应用程序：全部创建 去做： 尚未实现fastx_barcode_splitter的部分选项。 变更日志： 0.0 Initial Release
16S样品拆分
rojyang的博客
08-06 1718
Barcode是样品的标签，位于引物的外侧。比较典型的有三种，位于左端(正向引物上游)，还有右端和双端两类也比较常用。 为什么16S测序有barcode？ 目前扩增子研究对象细菌、真菌多样性没有表达基因数量大，一般是几百到千的水平，对数据量要求最多10万条序列即可饱合。将扩增子样本添加上barcode(标签)，通常将48/60个样品混合在一起，构建一个测序文库，达到高通量测序大量样品同时降低实...
扩增子分析解读2提取barcode,质控及样品拆分,切除扩增引物
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
08-08 2万+
本网对Markdown排版支持较差，请跳转“宏基因组”公众号阅读；写在前面之前发布的《扩增子图表解读》系列，相信很多朋友都看过了(链接直达7月文章目录)。这些内容的初衷是写给本领域刚进实验室的学生读，加速大家对同行文章的解读能力。如果连同行的结果都看不懂，何谈对数据的理解，对科学问题的解释。希望刚入行的小伙伴多读高水平文章，配合我的解读，定能让理解上升一个层次。《扩增子分析解读》系列文章介绍扩增子分
pythonbarcode碱基错配_扩增子分析解读2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物...
weixin_39940425的博客
12-09 924
Barcode位于引物的外侧，比较典型的有三种，上图展示的为最常用的barcode位于左端(正向引物上游)，此外还有右端和双端也比较常用。本分析采用的数据类型为右端barcode。extract_barcodes.py是QIIME中用于切除barcode的脚本，支持你想到的所有类型。-f参数为输入文件，即上文中合并双端数据后的文件；-m为实验设计文件；-o为输出切下barcode的数据目录；-c为...
维基百科：FASTQ格式
03-22
来自维基百科中文版本的FASTQ文件格式介绍。由于维基百科被和谐了，特在此分享。
seqtk-Introduction.zip_fastq
09-22
在生物信息学领域，序列数据的处理是至关重要的，而seqtk作为一款强大的命令行工具，广泛应用于对FASTA和FASTQ格式的序列数据进行操作和分析。FASTA是一种用于存储核酸或蛋白质序列的文本格式，而FASTQ则是包含了...
Fastq过滤器
02-08
在生物信息学领域，Fastq格式是存储高通量测序数据的标准格式，它包含了序列信息和质量分数。"Fastq过滤器"通常是指用于处理和分析这些数据的工具，目的是去除低质量、短片段或其他不符合特定标准的序列，以提高后续...
pythonbarcode碱基错配_根据barcode拆分测序数据
weixin_36081486的博客
01-29 2116
扩增子测序不同于其他高通量测序项目，扩增子测序往往样品量较大，但单个样品的数据量要求不高(因为仅仅研究扩增区域的序列)。为了节约成本，研究者们通常会把多个样品混在一个文库，并给不同样品加上一段 Barcode 序列。在后续的生物信息分析中，根据 Barcode 序列即可将不同样品的序列拆分开来。接下来介绍两个序列拆分工具seqtk_demultiplex 和 fastq-multx。seqtk_d...
生物信息学基础知识（四）
weixin_44619692的博客
04-20 251
fastx_artifacts_filter 用于过滤和修剪快速测序（例如 Illumina）数据中的低质量序列和序列伪装物（例如适配器序列）fastx_reverse_complement 用于对 FASTA 或 FASTQ 格式的序列文件进行反向互补操作。fastx_collapser 用于将具有相同序列的 FASTA 或 FASTQ 序列合并成一个单一的序列。fastq_quality_filter 用于从快速测序数据中去除质量较差的序列。# 常用参数 -t 线程数 -o 输出路径。
测序数据的拆分、合并、质控以及callsnv
kunxitoothache的博客
11-18 1万+
这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入 欢迎使用Markdown编辑器 你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Mar
FASTX-Toolkit组件用法
weixin_30780649的博客
05-09 600
FASTX-Toolkit组件用法 Command Line Arguments FASTQ-to-FASTA FASTQ/A Quality Statistics FASTQ Quality chart FASTQ/A Nucleotide Distribution chart FASTQ/A Clipper FASTQ/A Renamer F...
xopen通过pyinstaller打包出现问题
zlc0324的博客
06-27 406
pyinstaller封装xopen库出现问题，将文件打开命令行中添加threads=0的代码即可解决该问题
fastq 文件的处理
hac_kill_you的博客
08-31 2898
fastq 文件处理 fastq文件格式 @FCD056DACXX:3:1101:2163:1959#TCGCCGTG/1 TCCGATAACGCTCAACCAGAGGGCTGCCAGCTCCGATCGGCAGTTGCAACCCATTGGCCGTCTGAGCCAGCAACCCCGGA + gggiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiigggggeeecccccc^bcbcccccccbccccc]aaccbbccc^R^^acccc_ @FCD056DACXX:3:1101:2194:1984#
生物信息数据格式：fastq格式
热门推荐
sunchengquan的博客
03-05 3万+
文章目录格式说明实例演练判断fastq序列编码是Phred33(Illumina1.8+) or Phred64(Illumina1.3+)fastq转换fasta格式Linux 操作fastq获取数据统计reads_1.fq文件中共有多少条序列信息输出reads_1.fq文件中的标识符（即以@开头的那一行）输出reads_1.fq文件中所有序列的信息（即每个序列的第二行）输出reads_1.fq...
Linux 命令split 详解（参数详解）
phantom_dapeng的博客
03-26 1万+
在Linux上输入：split --help 或者 man split 可以看到相应的英文说明Output fixed-size pieces of INPUT to PREFIXaa, PREFIXab, ...; default size is 1000 lines, and default PREFIX is `x'.  With no INPUT, or when INPUT is -, ...
Java中实现使用split方法分隔字符串
BADAO_LIUMANG_QIZHI的博客
04-10 460
场景 字符串为： "CAB1DM1152CJ@2097812420006@20181010,CAB1DM1152CJ@2097812420007@20181010,CAB1DM1152CJ@2097812420008@20181010,CAB1DM1152CJ@2097812420009@20181010" 要实现根据@符号将其分隔成字符串数组。 实现 barCode = "SH201...
fast5转fastq
最新发布
06-29
Fast5是 Oxford Nanopore Technologies（ONT）的单分子测序技术产生的原始数据文件格式，而FastQ则是常见的高通量测序数据格式，用于存储序列读取的碱基信息。将Fast5转换成FastQ的过程，通常涉及从原始的二进制数据中提取和处理测序数据。 1. **Fast5转FastQ步骤**： - **测序数据分析软件**：使用ONT提供的工具（如`minimap2`、`albacore`或`Guppy`），这些工具可以读取Fast5文件并进行初步的处理。 - **Basecalling**：原始信号首先经过碱基caller解码，将其转换成可能的核苷酸序列。 - **滤波和质量检查**：对解码后的序列进行质量评估，去除低质量区域和错误的碱基。 - **Bam或Cram格式**：某些工具可能会先生成中间的BAM或CRA格式文件，然后再转换为FastQ。 - **转换成FastQ**：最后，从上述文件中提取并转换为标准的FastQ格式，包含四行（头信息、序列、质量信息和加测序平台标识符）。 2. **相关问题--:** 1. Fast5和FastQ的区别是什么？ 2. 这个过程为什么要进行滤波和质量检查？ 3. ONT的Guppy工具在Fast5转FastQ中扮演什么角色？
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