使用Nextflow遇到的一些问题
1.使用docker运行时出现找不到输入样本文件的情况?
使用docker来运行流程时Nextflow会默认将输入样本的路径挂载到docker,但是执行脚本里面判断文件(软链接)一直不存在(使用ls -l
能看到),并且ls软链接所指向的文件报错没有权限(在外部是有权限的)。
查看.command.run
文件,Nextflow运行时会给docker加上如下选项-u $(id -u)
,这样进入docker就是以当前用户的身份,而不是root。查看源码发现该选项是由userEmulation
配置加上的,删除nextflow.config
中的docker.userEmulation = true
行后,程序运行正常。