Nextflow Bugs

使用Nextflow遇到的一些问题

1.使用docker运行时出现找不到输入样本文件的情况？
使用docker来运行流程时Nextflow会默认将输入样本的路径挂载到docker，但是执行脚本里面判断文件（软链接）一直不存在（使用ls -l能看到），并且ls软链接所指向的文件报错没有权限（在外部是有权限的）。
查看.command.run文件，Nextflow运行时会给docker加上如下选项-u $(id -u)，这样进入docker就是以当前用户的身份，而不是root。查看源码发现该选项是由userEmulation配置加上的，删除nextflow.config中的docker.userEmulation = true行后，程序运行正常。