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RSS订阅转载 如果有一个云服务器你会做什么？
开通网页服务## https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-install-linux-apache-mysql-php-lamp-stack-on-ubuntu-16-04sudo apt-get install apache2 mysql-server mysql-client php5 php5-gd php5-mys...
2018-11-12 23:09:28
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原创 一个用prefetch下载数据的小问题
2018.11.08问题描述：我们从数据库传输数据的时候，常常喜欢用prefetch来下载，prefetch是集成在sratoolkit包中的一个软件，但是手动安装，往往会有各种麻烦和报错，所以，我还是选用了conda来安装，使用conda之前，先创建一个python2的小环境：conda create -n python2 python=2.7 #创建python2小环境source ...
2018-11-08 23:50:32
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转载 Linux Commands O– Q
有时间就学习一下jimmy师兄的笔记，收获很多，但是呢，年纪大了，脑子真的容易忘记事情，今天看了，没几台又给忘记了，分享的这些linux命令可以打印出来贴寝室墙上，每天回来都看看：Command DescriptionobjcopyCopy and translate object files.objdumpDisplay information from object files.o...
2018-11-06 23:58:53
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转载 生信人的20个R语言习题的答案
这是生信技能树关于生信人的20个R语言习题的答案：1 安装R包数据包： ALL, CLL, pasilla, airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2#################################1.安装R包#################################sou...
2018-11-04 23:53:52
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转载 生信人的20个R语言习题
学习什么，都得从基础开始，作为生信分析的一个必备软件，R语言操作技能当然是相当重要和基础的，今晚，就趁机练习一下jimmy师兄生信菜鸟团给出的“生信人的20个R语言习题”，答案下一期更新贴出。1.安装一些R包：数据包： ALL, CLL, pasilla, airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域...
2018-11-04 20:17:38
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转载 对感兴趣的基因call variation
这是生信技能树创始人jimmy师兄关于针对特定基因做call variation的笔记，坦白讲，我看了好几遍才看懂个大概，菜鸟真煎熬，分享出来，希望帮到更多的人：有这个需求，是因为我们经常对某些细胞系进行有针对性的设计变异，比如BAF155的R1064K呀，H3F3A的K27呀，那我我们拿到高通量测序数据的时候，就肯定希望可以快速的看看这个基因是否被突变成功了。现在比对几乎不耗费什么时间了，但...
2018-11-02 23:38:12
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转载 Linux Commands M-N
仔细读了一段jimmy师兄关于linux常用命令的笔记，虽然有好一些没看懂，但是，这个真是很全很亲民了，平时用到的命令基本上都有囊括在内。Command Descriptionm4Macro processor.mailUtility to compose, receive, send, forward, and reply to emails.mailqShows to list ...
2018-11-01 23:45:31
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转载 不要让过往的成功经验困住你
这是jimmy师兄关于用shell脚本批量下载SRA数据时的一个经验：别的不敢说，但是NGS数据处理，我应该算是高手了，各种组学均有涉猎，经手的项目也有千八百了，以前处理一些SRA数据库的数据的时候都是用wget进行下载，因为一直在墙外，很方便。比如下面的srr.list文，件是自己从SRA数据库里面找到的所有数据的SRR开头的ID号，如下：SRR3776319SRR3776320SRR...
2018-10-29 23:08:44
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转载 生物学家应该这样学R绘图
数据可视化在科研结果展示中占有相当重要的地位，人们对图形的理解和可接受程度往往远比数字和表格要容易，而R无疑是数据可视化工具中的佼佼者，下面是生信技能树jimmy师兄推荐的关于在生物信息学中如何使用R绘图的课程：作者是Maria Nattestad，生物信息学专业的博士，为冷泉港的OMGenomics实验室的创始人。为什么推荐这个课程作者虽然是生物信息学数据分析领域的实力战将，但是却扔能不忘...
2018-10-29 08:56:05
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转载 DNA甲基化研究概述
DNA甲基化（DNA methylation）是最早被研究的重要表观遗传修饰之一，基于芯片和下一代测序的高通量技术为DNA甲基化的广泛检测提供了技术平台。包括，WGBS,RRBS,microarray (27K/450K/850K),MeDIP-seq,MRE-seq甲基化芯片Infinium HumanMethylation27 / 450 BeadChip芯片（以下简称为27K / 450...
