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宁生信
网易云课堂讲师，生物信息学，基因数据分析和可视化，R原因，Python，C语言，Linux。
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16S rRNA&rDNA测序分析
16SrRNA/rDNA测序分析，qiime操作，linux命令，系统发育树构建，venn图，heatmap热图，主分析RDA（Redundancyanalysis），典范对应分析CCA等R语言作图网易云课堂上有视频讲解。16S rRNA&rDNA测序分析第一节-OTU概述-qiime安装1.1 16s 测序16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚原创 2017-05-13 10:12:51 · 27811 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu安装cummeRbund
安装好R语言后，接下来安装cummeRbundbiocLite("cummeRbund")由于系统环境原因，有些文件没安装，如libxml2-dev libcurl-dev，这些都是安装cummeRbund时需要提前配置的。由于错误可能很多，所以我选择先手动安装cummeRbund所需要的包。过程如下： install.packages("RSQLite")原创 2017-08-24 20:07:03 · 1479 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu安装R语言
在Ubuntu界面下，快捷键Ctrl+Alt+T打开终端。输入命令：sudo -s。回车，输入用户密码，将权限提升为root权限。入命令:apt-get update。获取最新软件包信息。使用命令：apt-get install r-base。自动安装R语言。安装过程中，若出现选择提示，一律选择允许。安装完成后，输入R，出现如图所示的画面，安装成功。安装扩展包（软件原创 2017-08-24 19:56:23 · 2297 阅读 · 0 评论 -
Linux需要具备管理员特权才能修改网络设置
win10家庭版常常碰到管理权限问题，即使更改账户类型为永不通知，有时候还是会需要管理员权限选择更改设置，这个时候不能用桥接模式和仅主机模式，而要用NAT模式，把桥接模式和仅主机模式移除网络打开NAT设置确定后，再虚拟机里设置打开Ubuntu，就可以上网了原创 2017-06-04 08:36:43 · 7667 阅读 · 1 评论 -
最新版VMare安装Ubuntu和fedora失败问题
VMare安装Ubuntu和fedora遇到以下情况：cpufreq: cpufreq_online: Failedto initialize policy for cpu: 0 (-19)cpufreq: cpufreq_online: Failedto initialize policy for cpu: 1 (-19)常见于Ubuntu 16，原创 2017-06-03 20:55:10 · 4032 阅读 · 0 评论 -
Linux与生物信息（第一章——Linux常用命令2）
1.3 压缩解压缩1.3.1 tar功能说明：加入或还原备份文件内的文件语 法：tar -f[cxzjv] 参 数：-f 必加参数-c 创建备份文件-x 从备份文件中还原文件-z 调用gzip/gunzip来压缩/解压缩文件-j 调用bzip2/bunzip2来压缩/解压缩文件-v 显示命令执行过程Example原创 2017-05-26 15:17:18 · 680 阅读 · 0 评论 -
Linux与生物信息（第一章——Linux常用命令3）
2 进程管理2.1进程查看2.1.1 ps(process status)功能说明：显示用户进程语 法：ps x [-u ]参 数：-u 显示usr用户的进程（默认显示自身用户进程）Example ：ps x2.1.2 top功能说明：显示用户进程（实时）语 法：top [-bcdu]参 数：-b 批处理模式，可以将top内容重定向到文件中-c 显示详原创 2017-05-31 16:29:34 · 757 阅读 · 0 评论 -
Linux与生物信息（第一章——Linux常用命令）
（网易云课堂，腾讯课堂生物信息讲师，高级生物信息工程师）第一章——Linux常用命令1. 目录和文件管理1.1目录相关1.1.1 mkdir功能说明：建立目录语 法：mkdir [-p] 参 数：-p 若所要建立目录的上层目录目前尚未建立，则会一并建立上层目录。Example ：mkdirtestdirmkdir -p n原创 2017-05-26 15:11:10 · 3597 阅读 · 0 评论 -
linux下FTP、SFTP命令详解
FTP> ! 从 ftp 子系统退出到外壳。FTP> ? 显示 ftp 命令说明。? 与 help 相同。格式：? [command]说明：[command]指定需要帮助的命令名称。如果没有指定 command，ftp 将显示全部命令的列表。 FTP> append 使用当前文件类型设置将本地文件附加到远程计算机上的文件。格式：append原创 2017-05-30 22:04:46 · 39557 阅读 · 2 评论 -
Linux里如何查找文件内容
从文件内容查找匹配指定字符串的行：$ grep "被查找的字符串" 文件名例子：在当前目录里第一级文件夹中寻找包含指定字符串的.in文件grep "thermcontact" */*.in从文件内容查找与正则表达式匹配的行：$ grep –e “正则表达式” 文件名查找时不区分大小写：$ grep原创 2017-05-30 22:02:22 · 409 阅读 · 0 评论