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宁生信
网易云课堂讲师,生物信息学,基因数据分析和可视化,R原因,Python,C语言,Linux。
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16S rRNA&rDNA测序分析
16SrRNA/rDNA测序分析,qiime操作,linux命令,系统发育树构建,venn图,heatmap热图,主分析RDA(Redundancyanalysis),典范对应分析CCA等R语言作图网易云课堂上有视频讲解。16S rRNA&rDNA测序分析第一节-OTU概述-qiime安装1.1 16s 测序16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚原创 2017-05-13 10:12:51 · 28364 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu安装cummeRbund
安装好R语言后,接下来安装cummeRbundbiocLite("cummeRbund")由于系统环境原因,有些文件没安装,如libxml2-dev libcurl-dev,这些都是安装cummeRbund时需要提前配置的。由于错误可能很多,所以我选择先手动安装cummeRbund所需要的包。过程如下: install.packages("RSQLite")原创 2017-08-24 20:07:03 · 1505 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu安装R语言
在Ubuntu界面下,快捷键Ctrl+Alt+T打开终端。输入命令:sudo -s。回车,输入用户密码,将权限提升为root权限。入命令:apt-get update。获取最新软件包信息。使用命令:apt-get install r-base。自动安装R语言。安装过程中,若出现选择提示,一律选择允许。安装完成后,输入R,出现如图所示的画面,安装成功。安装扩展包(软件原创 2017-08-24 19:56:23 · 2345 阅读 · 0 评论 -
Linux需要具备管理员特权才能修改网络设置
win10家庭版常常碰到管理权限问题,即使更改账户类型为永不通知,有时候还是会需要管理员权限选择更改设置,这个时候不能用桥接模式和仅主机模式,而要用NAT模式,把桥接模式和仅主机模式移除网络打开NAT设置确定后,再虚拟机里设置打开Ubuntu,就可以上网了原创 2017-06-04 08:36:43 · 7768 阅读 · 1 评论 -
最新版VMare安装Ubuntu和fedora失败问题
VMare安装Ubuntu和fedora遇到以下情况:cpufreq: cpufreq_online: Failedto initialize policy for cpu: 0 (-19)cpufreq: cpufreq_online: Failedto initialize policy for cpu: 1 (-19)常见于Ubuntu 16,原创 2017-06-03 20:55:10 · 4080 阅读 · 0 评论 -
Linux与生物信息(第一章——Linux常用命令2)
1.3 压缩解压缩1.3.1 tar功能说明:加入或还原备份文件内的文件语 法:tar -f[cxzjv] 参 数:-f 必加参数-c 创建备份文件-x 从备份文件中还原文件-z 调用gzip/gunzip来压缩/解压缩文件-j 调用bzip2/bunzip2来压缩/解压缩文件-v 显示命令执行过程Example原创 2017-05-26 15:17:18 · 708 阅读 · 0 评论 -
Linux与生物信息(第一章——Linux常用命令3)
2 进程管理2.1进程查看2.1.1 ps(process status)功能说明:显示用户进程语 法:ps x [-u ]参 数:-u 显示usr用户的进程(默认显示自身用户进程)Example :ps x2.1.2 top功能说明:显示用户进程(实时)语 法:top [-bcdu]参 数:-b 批处理模式,可以将top内容重定向到文件中-c 显示详原创 2017-05-31 16:29:34 · 773 阅读 · 0 评论 -
Linux与生物信息(第一章——Linux常用命令)
(网易云课堂,腾讯课堂生物信息讲师,高级生物信息工程师)第一章——Linux常用命令1. 目录和文件管理1.1目录相关1.1.1 mkdir功能说明:建立目录语 法:mkdir [-p] 参 数:-p 若所要建立目录的上层目录目前尚未建立,则会一并建立上层目录。Example :mkdirtestdirmkdir -p n原创 2017-05-26 15:11:10 · 3625 阅读 · 0 评论 -
linux下FTP、SFTP命令详解
FTP> ! 从 ftp 子系统退出到外壳。FTP> ? 显示 ftp 命令说明。? 与 help 相同。格式:? [command]说明:[command]指定需要帮助的命令名称。如果没有指定 command,ftp 将显示全部命令的列表。 FTP> append 使用当前文件类型设置将本地文件附加到远程计算机上的文件。格式:append原创 2017-05-30 22:04:46 · 39657 阅读 · 2 评论 -
Linux里如何查找文件内容
从文件内容查找匹配指定字符串的行:$ grep "被查找的字符串" 文件名例子:在当前目录里第一级文件夹中寻找包含指定字符串的.in文件grep "thermcontact" */*.in从文件内容查找与正则表达式匹配的行:$ grep –e “正则表达式” 文件名查找时不区分大小写:$ grep原创 2017-05-30 22:02:22 · 423 阅读 · 0 评论