16S样品拆分

Barcode是样品的标签，位于引物的外侧。比较典型的有三种，位于左端(正向引物上游)，还有右端和双端两类也比较常用。

为什么16S测序有barcode？

目前扩增子研究对象细菌、真菌多样性没有表达基因数量大，一般是几百到千的水平，对数据量要求最多10万条序列即可饱合。将扩增子样本添加上barcode(标签)，通常将48/60个样品混合在一起，构建一个测序文库，达到高通量测序大量样品同时降低实验成本的目的。

16S样品拆分的意思切开了barcode与扩增序列

方法一：使用Qiime 的split_libraries_fastq.py对样品根据barcode进行拆分

plit_libraries_fastq.py 
    -i reads.fastq \
    -b barcodes.fastq \
    -m mappingfile.txt \
    -o split/ \
    -q 20 \
    --max_bad_run_length 3 \
    --min_per_read_length_fraction 0.75 \
    --max_barcode_errors 0 \
    --barcode_type 6

方法二：使用Sabre 拆分数据

## Barcode data file format
# barcode_data.txt
barcode1 barcode1_output_file1.fastq barcode1_output_file2.fastq
barcode2 barcode2_output_file1.fastq barcode2_output_file2.fastq

## sabre pe 
sabre pe -m 2 -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -b barcode_data.txt \
-u unknown_barcode1.fastq -w unknown_barcode1.fastq

总结，算法应该是滑动窗口处理