一个用prefetch下载数据的小问题

2018.11.08

问题描述：

我们从数据库传输数据的时候，常常喜欢用prefetch来下载，prefetch是集成在sratoolkit包中的一个软件，但是手动安装，往往会有各种麻烦和报错，所以，我还是选用了conda来安装，使用conda之前，先创建一个python2的小环境：

conda create -n python2 python=2.7  #创建python2小环境
source activate python2 #进入到python2
conda search sratoolkit # 在镜像中搜索sratoolkit
conda install sratoolkit -y #安装
#可以用conda list命令查看是否安装成功了，也可以是其他的，比如which prefetch等

要下载的数据SRA号保存在/home/amliang/rnaseq/目录下的srr.list文件中，然后使用conda安装prefetch来下载我们需要的数据，发现报错了，如下图所示：

说什么在虚拟文件系统中找不到路径……，一看，我就傻眼了，这到底搞得什么乱七八糟的，我也没搞明白是咋回事，心浮气躁的我一心想快点把整个流程跑完，不然也不能老是卡在哪一步不动嘛，于是就放弃了用python2环境下的prefetch，准备手动安装sratoolkit，安装脚本如下：

mkdir bio_soft && cd bio_soft 
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64.tar.gz # 选择不同系统下的版本，我们实验室的服务器系统是centOS7。
tar -zxvf sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64.tar.gz  
echo 'PATH=$PATH:~/bio_soft/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64.tar.gz/bin' >> ~/.bashrc 
source ~/.bashrc #添加到环境变量，
which prefetch #测试一下是否安装成功，或者用prefetch --version查看版本也可以

##然后开始下载数据
cat /home/amliang/rnaseq/srr.list |while read id; do (prefetch $id); done 

结果，如下图所示：

发现，手动安装下的prefetch，可以正常运行了，那就这样吧，很OK。

那么，经验教训是，能手动安装的尽量手动，Anaconda is a snake（jimmy师兄之前的一篇文章）。

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