MIT-BIH介绍（三）如何使用MIT-BIH？

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MIT-BIH的下载和读取

 

1. Download

官方下载地址：https://www.physionet.org/content/mitdb/1.0.0/
由头文件[.hea]，数据文件[.dat]，注释文件[.atr]组成。

 
 

Kaggle数据集下载：https://www.kaggle.com/mondejar/mitbih-database

由数据文件[.csv]和注释文件[.txt]组成。

 

2. 官网工具读取

PhysioBank ATM

输入参数

• Database: 下拉菜单选择 MIT-BIH Arrhythmia Database(mitdb)；
• Record: 下拉选择第100号数据记录；
• Output: 展示心电长度；时间格式；数据格式
• Navigation: 选择展示的心电时间段，上一个记录、下一个记录

输出

展示所选择的心电图片段。

MLⅡ+V5 二导联，灰度间距0.2s，0.5mV

 

3. Python 读取

代码出处

读取 hea 头文件

####################读取头文件######################
f=open(PATH+HEADERFILE,"r")
z=f.readline().split()
nosig,sfreq=int(z[1]),int(z[2])     #% number of signals，sample rate of data

dformat,gain,bitres,zerovalue,firstvalue=[],[],[],[],[]
for i in range(nosig):
    z=f.readline().split()
    dformat.append(int(z[1]))     #format; here only 212 is allowed
    gain.append(int(z[2]))     #number of integers per mV
    bitres.append(int(z[3]))     #bitresolution
    zerovalue.append(int(z[4]))     #integer value of ECG zero point
    firstvalue.append(int(z[5]))     #first integer value of signal (to test for errors)
f.close()

注释

将源文件按行读取并记录下各参数含义，存入变量。
nosig 信号数量；sfreq 采样率
dformat 数据存储格式；gain 信号增益；bitres 位分辨率……

 

读取 dat 文件

####################读取dat文件######################
f=open(PATH+DATAFILE,"rb")     #以二进制格式读入dat文件
b=f.read()   
f.close()

A_init=np.frombuffer(b,dtype=np.uint8)      #将读入的二进制文件转化为unit8格式
A_shape0=int(A_init.shape[0]/3)     
A=A_init.reshape(A_shape0,3)[:SAMPLES2READ]     #将A转为3列矩阵

M=np.zeros((SAMPLES2READ,2))     #创建矩阵M

M2H=A[:,1]>>4     #字节向右移四位，即取字节的高四位
M1H=A[:,1]&15     #取字节的低四位

PRL=(A[:,1]&8)*(2**9)     #sign-bit   取出字节低四位中最高位，向左移九位，等于乘2^9
PRR=A[:,1]&128<<5     #sign-bit   取出字节高四位中最高位，向左移五位

M1H=M1H*(2**8)
M2H=M2H*(2**8)

M[:,0]=A[:,0]+M1H-PRL
M[:,1]=A[:,2]+M2H-PRR

if ((M[1,:]!=firstvalue).any()):
    print("inconsistency in the first bit values")

if nosig==2:
    M[:, 0] = (M[:, 0] - zerovalue[0]) / gain[0]
    M[:, 1] = (M[:, 1] - zerovalue[1]) / gain[1]
    TIME=np.linspace(0,SAMPLES2READ-1,SAMPLES2READ)/sfreq
elif nosig==1:
    M2=[]
    M[:, 0] = M[:, 0] - zerovalue[0]
    M[:, 1] = M[:, 1] - zerovalue[1]
    for i in range(M.shape[0]):
        M2.append(M[:,0][i])
        M2.append(M[:,1][i])
    M2.append(0)
    del M2[0]
    M2=np.array(M2)/gain[0]
    TIME=np.linspace(0,2*SAMPLES2READ-1,2*SAMPLES2READ)/sfreq
else:
    print("Sorting algorithm for more than 2 signals not programmed yet!")

注释

A 三个字节存储两个信号数据；
SAMPLES2READ 3列矩阵；
M 由3列矩阵转的2列矩阵；
M[:,0] 第一个信号幅度；
M[:,1] 第二个信号幅度；
如果信号量nosig=2，信号幅度减去零点再除以信号增益，TIME为1/360s；
如果信号量nosig=1，……

 

读取 atr 文件

####################读取atr文件######################
f=open(PATH+ATRFILE,"rb")     #主要是读取ATR文件中各周期数据并在之后打印在图中
b=f.read()
f.close()

A_init=np.frombuffer(b,dtype=np.uint8)
A_shape0=int(A_init.shape[0]/2)
A=A_init.reshape(A_shape0,2)

ANNOT,ATRTIME=[],[]
i=0
while i < A.shape[0]:
    annoth=A[i,1]>>2
    if annoth==59:
        ANNOT.append(A[i+3,1]>>2)
        ATRTIME.append(A[i+2,0]+A[i+2,1]*(2**8)+A[i+1,0]*(2**16)+A[i+1,1]*(2**24))
        i+=3
    elif annoth==60:pass
    elif annoth==61:pass
    elif annoth==62:pass
    elif annoth==63:
        hilfe=(A[i,1]&3)*(2**8)+A[i,0]
        hilfe=hilfe+hilfe%2
        i+=int(hilfe/2)
    else:
        ATRTIME.append((A[i,1]&3)*(2**8)+A[i,0])
        ANNOT.append(A[i,1]>>2)
    i+=1

del ANNOT[len(ANNOT)-1]
del ATRTIME[len(ATRTIME)-1]

ATRTIME=np.array(ATRTIME)
ATRTIME=np.cumsum(ATRTIME)/sfreq

ind=np.where(ATRTIME<=TIME[-1])[0]
ATRTIMED=ATRTIME[ind]

ANNOT=np.round(ANNOT)
ANNOTD=ANNOT[ind]

注释：

A 表示拿两个字节，然后转2列矩阵；
ANNOTD 注释文本内容；
ATRTIME 注释对应Time。

 

输出展示ECG

#####################显示ECG####################
plt.plot(TIME,M[:,0],linewidth="0.5",c="r")
if nosig==2:
    plt.plot(TIME, M[:, 1], linewidth="0.5", c="b")
for i in range(len(ATRTIMED)):
    plt.text(ATRTIMED[i],0,str(ANNOTD[i]))
plt.xlim(TIME[0],TIME[-1])
plt.xlabel("Time / s")
plt.ylabel("Votage / mV")
plt.title("ECG signal ")
plt.show()

注释：

TIME 表示1/360s（采样率360Hz）；M[:,0] 矩阵第一列（信号1的值），红线绘制。
如果信号数 nosig 为2，蓝线绘制信号2。
plt.text 注释内容 ANNOTD，注释横坐标 ATRTIMED，纵坐标 0

ECG

红线表示信号1，蓝线表示信号2，横坐标是采样率的时间间隔，一个单位为1/360s，纵坐标是信号相对零点的幅度。