amber中非标准氨基酸残基的参数生成

在amber教程中给出了相关的教程,具体流程都是根据这个教程来制作的。

http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/

但是他的电荷使用的是bcc电荷,但是并没有介绍如何把电荷转换为resp。

流程:

0.在pdb数据库中搜索残基名称,选择 ligand id 进行下载对应的cif文件;

1.antechamber -fi ccif -i CRO.cif -bk CRO -fo gcrt -o cro.gjf -ch "cro.chk" -gm "%mem=2048MB" -gn "%nproc=24" -nc 0 #直接将下载的cif转为高斯输入文件,进行高斯计算;

2.antechamber -fi ccif -i CRO.cif -bk CRO -fo ac -o cro_step1.ac -at amber #和教程上一致,目的为了生成参照的ac文件,-at 必须制定,否则原子类型默认gaff;

3.antechamber -fi gout -i cro.log -rn CRO -fo ac -o cro_step2.ac -c resp -at amber #赋予resp电荷到新的ac文件中;

4.文本操作将cro_step2.ac中的坐标以及电荷信息列覆盖到cro_step1.ac中,同时修改主链N原子的原子类型从NT到N,保存为cro_step3.ac;

5.制作mc文件,格式如下图,参照cro_step3.ac文件制作;

基于bert实现关系三元组抽取python源码+数据集+项目说明.zip基于bert实现关系三元组抽取python源码+数据集+项目说明.zip基于bert实现关系三元组抽取python源码+数据集+项目说明.zip基于bert实现关系三元组抽取python源码+数据集+项目说明.zip基于bert实现关系三元组抽取python源码+数据集+项目说明.zip 个人大四的毕业设计、课程设计、作业、经导师指导并认可通过的高分设计项目,评审平均分达96.5分。主要针对计算机相关专业的正在做毕设的学生和需要项目实战练习的学习者,也可作为课程设计、期末大作业。 [资源说明] 不懂运行,下载完可以私聊问,可远程教学 该资源内项目源码是个人的毕设或者课设、作业,代码都测试ok,都是运行成功后才上传资源,答辩评审平均分达到96.5分,放心下载使用! 1、该资源内项目代码都经过测试运行成功,功能ok的情况下才上传的,请放心下载使用! 2、本项目适合计算机相关专业(如计科、人工智能、通信工程、自动化、电子信息等)的在校学生、老师或者企业员工下载学习,也适合小白学习进阶,当然也可作为毕设项目、课程设计、作业、项目初期立项演示等。 3、如果基础还行,也可在此代码基础上进行修改,以实现其他功能,也可用于毕设、课设、作业等。 下载后请首先打开README.md文件(如有),供学习参考。
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