amber中非标准氨基酸残基的参数生成

在amber教程中给出了相关的教程,具体流程都是根据这个教程来制作的。

http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/

但是他的电荷使用的是bcc电荷,但是并没有介绍如何把电荷转换为resp。

流程:

0.在pdb数据库中搜索残基名称,选择 ligand id 进行下载对应的cif文件;

1.antechamber -fi ccif -i CRO.cif -bk CRO -fo gcrt -o cro.gjf -ch "cro.chk" -gm "%mem=2048MB" -gn "%nproc=24" -nc 0 #直接将下载的cif转为高斯输入文件,进行高斯计算;

2.antechamber -fi ccif -i CRO.cif -bk CRO -fo ac -o cro_step1.ac -at amber #和教程上一致,目的为了生成参照的ac文件,-at 必须制定,否则原子类型默认gaff;

3.antechamber -fi gout -i cro.log -rn CRO -fo ac -o cro_step2.ac -c resp -at amber #赋予resp电荷到新的ac文件中;

4.文本操作将cro_step2.ac中的坐标以及电荷信息列覆盖到cro_step1.ac中,同时修改主链N原子的原子类型从NT到N,保存为cro_step3.ac;

5.制作mc文件,格式如下图,参照cro_step3.ac文件制作;

6.prepgen -i cro_step3.ac -o cro.prepin -m cro.mc -rn CRO #得到主链信息文件;

7.parmchk2 -i cro.prepin -f prepi -p frcmod.cro -a Y -p $AMBERHOME/dat/leap/parm/parm10.dat #检查生成的参数信息,查看frcmod文件,若其中出现某一行参数为0且有 "ATTN,need revision" 标识则说明在parm10.dat中参数不完整需要用gaff进行补充;

8.grep -v "ATTN" frcmod.cro > frcmod1.cro #剔除不包含的参数,其余存成参数文件;

9.parmchk2 -i cro.prepin -f prepi -o frcmod2.cro #剩余的参数利用gaff生成参数,由于命令中没有指定 "-a Y" 则只生成了原力场中未包含的参数文件;

10.在leap中导入文件即可,loadamberprep cro.prepin ,loadamberparams frcmod1.cro ,loadamberparams frcmod2.cro ,对蛋白无需额外处理,(需要去除H,pdb4amber)。

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