amber中非标准氨基酸残基的参数生成

在amber教程中给出了相关的教程,具体流程都是根据这个教程来制作的。

http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/

但是他的电荷使用的是bcc电荷,但是并没有介绍如何把电荷转换为resp。

流程:

0.在pdb数据库中搜索残基名称,选择 ligand id 进行下载对应的cif文件;

1.antechamber -fi ccif -i CRO.cif -bk CRO -fo gcrt -o cro.gjf -ch "cro.chk" -gm "%mem=2048MB" -gn "%nproc=24" -nc 0 #直接将下载的cif转为高斯输入文件,进行高斯计算;

2.antechamber -fi ccif -i CRO.cif -bk CRO -fo ac -o cro_step1.ac -at amber #和教程上一致,目的为了生成参照的ac文件,-at 必须制定,否则原子类型默认gaff;

3.antechamber -fi gout -i cro.log -rn CRO -fo ac -o cro_step2.ac -c resp -at amber #赋予resp电荷到新的ac文件中;

4.文本操作将cro_step2.ac中的坐标以及电荷信息列覆盖到cro_step1.ac中,同时修改主链N原子的原子类型从NT到N,保存为cro_step3.ac;

5.制作mc文件,格式如下图,参照cro_step3.ac文件制作;

评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值