2018-10-28 20:52:19
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转载 制作人所有基因的染色体坐标文件
IGV是本地浏览测序数据最为强大的基因组浏览器，是高通量测序分析的一个重要的可视化工具，它能直观地展示突变位点，查看有无新转录本或新的可变剪接形式，查看peak的可信度，上下游基因，区域保守性，重复原件以及蛋白结合区域等。IGV支持多种不同类型的输入格式和不同的现实方式，但IGV需要在java环境下运行，所以在安装IGV之前，需要确保你的计算机已经安装好了java。下面是生信技能树jimmy师兄...
2018-10-28 20:39:15
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原创 一个关于对比（参考基因组）的弱智错误
在重复文章：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034中的工作时，用的是hisat2软件做比对，比对脚本如下：for id in SRR35899{56,57,58，59,60,61,62};...
2018-10-25 23:55:04
672
转载 Linux Commands J-L
其实，jimmy师兄总结了很多关于linux的命令，但是我每次只能消化这么多，就分成很多个小短文发布了。Command DescriptionjobsShow the list of active jobs and their status.joinFor each pair of input lines, join them using a command field and dis...
2018-10-21 11:44:57
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转载 Linux CommandsF-I
这些与之前发的一起，是linux的一些常用命令，是生信技能树论坛创始人jimmy师兄整理的，按照字幕顺利从A-Z，很有用。Command DescriptionfactorDisplay prime factors of specified integer numbers.falseDo nothing, unsuccessfully. Exit with a status code i...
2018-10-19 23:58:59
155
转载 使用bioconda配置自己的生物信息学环境
最近进入到一个新的实验室了，因为之前学习过一点点生信基础，所以老师让我尝试着做一点分析方面的工作，实验室是新组建的，虽然也有服务器集群，但是基本上个裸机，目前只有我这个沙雕在一个人瞎搞。不过硬着头皮也要上啊，所以就参考着jimmy师兄之前的帖子，自己在慢慢地摸索，真是发自内心的觉得，一个完善的生物信息学环境时多么重要。生信软件一般都可以手动安装，但因为软件有基于不同的语言开发的，所以安装方法也各...
2018-10-16 20:15:13
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转载 Linux Commands B-E
Command DescriptionbadblocksSearch a disk partition for bad sectors.bannerUsed to print characters as a poster.basenameUsed to display filenames with directoy or suffix.bashGNU Bourne-Again Sh...
2018-10-14 19:20:05
238
转载 Linux Commands – A
Command DescriptionacceptAccept or Reject jobs to a destination, such as a printer.accessCheck a user’s RWX permission for a file.aclocalGNU autoconf tooaconnectALSA sequencer connection mana...
2018-10-13 20:00:23
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转载 一站式转录组数据分析流程的试用（hppRNA）
发表该流程的文章题目是hppRNA-a Snakemake-based handy parameter-free pipeline for RNA-Seq analysis of numerous samples. 该流程涵盖了6个核心流程，分别是：Tophat-Cufflink-CuffdiffSubread-featureCounts-DESeq2STAR-RSEM-EBSeqBow...
2018-10-12 19:32:20
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转载 illumina不愧是二代测序无冕之王
写在前面illlumina公司自1998年成立，至2012年成为全球范围内最主要的测序平台后，illumina测序仪的产品发布也快速更迭，在2014年美国科技评论杂志MIT Technology Review 的评选结果中，illumina公司入选“2014年度全球创新企业50强”，并高居基因测序仪器公司的榜首；而在2018年的“福布斯”杂志评选的2018年全球最具创新企业百强榜单中，illum...
2018-10-11 20:08:32
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原创 四十而不惑——DNA测序技术的前世今生和未来
生信技能树自上1953年DNA分子双螺旋结构被发表以来，生物学研究进入到了一个更精细化的分子时代，越来越多的科学家开始投入分子生物学研究，尤其是对DNA序列的研究，从而DNA测序技术应势而生。从1977年Sanger牛刀小试的双脱氧终止法到近十年如日中天的高通量测序技术，再到目前蓄势待发的三代单分子测序技术，这跨越近40年的风雨历程，DNA测序是指测定和分析特定DNA片段中，碱基序列的排列情况...
2018-10-10 19:00:09
2551
空空如也
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